Locus 6675

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	18,715,938 – 18,716,093
Length	155
Max. P	0.984609

overview

Window 0

Location	18,715,938 – 18,716,053
Length	115
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.92
Mean single sequence MFE	-39.18
Consensus MFE	-32.38
Energy contribution	-33.06
Covariance contribution	0.68
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.23
Structure conservation index	0.83
SVM decision value	1.98
SVM RNA-class probability	0.984609
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18715938 115 + 22407834
GACGAACCUUCGUCAUCAGCAGCGGCAUGGUGAUUAUUAAAUGCUG-----GACGCAUAAUUAUCGUGCUAAUCAUGACAAUCAGUCGACGCAGUCGCGCUUCAGCAGCGGCAAUAGCAA
(((((....)))))....((.(((((((((((((((.....(((..-----...)))))))))))))))......((((.....)))).))).(((((((....)).)))))....)).. ( -39.90)
>DroSec_CAF1 8787 120 + 1
GACGAACCCCCGUCAUCAGCAGCGGCAUGGUGAUUAUUAAAUGCUGGCCUGGCCGCAUAAUUAUCGUGCUAAUCAUGACAAUCAGUCGACGCAGUCGCGCUUCAGCAGCGGCAAUAGCAA
((((......))))....((.(((((((((((((((.....(((.(((...))))))))))))))))))......((((.....)))).))).(((((((....)).)))))....)).. ( -42.70)
>DroSim_CAF1 7151 120 + 1
GACGAACCCCCGUCAUCAGCAGCGGCAUGGUGAUUAUUAAAUGCUGGCCUGGCCGCAUAAUUAUCGUGCUAAUCAUGACAAUCAGUCGACGCAGUCGCGCUUCAGCAGCGGCAAUAGCAA
((((......))))....((.(((((((((((((((.....(((.(((...))))))))))))))))))......((((.....)))).))).(((((((....)).)))))....)).. ( -42.70)
>DroEre_CAF1 8792 115 + 1
GACGAACCUCCGUCAUCAGCAGCGGCAUGGUGAUUAUUAAAUGCUG-----GCCGCAUAAUUAUCGUGAUAAUCAUGACAAUCAGGCGACGCAGUCGCGCUUCAGCAGCGGCAAUAGCAA
((((......))))....((..((((((............))))))-----(((((.......(((((.....))))).......(((((...)))))((....)).)))))....)).. ( -36.80)
>DroYak_CAF1 8764 115 + 1
GACGAACCCCCGUCAUCAGCAGCGCCACGGUGAUUAUUAAAUGCUG-----GCCGCAUAAUUAUCGUGAUAAUCAUGACAAUCAGGCGACGCAGUUUCGCUUCAGCAGCGGCAAUAGCAA
((((......))))..(((((.(((....))).........)))))-----(((((.......(((((.....))))).....((((((.......)))))).....)))))........ ( -33.80)
>consensus
GACGAACCCCCGUCAUCAGCAGCGGCAUGGUGAUUAUUAAAUGCUG_____GCCGCAUAAUUAUCGUGCUAAUCAUGACAAUCAGUCGACGCAGUCGCGCUUCAGCAGCGGCAAUAGCAA
((((......))))....((.(((((((((((((((.....(((..........)))))))))))))))......((((.....)))).))).(((((((....)).)))))....)).. (-32.38 = -33.06 +   0.68)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	18,715,978 – 18,716,093
Length	115
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.92
Mean single sequence MFE	-39.38
Consensus MFE	-30.82
Energy contribution	-31.46
Covariance contribution	0.64
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-2.15
Structure conservation index	0.78
SVM decision value	1.02
SVM RNA-class probability	0.901486
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18715978 115 - 22407834
CUGGUUGUGGUUUUGUUGCGCUUGAUUAUGCUUUUGGCUCUUGCUAUUGCCGCUGCUGAAGCGCGACUGCGUCGACUGAUUGUCAUGAUUAGCACGAUAAUUAUGCGUC-----CAGCAU
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>DroSec_CAF1 8827 120 - 1
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>DroSim_CAF1 7191 120 - 1
CUGGUUGUGGUUUUGUUGCGCUUGAUUAUGCUUUUGGCUCUUGCUAUUGCCGCUGCUGAAGCGCGACUGCGUCGACUGAUUGUCAUGAUUAGCACGAUAAUUAUGCGGCCAGGCCAGCAU
(((((((((...((((((.(((.((((((((..(..(.((.(((..((((.(((.....)))))))..)))..)))..)..).)))))))))).))))))...)))))))))........ ( -42.00)
>DroEre_CAF1 8832 115 - 1
UUGGUUGUGGUUUAGUUGCGCUUGAUUAUGCUUUUCGCUCUUGCUAUUGCCGCUGCUGAAGCGCGACUGCGUCGCCUGAUUGUCAUGAUUAUCACGAUAAUUAUGCGGC-----CAGCAU
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>DroYak_CAF1 8804 115 - 1
UUGGUUGUGGUUUAGUUGCGCUUGAUUAUGCUUUUCGCUCUUGCUAUUGCCGCUGCUGAAGCGAAACUGCGUCGCCUGAUUGUCAUGAUUAUCACGAUAAUUAUGCGGC-----CAGCAU
......(((((.((((.(((...((......))..)))....))))..)))))(((((..(((....)))(((((.((((((((.((.....)).)))))))).)))))-----))))). ( -35.90)
>consensus
CUGGUUGUGGUUUUGUUGCGCUUGAUUAUGCUUUUGGCUCUUGCUAUUGCCGCUGCUGAAGCGCGACUGCGUCGACUGAUUGUCAUGAUUAGCACGAUAAUUAUGCGGC_____CAGCAU
...((((..((...(((((((((.(.((.((...((((....)))).....)))).).))))))))).))((((..((((((((.((.....)).))))))))..)))).....)))).. (-30.82 = -31.46 +   0.64)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:17:08 2006