Locus 6653

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 18,669,913 – 18,670,023
Length 110
Max. P 0.971485
window10614 window10615

overview

Window 4

Location 18,669,913 – 18,670,023
Length 110
Sequences 6
Columns 110
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.79
Mean single sequence MFE -35.45
Consensus MFE -21.23
Energy contribution -21.10
Covariance contribution -0.13
Combinations/Pair 1.36
Mean z-score -2.19
Structure conservation index 0.60
SVM decision value 1.08
SVM RNA-class probability 0.912746
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18669913 110 + 22407834
UUUAUCCGAUAGAGACGCUGAUCCGUACAGCUUCUAAUCCAGUUGAUUUGGUACCGCAUUUCAAUCGGAUCCUGGGCUGCGGACGGAGGUGAGUAUCCCAGAUAUGGCUC
...(((((((.((((.((....(((..(((((........)))))...)))....)).)))).))))))).(((((.(((..((....))..))).)))))......... ( -33.00)
>DroSec_CAF1 22630 110 + 1
UUUAUCCGGUAGAGACGCUGAUCCGUACAGCUUCUAAUCCAGUUGAUUUGGUACCGCAUUUCAAUCGGAUCCUGAGCUGCGGACGGAGGUUAGUCUUCCAGAUAUGCCUC
..((((.((..(((((.....(((((.((((((...((((.(((((..((......))..))))).))))...))))))...))))).....))))))).))))...... ( -37.30)
>DroSim_CAF1 23912 110 + 1
UUUAUCCGGUAGAGACGCUGAUCCGUACAGCUUCUAAUCCAGUUGAUUUGGUACCGCAUUUCAAUCGGAUCCUGAGCUGCGGACGGAGGUGAGUCUUCCAGAUAUGGCUC
..((((.((.(((..((((..(((((.((((((...((((.(((((..((......))..))))).))))...))))))...)))))))))..))).)).))))...... ( -37.80)
>DroEre_CAF1 22925 110 + 1
UUUAUCCGGAAGAGACGCUGAUCCGUGCAGCUUCUAAUCCAAUUGAUUUGAUACCGCAUUUCAAUCGGAUCCUGAGCUGCGGAAGGGGAUGAAUCUUCCAGACUUGACUU
....((.((((((....(...(((.((((((((...((((.(((((..((......))..))))).))))...))))))))...)))...)..)))))).))........ ( -35.50)
>DroYak_CAF1 22841 110 + 1
UUUAUGCGGAAGAGACGCUGAUCCGUACAGCUUCUAAUCCAAUUGAUUUGGUAUCGCAUUUCAAUCGGAUCCUGGGCUGCGGAAGGAGAUGAAUCUUCCAGAUAUGUCUU
.......((((((..((((..((((..((((((...((((.(((((..((......))..))))).))))...))))))))))...)).))..))))))........... ( -32.50)
>DroMoj_CAF1 66717 108 + 1
UGCAACAACAUUUGAGCCUGAUCACUACAGCUGCGCAGCCAAUUACUGCGAUAGCGCAUCUCAAUAAGUGAUAGAGCUGCAAAAUA--AAGACUCAAUCAGGCUCGGAUC
.........(((((((((((((.......(((((((((.......))))).))))(((.(((.((.....)).))).)))......--........))))))))))))). ( -36.60)
>consensus
UUUAUCCGGAAGAGACGCUGAUCCGUACAGCUUCUAAUCCAAUUGAUUUGGUACCGCAUUUCAAUCGGAUCCUGAGCUGCGGAAGGAGAUGAGUCUUCCAGAUAUGGCUC
...........(((((.....(((...((((((...((((.(((((..((......))..))))).))))...)))))).....))).....)))))............. (-21.23 = -21.10 +  -0.13)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 18,669,913 – 18,670,023
Length 110
Sequences 6
Columns 110
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.79
Mean single sequence MFE -35.33
Consensus MFE -25.49
Energy contribution -25.72
Covariance contribution 0.23
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -2.59
Structure conservation index 0.72
SVM decision value 1.68
SVM RNA-class probability 0.971485
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18669913 110 - 22407834
GAGCCAUAUCUGGGAUACUCACCUCCGUCCGCAGCCCAGGAUCCGAUUGAAAUGCGGUACCAAAUCAACUGGAUUAGAAGCUGUACGGAUCAGCGUCUCUAUCGGAUAAA
......(((((((((.((.(...(((((..(((((....((((((.((((..((......))..)))).))))))....))))))))))...).)).)))..)))))).. ( -30.40)
>DroSec_CAF1 22630 110 - 1
GAGGCAUAUCUGGAAGACUAACCUCCGUCCGCAGCUCAGGAUCCGAUUGAAAUGCGGUACCAAAUCAACUGGAUUAGAAGCUGUACGGAUCAGCGUCUCUACCGGAUAAA
......(((((((.((((.....(((((..((((((...((((((.((((..((......))..)))).))))))...))))))))))).....))))...))))))).. ( -36.50)
>DroSim_CAF1 23912 110 - 1
GAGCCAUAUCUGGAAGACUCACCUCCGUCCGCAGCUCAGGAUCCGAUUGAAAUGCGGUACCAAAUCAACUGGAUUAGAAGCUGUACGGAUCAGCGUCUCUACCGGAUAAA
......(((((((.((((.(...(((((..((((((...((((((.((((..((......))..)))).))))))...)))))))))))...).))))...))))))).. ( -37.00)
>DroEre_CAF1 22925 110 - 1
AAGUCAAGUCUGGAAGAUUCAUCCCCUUCCGCAGCUCAGGAUCCGAUUGAAAUGCGGUAUCAAAUCAAUUGGAUUAGAAGCUGCACGGAUCAGCGUCUCUUCCGGAUAAA
.......((((((((((..(.......(((((((((...(((((((((((..((......))..)))))))))))...))))))..))).....)..))))))))))... ( -39.80)
>DroYak_CAF1 22841 110 - 1
AAGACAUAUCUGGAAGAUUCAUCUCCUUCCGCAGCCCAGGAUCCGAUUGAAAUGCGAUACCAAAUCAAUUGGAUUAGAAGCUGUACGGAUCAGCGUCUCUUCCGCAUAAA
......(((.(((((((..(..((...((((((((....(((((((((((..((......))..)))))))))))....))))..))))..)).)..))))))).))).. ( -32.80)
>DroMoj_CAF1 66717 108 - 1
GAUCCGAGCCUGAUUGAGUCUU--UAUUUUGCAGCUCUAUCACUUAUUGAGAUGCGCUAUCGCAGUAAUUGGCUGCGCAGCUGUAGUGAUCAGGCUCAAAUGUUGUUGCA
.....((((((((((.......--......(((.(((...........))).)))(((..((((((.....)))))).)))......))))))))))............. ( -35.50)
>consensus
GAGCCAUAUCUGGAAGACUCACCUCCGUCCGCAGCUCAGGAUCCGAUUGAAAUGCGGUACCAAAUCAACUGGAUUAGAAGCUGUACGGAUCAGCGUCUCUACCGGAUAAA
......(((((((.((((.....(((((..((((((...((((((.((((..((......))..)))).))))))...))))))))))).....))))...))))))).. (-25.49 = -25.72 +   0.23)

alignment

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secondary structure

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