Locus 6716

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 18,749,220 – 18,749,320
Length 100
Max. P 0.660084
window10725

overview

Window 5

Location 18,749,220 – 18,749,320
Length 100
Sequences 5
Columns 100
Reading direction forward
Mean pairwise identity 87.68
Mean single sequence MFE -37.96
Consensus MFE -23.86
Energy contribution -24.90
Covariance contribution 1.04
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -2.77
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 0.27
SVM RNA-class probability 0.660084
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18749220 100 + 22407834
UACAAUUGAGCCACAUUUAUGGUGGUGCUGUGGCCACGUACGUAUACGUACUGUGGUGCUGGCGAUGCCUUGGUGGUUGGGUGGUUGAUUCGCUGGUGUG
((((....((((((......(((..(((((..((((((((((....))))).)))))..)))))..)))...)))))).(((((.....)))))..)))) ( -34.80)
>DroSec_CAF1 12788 100 + 1
UACAAUUGAGCCACAUUUAUGGUGGUGCUGCGGCCACGUACGUAUACGUACUGUGGUGCUGCCGAUGCCCUGGUGGUUGGGUGGUUGGUUCGCUGGUGUG
(((...(((((((......(((..(..(..(((..(((((....))))).)))..)..)..)))..((((........))))...)))))))...))).. ( -38.10)
>DroSim_CAF1 12997 92 + 1
UACAAUUGAGCCACAUUUAUGGUGGUGCUGCGGCCACGUACGUAUACGUACUGUGGUGCUGCCGAUGCCCUGGUGG--------UUGCUUCGCUGGUGUG
....((((.(((((.......)))))((.(((.(((((((((....))))).))))))).))))))((.(..((((--------.....))))..).)). ( -32.60)
>DroEre_CAF1 13072 94 + 1
UACAAUUGAGCCACAUUUAUGGUGGUGCUGCUGCCACGUACGUAUACGUACAGUGGUGCUG-CGGUGCCUUGGUGGUUG-GU----GGUUCGGUGGUGUG
(((.((((((((((..((((.(.((..((((.((((((((((....))))).)))))...)-)))..)).).))))...-))----)))))))).))).. ( -45.10)
>DroYak_CAF1 12813 91 + 1
UACAAUUGAGCCACAUUUAUGGUGGUGCUGCGGCCACG----UAUACGUACAGUGGUGCUG-CGGUGCCUUGGUGGUUGGGU----GGCUCUUUGGUGUG
..(((..(((((((..((((.(.((..(((((((((((----((....))).)))..))))-)))..)).).))))....))----))))).)))..... ( -39.20)
>consensus
UACAAUUGAGCCACAUUUAUGGUGGUGCUGCGGCCACGUACGUAUACGUACUGUGGUGCUG_CGAUGCCUUGGUGGUUGGGU__UUGGUUCGCUGGUGUG
........((((((......((((.(((.((.((((((((((....))))).))))))).).)).))))...))))))...................... (-23.86 = -24.90 +   1.04)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:18:17 2006