Locus 6880

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	19,243,931 – 19,244,063
Length	132
Max. P	0.994089

overview

Window 6

Location	19,243,931 – 19,244,043
Length	112
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	72.99
Mean single sequence MFE	-35.60
Consensus MFE	-19.43
Energy contribution	-20.38
Covariance contribution	0.95
Combinations/Pair	1.30
Mean z-score	-2.49
Structure conservation index	0.55
SVM decision value	2.40
SVM RNA-class probability	0.993529
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 19243931 112 + 22407834
GGCAUGCAGCGAGGA-----UAUAGCCGGA-UAGCGGAAAACGCUGGCAAAGCUGAGCCGGAACUCAGCGGAUCCGGCCGCAUAAGAUUAGCCAGUAAAAUAUUGUACAUUUUGCACG--
(((((((.((..(((-----(...(((...-.((((.....)))))))...((((((......))))))..)))).)).)))).......))).(((((((.......)))))))...-- ( -37.41)
>DroVir_CAF1 77016 99 + 1
AGC---CGUUCG---------------GAA-AUACGGAAAGUGUUUGUAAAACUGAGCCGGAACACUAAAGUUCC-GCCGCAAGAGAUUAG-CAGUAAAAUAUUUUAUGUUUCGCAUACU
.((---.(((((---------------(..-.((((((.....))))))...))))))((((((......)))))-).(....)......)-).(..((((((...))))))..)..... ( -21.60)
>DroPse_CAF1 71818 103 + 1
GGC-UACGGUCA---------------GGG-AAGCGGAAAACGCUGGCAAAGCUGAGCCGGAACUCACCAGUUCCGGCCGCAUAAGAUUAGUCCGUAAAAUAUUGUAUAUUUUGCAUGCC
(((-....))).---------------...-.((((.....))))((((..((.(.(((((((((....)))))))))))).............(((((((((...))))))))).)))) ( -37.80)
>DroMoj_CAF1 96605 99 + 1
AGC---CGUUCG---------------GAA-GAACGGAAAGUGUUUGCAAAGCUGAGCCGGAACUAGCAAGUUCC-GCCGCAAAAGAUUAG-CAGAAAAAUAUUUUAUGUUUCGCAUGCU
..(---(((((.---------------...-)))))).....((.(((...((((((((((((((....))))))-)..))......))))-).((((.(((...))).))))))).)). ( -31.20)
>DroAna_CAF1 114234 120 + 1
GGCGAGCACUGGGUAGCCAGUGUAGCCGUGUCAGCGGAAAACGCCGGCAAAGCUGAGCCGGAACUCAACGGUUCCGGUGGCAUAAGAUUAGCCAGUAAAAUAUUGUAUAUUUUGCAUGCU
(((..(((((((....))))))).(((.((((.(((.....))).)))).......(((((((((....)))))))))))).........))).(((((((((...)))))))))..... ( -50.30)
>DroPer_CAF1 74993 103 + 1
GGC-UACGGUCA---------------GGG-AAGCGGAAAACGCUGGCAAAGCUGAGCCGGAACUCACCAGUUCCGGGCGCAUAAGAUUAGUCCGUAAAAUAUUGUAUAUUUUGCAUGCC
(((-(.((((..---------------.(.-.((((.....))))..)...))))))))((((((....))))))((((...........))))(((((((((...)))))))))..... ( -35.30)
>consensus
GGC_U_CGGUCA_______________GGA_AAGCGGAAAACGCUGGCAAAGCUGAGCCGGAACUCACCAGUUCCGGCCGCAUAAGAUUAG_CAGUAAAAUAUUGUAUAUUUUGCAUGCU
...............................(((((.....)))))(((..((...((((((((......)))))))).)).............(((((((((...))))))))).))). (-19.43 = -20.38 +   0.95)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	19,243,931 – 19,244,043
Length	112
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	72.99
Mean single sequence MFE	-30.73
Consensus MFE	-16.33
Energy contribution	-16.87
Covariance contribution	0.53
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-1.88
Structure conservation index	0.53
SVM decision value	1.06
SVM RNA-class probability	0.908833
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 19243931 112 - 22407834
--CGUGCAAAAUGUACAAUAUUUUACUGGCUAAUCUUAUGCGGCCGGAUCCGCUGAGUUCCGGCUCAGCUUUGCCAGCGUUUUCCGCUA-UCCGGCUAUA-----UCCUCGCUGCAUGCC
--.((((.....))))...........(((.......(((((((.((((..(((((((....)))))))...(((((((.....)))).-...)))...)-----)))..)))))))))) ( -37.31)
>DroVir_CAF1 77016 99 - 1
AGUAUGCGAAACAUAAAAUAUUUUACUG-CUAAUCUCUUGCGGC-GGAACUUUAGUGUUCCGGCUCAGUUUUACAAACACUUUCCGUAU-UUC---------------CGAACG---GCU
.((.((..((((.............(((-(.........))))(-(((((......)))))).....))))..)).)).....((((..-...---------------...)))---).. ( -22.70)
>DroPse_CAF1 71818 103 - 1
GGCAUGCAAAAUAUACAAUAUUUUACGGACUAAUCUUAUGCGGCCGGAACUGGUGAGUUCCGGCUCAGCUUUGCCAGCGUUUUCCGCUU-CCC---------------UGACCGUA-GCC
(((....(((((((...)))))))((((...........((((((((((((....))))))))))..))......((((.....)))).-...---------------...)))).-))) ( -31.50)
>DroMoj_CAF1 96605 99 - 1
AGCAUGCGAAACAUAAAAUAUUUUUCUG-CUAAUCUUUUGCGGC-GGAACUUGCUAGUUCCGGCUCAGCUUUGCAAACACUUUCCGUUC-UUC---------------CGAACG---GCU
.(((.((((((.(((...))).))))..-.........((.(.(-((((((....))))))).).))))..))).........((((((-...---------------.)))))---).. ( -27.00)
>DroAna_CAF1 114234 120 - 1
AGCAUGCAAAAUAUACAAUAUUUUACUGGCUAAUCUUAUGCCACCGGAACCGUUGAGUUCCGGCUCAGCUUUGCCGGCGUUUUCCGCUGACACGGCUACACUGGCUACCCAGUGCUCGCC
.(((.(((((((((...)))))))..((((.........))))(((((((......)))))))....))..)))(((((.....)))))....(((..((((((....))))))...))) ( -38.50)
>DroPer_CAF1 74993 103 - 1
GGCAUGCAAAAUAUACAAUAUUUUACGGACUAAUCUUAUGCGCCCGGAACUGGUGAGUUCCGGCUCAGCUUUGCCAGCGUUUUCCGCUU-CCC---------------UGACCGUA-GCC
(((....(((((((...)))))))((((.............(((.((((((....)))))))))((((.......((((.....)))).-..)---------------))))))).-))) ( -27.40)
>consensus
AGCAUGCAAAAUAUACAAUAUUUUACUG_CUAAUCUUAUGCGGCCGGAACUGGUGAGUUCCGGCUCAGCUUUGCCAGCGUUUUCCGCUU_CCC_______________CGACCG_A_GCC
.(((.(((((((((...)))))))..............((.(((((((((......)))))))))))))..))).((((.....))))................................ (-16.33 = -16.87 +   0.53)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	19,243,965 – 19,244,063
Length	98
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	76.06
Mean single sequence MFE	-36.90
Consensus MFE	-23.75
Energy contribution	-24.33
Covariance contribution	0.59
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-2.94
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	2.45
SVM RNA-class probability	0.994089
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 19243965 98 + 22407834
ACGCUGGCAAAGCUGAGCCGGAACUCAGCGGAUCCGGCCGCAUAAGAUUAGCCAGUAAAAUAUUGUACAUUUUGCACG-------------------AGGGUCCA---ACUGAGUGCCAA
....(((((..((((((......))))))(((((((((............))).(((((((.......)))))))...-------------------.)))))).---......))))). ( -34.70)
>DroPse_CAF1 71841 117 + 1
ACGCUGGCAAAGCUGAGCCGGAACUCACCAGUUCCGGCCGCAUAAGAUUAGUCCGUAAAAUAUUGUAUAUUUUGCAUGCCCCAGCUCCACAGAAGCACGAGUCCA---UCUGAGUGCCAA
....(((((.(((((.(((((((((....))))))))).((((..((....)).(((((((((...)))))))))))))..)))))...((((.((....))...---))))..))))). ( -39.10)
>DroSim_CAF1 65271 98 + 1
ACGCUGGCAAAGCUGAGCCGGAACUCAGCGGAUCCGGCCGCAUAAGAUUAGCCAGUAAAAUAUUGUACAUUUUGCACG-------------------AGGGUCCA---ACUGAGUGCCAA
....(((((..((((((......))))))(((((((((............))).(((((((.......)))))))...-------------------.)))))).---......))))). ( -34.70)
>DroMoj_CAF1 96626 105 + 1
GUGUUUGCAAAGCUGAGCCGGAACUAGCAAGUUCC-GCCGCAAAAGAUUAG-CAGAAAAAUAUUUUAUGUUUCGCAUGCUCCAA-------------AAUGUCGAGAGAUAAAGUGUAAA
...(((((....((..(((((((((....))))))-)..))...))....)-))))...(((((((((.((((((((.......-------------.))).))))).)))))))))... ( -30.50)
>DroAna_CAF1 114274 114 + 1
ACGCCGGCAAAGCUGAGCCGGAACUCAACGGUUCCGGUGGCAUAAGAUUAGCCAGUAAAAUAUUGUAUAUUUUGCAUGCUCCA---CAGCAGAAGGGCGAGUCCA---GCUGAGUGCCAU
.....((((.(((((.(((((((((....))))))))).......((((.(((.(((((((((...))))))))).((((...---.))))....))).))))))---)))...)))).. ( -45.70)
>DroPer_CAF1 75016 117 + 1
ACGCUGGCAAAGCUGAGCCGGAACUCACCAGUUCCGGGCGCAUAAGAUUAGUCCGUAAAAUAUUGUAUAUUUUGCAUGCCCCAGCUCCACAGAAGCACGAGUCCA---UCUGAGUGCCAA
....(((((.....((((.((((((....))))))(((.((((..((....)).(((((((((...)))))))))))))))).))))..((((.((....))...---))))..))))). ( -36.70)
>consensus
ACGCUGGCAAAGCUGAGCCGGAACUCACCAGUUCCGGCCGCAUAAGAUUAGCCAGUAAAAUAUUGUAUAUUUUGCAUGC_CCA______________AGAGUCCA___ACUGAGUGCCAA
....(((((..((...(((((((((....))))))))).)).............((((((((.....)))))))).......................................))))). (-23.75 = -24.33 +   0.59)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	19,243,965 – 19,244,063
Length	98
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.06
Mean single sequence MFE	-33.58
Consensus MFE	-18.52
Energy contribution	-19.08
Covariance contribution	0.56
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-1.57
Structure conservation index	0.55
SVM decision value	0.04
SVM RNA-class probability	0.551647
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 19243965 98 - 22407834
UUGGCACUCAGU---UGGACCCU-------------------CGUGCAAAAUGUACAAUAUUUUACUGGCUAAUCUUAUGCGGCCGGAUCCGCUGAGUUCCGGCUCAGCUUUGCCAGCGU
..((.(((((((---.(((.((.-------------------.((((.....))))...........((((..........)))))).)))))))))).))(((........)))..... ( -33.00)
>DroPse_CAF1 71841 117 - 1
UUGGCACUCAGA---UGGACUCGUGCUUCUGUGGAGCUGGGGCAUGCAAAAUAUACAAUAUUUUACGGACUAAUCUUAUGCGGCCGGAACUGGUGAGUUCCGGCUCAGCUUUGCCAGCGU
(((((((.((((---.(.(....).).)))).)((((((..(((((.(((((((...)))))))..(((....))))))))((((((((((....))))))))))))))))))))))... ( -40.80)
>DroSim_CAF1 65271 98 - 1
UUGGCACUCAGU---UGGACCCU-------------------CGUGCAAAAUGUACAAUAUUUUACUGGCUAAUCUUAUGCGGCCGGAUCCGCUGAGUUCCGGCUCAGCUUUGCCAGCGU
..((.(((((((---.(((.((.-------------------.((((.....))))...........((((..........)))))).)))))))))).))(((........)))..... ( -33.00)
>DroMoj_CAF1 96626 105 - 1
UUUACACUUUAUCUCUCGACAUU-------------UUGGAGCAUGCGAAACAUAAAAUAUUUUUCUG-CUAAUCUUUUGCGGC-GGAACUUGCUAGUUCCGGCUCAGCUUUGCAAACAC
............(((.(((....-------------))))))..((((((.(.............(((-(.........))))(-((((((....))))))).....).))))))..... ( -20.70)
>DroAna_CAF1 114274 114 - 1
AUGGCACUCAGC---UGGACUCGCCCUUCUGCUG---UGGAGCAUGCAAAAUAUACAAUAUUUUACUGGCUAAUCUUAUGCCACCGGAACCGUUGAGUUCCGGCUCAGCUUUGCCGGCGU
.((((((.((((---.((......))....))))---.).(((....(((((((...)))))))....))).......)))))((((....(((((((....)))))))....))))... ( -34.20)
>DroPer_CAF1 75016 117 - 1
UUGGCACUCAGA---UGGACUCGUGCUUCUGUGGAGCUGGGGCAUGCAAAAUAUACAAUAUUUUACGGACUAAUCUUAUGCGCCCGGAACUGGUGAGUUCCGGCUCAGCUUUGCCAGCGU
(((((((.((((---.(.(....).).)))).)(((((((((((((.(((((((...)))))))..(((....))))))))..((((((((....))))))))))))))))))))))... ( -39.80)
>consensus
UUGGCACUCAGU___UGGACUCG______________UGG_GCAUGCAAAAUAUACAAUAUUUUACUGGCUAAUCUUAUGCGGCCGGAACCGGUGAGUUCCGGCUCAGCUUUGCCAGCGU
.(((((.........................................(((((((...)))))))...............(((((((((((......)))))))))..))..))))).... (-18.52 = -19.08 +   0.56)

alignment

secondary structure

dotplot

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