Locus 6793

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 19,000,198 – 19,000,318
Length 120
Max. P 0.514662
window10841

overview

Window 1

Location 19,000,198 – 19,000,318
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.44
Mean single sequence MFE -39.58
Consensus MFE -27.95
Energy contribution -25.93
Covariance contribution -2.02
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -0.95
Structure conservation index 0.71
SVM decision value -0.04
SVM RNA-class probability 0.514662
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 19000198 120 + 22407834
CAGGGCCACUGUGCCGCUUCUUCUGGCCGGACUCAUAUCGGAGUUCAGCGAGCAUGGAAACGGCCAUAGCUACAAUGCCCAAAUUUACGCUGUGCUCCUUAUAGCCUGUAUCUUGGCCAG
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>DroPse_CAF1 3338 120 + 1
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>DroSec_CAF1 3180 120 + 1
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>DroEre_CAF1 3308 120 + 1
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>DroYak_CAF1 322 120 + 1
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>DroPer_CAF1 3283 120 + 1
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>consensus
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secondary structure

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