Locus 6766

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 18,909,816 – 18,909,916
Length 100
Max. P 0.587245
window10805

overview

Window 5

Location 18,909,816 – 18,909,916
Length 100
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.61
Mean single sequence MFE -28.90
Consensus MFE -20.28
Energy contribution -20.39
Covariance contribution 0.11
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -1.19
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 0.11
SVM RNA-class probability 0.587245
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18909816 100 - 22407834
---ACUCGUAUUUCUGU------UCUGU--GUAUGCUGCGUUGGGAACUUGGUCAU----GUAGAUUCU-----ACAAUCCUGACGUGUCCCGUGCACAUUAUGCGCGAUGCAUGGUGUC
---..............------.((((--((((...((((..(((....((((..----...))))..-----....)))..))))....((((((.....)))))))))))))).... ( -26.30)
>DroSec_CAF1 34990 103 - 1
CAUACUCGUAUUUGUGU------UCUGU--GUAUGCUGCGUUGGGAACUUGGUAAU----GUAGAUUCU-----ACAAUCCUGACGUGUCCCGUGCACAUUAUGCGCGAUGCAUGGUGUC
.(((((.(((((.((((------..(((--(((((.(((((..(((((...))..(----((((...))-----))).)))..)))))...))))))))....)))))))))..))))). ( -30.70)
>DroSim_CAF1 34563 100 - 1
---ACUCGUAUUUGUGU------UCUGU--GUAUGCUGCGUUGGGAACUUGGUCAU----GUAGAUUCU-----ACAAUCCUGACGUGUCCCGUGCACAUUAUGCGCGAUGCAUGGUGUC
---....(((((.((((------..(((--(((((.(((((..(((....((((..----...))))..-----....)))..)))))...))))))))....)))))))))........ ( -28.80)
>DroEre_CAF1 33172 102 - 1
-----ACAUAUUUGUGU------UCUGU--GUAUGCCGCGUUGGGAACUUGGUCAUGUAUGUAGAUUCU-----ACAAUCCUGACGUGUCCCGUGCACAUUAUGCGCGAUGCAUGGUGUC
-----.(((..((((((------..(((--(((((.(((((..(((((........)).(((((...))-----))).)))..)))))...))))))))....))))))...)))..... ( -32.80)
>DroYak_CAF1 33900 98 - 1
-----ACAUAUUUGUGU------UCUGU--GUAUGCCGCGUUGGGAACUUGGUCAU----GUAGAUUCC-----ACAAUCCUGACGUGUCCCAUGCACAUUAUGCACGAUGCAUGGUGUC
-----.(((..((((((------..(((--(((((.(((((..(((...(((((..----...))..))-----)...)))..)))))...))))))))....))))))...)))..... ( -32.90)
>DroAna_CAF1 19820 104 - 1
-----UAGUAUUUAUUUGAAUAUUUUAAUGAUCUGCCC--UUCUGGCCU-----AA----AUAUUUUCGACAGGACAUCUAUGACGUGCCUUGUGCACAUUAUGCGCGAUGCAUGGUGUC
-----.((((((((...((.(((....))).)).(((.--....))).)-----))----)))))...((((((....))....(((((.(((((((.....))))))).))))).)))) ( -21.90)
>consensus
_____UCGUAUUUGUGU______UCUGU__GUAUGCCGCGUUGGGAACUUGGUCAU____GUAGAUUCU_____ACAAUCCUGACGUGUCCCGUGCACAUUAUGCGCGAUGCAUGGUGUC
..............................(((((.(((((..(((..(((........................))))))..)))))...)))))(((((((((.....))))))))). (-20.28 = -20.39 +   0.11)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:19:29 2006