Locus 6695

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	18,727,815 – 18,727,975
Length	160
Max. P	0.940521

overview

Window 8

Location	18,727,815 – 18,727,935
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	97.17
Mean single sequence MFE	-31.70
Consensus MFE	-30.92
Energy contribution	-31.00
Covariance contribution	0.08
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-1.18
Structure conservation index	0.98
SVM decision value	0.43
SVM RNA-class probability	0.732207
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18727815 120 + 22407834
AUGUCUCGGUGGCAUUUGUUGUUGAUUUCCGUGCAGCUCGGCUUGGAUCACUUUGCAUUUACGCGCUGUCACAAUUUGCAUUAAUUGGAUCUAAGCGAGUAGUUAUCAUUGAUUUAGCAC
.....((((..((....))..)))).....((((.(((((.((((((((((..(((......)))..))..(((((......))))))))))))))))))(((((....)))))..)))) ( -33.50)
>DroSec_CAF1 20379 120 + 1
AUGUCUCGGUGGCAUUUGUUGUUGAUUUCCGUGCAGCUCGGCUUGGAUCACUUUUCAUUUACGCGCUGUCACAAUUUGCAUUAAUUGGAUCUAAGCGAGUAGUUAUCAUUGAUUUAGCAC
.......(((((((((((((...((..((((((((((.((...((((......))))....)).)))).)))((((......)))))))))..))))))).))))))............. ( -28.90)
>DroSim_CAF1 18856 120 + 1
AUGUCUCGGUGGCAUUUGUUGUUGAUUUCCGUGCAGCUCGGCUGGGAUCACUUUGCAUUUACGCGCUGUCACAAUUUGCAUUAAUUGGAUCUAAGCGAGUAGUUAUCAUUGAUUUAGCAC
.....((((..((....))..)))).....((((.(((((.((.(((((((..(((......)))..))..(((((......)))))))))).)))))))(((((....)))))..)))) ( -29.90)
>DroEre_CAF1 20614 120 + 1
AUGUCUCGGUGGCAUUUGUUGUUGAUUUCCGUGCAGCUUGGCUUGGAUCACUUUGCAUCUACGCGCUGUCACAAUUUGCAUUAAUUGGAUCUAAGCGAGUAGUUAUCAUUGAUUUAGCAC
.....((((..((....))..)))).....((((.(((((.((((((((((..(((......)))..))..(((((......))))))))))))))))))(((((....)))))..)))) ( -31.40)
>DroYak_CAF1 20633 120 + 1
AUGCCUCGAUAGCAUUUGUUGUUGAUUUCCGUGCAGCUCAGCUUGGAUCACUUUGCAUCUACGCGCUGUCACAAUUUGCAUUAAUUGGAUCUAAGCGAGUAGUUAUCAUUGAUUUAGCAC
.....((((((((....)))))))).....((((.((((.(((((((((((..(((......)))..))..(((((......))))))))))))))))))(((((....)))))..)))) ( -34.80)
>consensus
AUGUCUCGGUGGCAUUUGUUGUUGAUUUCCGUGCAGCUCGGCUUGGAUCACUUUGCAUUUACGCGCUGUCACAAUUUGCAUUAAUUGGAUCUAAGCGAGUAGUUAUCAUUGAUUUAGCAC
.....((((..((....))..)))).....((((.((((.(((((((((((..(((......)))..))..(((((......))))))))))))))))))(((((....)))))..)))) (-30.92 = -31.00 +   0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	18,727,855 – 18,727,975
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	97.50
Mean single sequence MFE	-30.78
Consensus MFE	-28.08
Energy contribution	-28.04
Covariance contribution	-0.04
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.61
Structure conservation index	0.91
SVM decision value	1.29
SVM RNA-class probability	0.940521
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18727855 120 + 22407834
GCUUGGAUCACUUUGCAUUUACGCGCUGUCACAAUUUGCAUUAAUUGGAUCUAAGCGAGUAGUUAUCAUUGAUUUAGCACCGAUCUCUGGUAUAUAUAGGCCAUAGAUAUGCAUCGCUCU
(((((((((((..(((......)))..))..(((((......))))))))))))))(((((((((....)))))..(((...((((.((((........)))).)))).)))...)))). ( -33.70)
>DroSec_CAF1 20419 120 + 1
GCUUGGAUCACUUUUCAUUUACGCGCUGUCACAAUUUGCAUUAAUUGGAUCUAAGCGAGUAGUUAUCAUUGAUUUAGCACCGAUCUCUGGUAUAUAUAGGCCAUAGAUAUGCAUCGCUCU
(((((((((...........((.....))..(((((......))))))))))))))(((((((((....)))))..(((...((((.((((........)))).)))).)))...)))). ( -29.10)
>DroSim_CAF1 18896 120 + 1
GCUGGGAUCACUUUGCAUUUACGCGCUGUCACAAUUUGCAUUAAUUGGAUCUAAGCGAGUAGUUAUCAUUGAUUUAGCACCGAUCUCUGGUAUAUAUAGGCCAUAGAUAUGCAUCGCUGU
((..((((((...((...((((.(((((((.(((((......))))))))...)))).))))....)).)))))).(((...((((.((((........)))).)))).)))...))... ( -28.30)
>DroEre_CAF1 20654 120 + 1
GCUUGGAUCACUUUGCAUCUACGCGCUGUCACAAUUUGCAUUAAUUGGAUCUAAGCGAGUAGUUAUCAUUGAUUUAGCACCGAUCUCUGGUAUAUAUAGGCCAUAGAUAUGCAUCUCUGU
(((((((((((..(((......)))..))..(((((......))))))))))))))(((.(((((....)))))..(((...((((.((((........)))).)))).)))..)))... ( -31.40)
>DroYak_CAF1 20673 120 + 1
GCUUGGAUCACUUUGCAUCUACGCGCUGUCACAAUUUGCAUUAAUUGGAUCUAAGCGAGUAGUUAUCAUUGAUUUAGCACCGAUCUCUGGUAUAUAUAGGCCAUAGAUAUGCAUCUCUGC
(((((((((((..(((......)))..))..(((((......))))))))))))))(((.(((((....)))))..(((...((((.((((........)))).)))).)))..)))... ( -31.40)
>consensus
GCUUGGAUCACUUUGCAUUUACGCGCUGUCACAAUUUGCAUUAAUUGGAUCUAAGCGAGUAGUUAUCAUUGAUUUAGCACCGAUCUCUGGUAUAUAUAGGCCAUAGAUAUGCAUCGCUGU
...(((((((........((((.(((((((.(((((......))))))))...)))).)))).......)))))))(((...((((.((((........)))).)))).)))........ (-28.08 = -28.04 +  -0.04)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:17:43 2006