Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 19,021,908 – 19,022,028 |
Length | 120 |
Max. P | 0.999464 |
Location | 19,021,908 – 19,022,028 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 95.00 |
Mean single sequence MFE | -35.14 |
Consensus MFE | -32.58 |
Energy contribution | -32.70 |
Covariance contribution | 0.12 |
Combinations/Pair | 1.08 |
Mean z-score | -2.23 |
Structure conservation index | 0.93 |
SVM decision value | 3.63 |
SVM RNA-class probability | 0.999464 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 19021908 120 - 22407834 GCUCUUUUUACAGACGAUGAGUGGCAUCACAUGGCUGUGCCGCAUUGUCGGUAUUCAUAUAUCAAGAGCUGGUUACAUUAUGUGGCAAACUCCAAUGAUGUGACUUAAAGGGACGACUUA ((((((......((((((..((((((.((......))))))))))))))(((((....))))))))))).(((((((((((.(((......))))))))))))))..(((......))). ( -38.20) >DroSec_CAF1 25957 120 - 1 GCUCUUUUUACAGACGAUGAGUGGCAUCACAUGGCUGUGCCACAUUGUGGGUAUUCAUAUAUCAAGAGCUGGUUACAUUAUGUGGCAAACUCCAAUAAUGUGACUUAAAGAGAGGACUUA .(((((((((((((((((..((((((.((......))))))))))))).(((((....))))).....)))((((((((((.(((......))))))))))))).)))))))))...... ( -37.30) >DroSim_CAF1 23543 120 - 1 GCUCUUUUUACAGACGAUGAGUGGCAUCACAUGGCUGUGCCACAUUGUGGGUAUUCAUAUAUCAAGAGCUGGUUACAUUAUGUGGCAAACUCCAAUAAUGUGACUUAAAGAGAGGACUUA .(((((((((((((((((..((((((.((......))))))))))))).(((((....))))).....)))((((((((((.(((......))))))))))))).)))))))))...... ( -37.30) >DroEre_CAF1 24118 120 - 1 GCUCUUUUUACAGACGAUGAGUGGCAUCACAUGGUUGUGCCACAUUGUGGAUACUCAUAUAUCAAGAGCUGGUUACAUUAUGUGGCAAACUCCAAUAAUGUGACUUAAAGAAUGGACUUA ((((((.......(((((..(((((((.((...)).)))))))))))).((((......)))))))))).(((((((((((.(((......))))))))))))))............... ( -33.90) >DroYak_CAF1 20136 120 - 1 GCUCUUUUUACAGACGAUGAGUGGCAUCACAUGGUUGUGCCACAUUGUGGGUAUUCAUAUAUCAAGAGCCGGUAACAUUAUGUGGCAAACUCCAAUAUUGUGACUUGAAGAAAGGACUUA (..((((((.(((((((((.(((....))).(((...((((((((.((((((((....)))))....(....)..))).))))))))....))).))))))...))).))))))..)... ( -29.00) >consensus GCUCUUUUUACAGACGAUGAGUGGCAUCACAUGGCUGUGCCACAUUGUGGGUAUUCAUAUAUCAAGAGCUGGUUACAUUAUGUGGCAAACUCCAAUAAUGUGACUUAAAGAGAGGACUUA ((((((.......(((((..((((((.((......))))))))))))).(((((....))))))))))).(((((((((((.(((......))))))))))))))............... (-32.58 = -32.70 + 0.12)
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