Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 18,688,386 – 18,688,506 |
Length | 120 |
Max. P | 0.635250 |
Location | 18,688,386 – 18,688,506 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.83 |
Mean single sequence MFE | -40.78 |
Consensus MFE | -29.68 |
Energy contribution | -28.88 |
Covariance contribution | -0.80 |
Combinations/Pair | 1.53 |
Mean z-score | -1.34 |
Structure conservation index | 0.73 |
SVM decision value | 0.21 |
SVM RNA-class probability | 0.635250 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 18688386 120 + 22407834 CGAAAACAAUGUCUGCCUUUGGCUUCCUGCGGGUGCGAACUCGUGGAUGCAGGGGAUAGACAUUUGGCGGAUACGUGCACUGGUUCGGAUCGUCGUGAUCCAGAUUGGCCAUAGUUUUAG ..(((((((((((((((((((.(.(((.((((((....))))))))).))))))).))))))))((((.(((..(.((....)).)(((((.....)))))..))).))))..))))).. ( -44.50) >DroVir_CAF1 16926 120 + 1 UAAAGACAAUGUCUGCCUUGGGCUUGCGGCGAGUGCGUACACGCGGAUGCAGCGGAUAUACAUUGGGCGGAUAUGUAAACUGAUUGGGAUCAUCAUGAUCCAGAUUGGCCAUUGUCUUGG ..((((((((((((((((((.(..(((.(((..((((....))))..))).)))..)...))..)))))))........(..(((.(((((.....))))).)))..).))))))))).. ( -43.30) >DroGri_CAF1 16684 120 + 1 UGAAGACAAUGUCUGCUUUGGGUUUGCGUCGGGUGCGGACACGUGGAUGCAAUGGAUAUACAUUGGGCGGAUAAGUGAACUGAUUGGGGUCAUCGUGAUCGAGAUUGGCCAUUGCCUUGG ..(((.(((((((((((....(((..(((.(........))))..))).(((((......)))))))))))........(..(((..((((.....))))..)))..).))))).))).. ( -32.00) >DroWil_CAF1 18118 120 + 1 CAAAGACUAUAUCCGCUUUGGGCUUGCGACGAGUACGCACUCGUGGAUGCAGGGGAUAGACAUUGGGCGGAUAUGAGCUUUGAUUGGGAUCAUCGUGAUCCAAAUUCGCCAUAGCCUUGG (((((..(((((((((((....((((((((((((....))))))...))))))(......)...)))))))))))..)))))....(((((.....))))).......(((......))) ( -40.30) >DroMoj_CAF1 16252 120 + 1 UGAAUACAAUAUCCGCCUUGGGCUUGCGUCGUGUGCGCACGCGCGGAUGCAAUGGAUAUACAUUGGGCGGGUAUGUGAACUGAUUGGGAUCAUCGUGAUCCAGAUUGGCCAUUGUCUUGG ....((((.(((((((((.......(((((.(((((....))))))))))((((......)))))))))))))))))..(..(((.(((((.....))))).)))..)(((......))) ( -44.80) >DroAna_CAF1 13589 120 + 1 CAAACACUAUGUCCGCCUUGGGCUUCCUGCGAGUGCGUAUUCUCGGAUGCAACGGAUAAACAUUUGGCGGAUAUGUGCACUGGUUUGGAUCGUCAUGGUCCAAGUUAGCCAUCGUCUUCG ....(((.(((((((((.((....(((.((....))(((((....)))))...)))....))...))))))))))))..((..((((((((.....))))))))..))............ ( -39.80) >consensus CAAAGACAAUGUCCGCCUUGGGCUUGCGGCGAGUGCGCACUCGCGGAUGCAACGGAUAUACAUUGGGCGGAUAUGUGAACUGAUUGGGAUCAUCGUGAUCCAGAUUGGCCAUUGUCUUGG ..(((((((((((((((....((...(.((((((....)))))).)..))...(......)....))))))).......((((((.(((((.....))))).))))))..)))))))).. (-29.68 = -28.88 + -0.80)
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