| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 19,005,225 – 19,005,331 |
| Length | 106 |
| Max. P | 0.878085 |
| Location | 19,005,225 – 19,005,331 |
|---|---|
| Length | 106 |
| Sequences | 5 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 72.54 |
| Mean single sequence MFE | -30.44 |
| Consensus MFE | -15.66 |
| Energy contribution | -16.86 |
| Covariance contribution | 1.20 |
| Combinations/Pair | 1.35 |
| Mean z-score | -1.89 |
| Structure conservation index | 0.51 |
| SVM decision value | 0.90 |
| SVM RNA-class probability | 0.878085 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 19005225 106 - 22407834 -AGGUUGUACUGGCUAAAAGAUAGUUUCGGUGCGUGUCCACGCUAAUUGUGGAUUGUGUACACGCUAAUUGGUAUUUUAACC--CU-----------AUUUGUAUUAAUUGGUGGUAUUU -.....((((((((((.....))))..))))))..(((((((.....)))))))...((((.(((((((((((((.......--..-----------....))))))))))))))))).. ( -29.12) >DroSec_CAF1 8220 106 - 1 -AGGUUGUACUGGCUAGUAGAUAGUUUCGGUGCGUAUCCACGCUAAUUGUGGAUUGUGUACCCGCUAAUUGGUAUUUUAACC--CU-----------AUUAGUAUUAUUUAGUGGUAUUU -...........((((.((((((((...(((((..(((((((.....)))))))...))))).((((((.(((......)))--..-----------)))))))))))))).)))).... ( -31.20) >DroSim_CAF1 6577 106 - 1 -AGGUUGUACUGGCUAGAAGAGGGUUUCGGUGCAUGUCUACGCUAAUUGUGGAUUGUGUACCCGCUAAUUGGUAUUUUAACC--CU-----------AUUAGUAUUAUUUAGUGGUAUUU -.....((((((.(((((..........((((((((((((((.....)))))).)))))))).((((((.(((......)))--..-----------))))))....))))))))))).. ( -28.00) >DroEre_CAF1 8332 116 - 1 GAGGUUGUAUAGGCUAGCAGC----UUUGGUGCGAGUCCAGGCUAAUUGUGGAGUGUGCACUCACUAAGUGGUAUUUAUAAAGCUUGUGUGGUAUAUUAUGGUAUGGACCCGUGGUAUUA ((((((((........)))))----)))(.((((.(((((.((((.......(((((((.(.(((.((((..((....))..))))))).)))))))).)))).))))).)))).).... ( -31.50) >DroYak_CAF1 5383 119 - 1 GU-GUUGUAUAGGCUAGCAGCAAAUUUUGGUGGGAGACCACGCUAAUGGUGGAUUGUGCACUAACUAAAUGGUACUUCUAUCGGGUGUGUGGUAUAUUUUAGUAUGGACCAGUGGUAUUU .(-(((((........)))))).......((((....))))((((.(((((((..((((.(.........))))).)))))))(((.((((.((.....)).)))).)))..)))).... ( -32.40) >consensus _AGGUUGUACUGGCUAGAAGAUAGUUUCGGUGCGUGUCCACGCUAAUUGUGGAUUGUGUACCCGCUAAUUGGUAUUUUAACC__CU___________AUUAGUAUUAAUUAGUGGUAUUU ......((((..................((((((((((((((.....)))))).))))))))((((((.(((((((........................))))))).)))))))))).. (-15.66 = -16.86 + 1.20)
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