Locus 6650

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 18,668,564 – 18,668,724
Length 160
Max. P 0.999954
window10606 window10607 window10608 window10609

overview

Window 6

Location 18,668,564 – 18,668,684
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 92.67
Mean single sequence MFE -47.70
Consensus MFE -42.84
Energy contribution -42.40
Covariance contribution -0.44
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -3.17
Structure conservation index 0.90
SVM decision value 4.71
SVM RNA-class probability 0.999942
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18668564 120 + 22407834
CGAUCUCUUUCAGAUCAGUUCGGAACUUUACGCAGUCGAGAUCCUCGGAACUCCGUUCGCGAUGGAUCACGUCCAGGUACAACUGGUUAUGUUCCAGUCGUGCCAGGAAGUGAUCCAGCG
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>DroSec_CAF1 21245 120 + 1
CGAUCUCAUUCAGAUCAGUGCGGAACUUUACGCAGUCGAGAUCCUCGGCGGUCCGUUCGCGAUGGAUCACGUCCAGGUACAACUGGUUAUGUUCCAGUCGUGCCAGGAAGUGAUCCAACG
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>DroSim_CAF1 22522 120 + 1
CGAUCUCAUUCAGAUCAGUGCGGAACUUUACGCAGUCGAGAUCCUCGGAGGUCCGUUCGCGAUGGAUCACGUCCAGGUACAACUGGUUAUGUUCCAGUCGUGCCAGGAAGUGAUCCAACG
.(((((.....)))))..((((........))))((((.((....(((....))).)).))))(((((((.(((.(((((.(((((.......))))).))))).))).))))))).... ( -50.40)
>DroEre_CAF1 21510 120 + 1
CGAUUUCACUCAGAUCAGUUCGGAACUUUACGCAAUCGAGAUCCUCGGAGCUCCGUUCCCGGUGGAUCACGUCCAGGUACAAUUGGCUAUGCUCCAGUCGUGCCAGGAAGUGAUCCAACG
.(((((.....))))).....(((((.....((..(((((...))))).))...)))))((.((((((((.(((.(((((.(((((.......))))).))))).))).)))))))).)) ( -42.00)
>DroYak_CAF1 21420 120 + 1
CGAUCUCACCCAGAUCAGUUCGAAACUUGACGCAGUUGAGAUCCUCGACGCUCCGUUCCCGGUGGAUCACGUCCAGGUACAACUGGUUAUGUUCCAGUCGUGCCAGGAAGUGAUCCAACG
.(((((.....))))).....(((....((.((.((((((...))))))))))..))).((.((((((((.(((.(((((.(((((.......))))).))))).))).)))))))).)) ( -46.60)
>consensus
CGAUCUCAUUCAGAUCAGUUCGGAACUUUACGCAGUCGAGAUCCUCGGAGCUCCGUUCGCGAUGGAUCACGUCCAGGUACAACUGGUUAUGUUCCAGUCGUGCCAGGAAGUGAUCCAACG
.(((((.....))))).(..((((...........(((((...)))))...))))..).((.((((((((.(((.(((((.(((((.......))))).))))).))).)))))))).)) (-42.84 = -42.40 +  -0.44)

alignment

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secondary structure

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Window 7

Location 18,668,564 – 18,668,684
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 92.67
Mean single sequence MFE -48.44
Consensus MFE -43.62
Energy contribution -43.54
Covariance contribution -0.08
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -3.28
Structure conservation index 0.90
SVM decision value 4.83
SVM RNA-class probability 0.999954
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18668564 120 - 22407834
CGCUGGAUCACUUCCUGGCACGACUGGAACAUAACCAGUUGUACCUGGACGUGAUCCAUCGCGAACGGAGUUCCGAGGAUCUCGACUGCGUAAAGUUCCGAACUGAUCUGAAAGAGAUCG
(((((((((((.(((.((.((((((((.......)))))))).)).))).))))))))..)))..((((....((((...))))(((......)))))))....(((((.....))))). ( -48.70)
>DroSec_CAF1 21245 120 - 1
CGUUGGAUCACUUCCUGGCACGACUGGAACAUAACCAGUUGUACCUGGACGUGAUCCAUCGCGAACGGACCGCCGAGGAUCUCGACUGCGUAAAGUUCCGCACUGAUCUGAAUGAGAUCG
.(.((((((((.(((.((.((((((((.......)))))))).)).))).)))))))).)((((((....(((((((...))))...)))....))).)))...(((((.....))))). ( -49.70)
>DroSim_CAF1 22522 120 - 1
CGUUGGAUCACUUCCUGGCACGACUGGAACAUAACCAGUUGUACCUGGACGUGAUCCAUCGCGAACGGACCUCCGAGGAUCUCGACUGCGUAAAGUUCCGCACUGAUCUGAAUGAGAUCG
(((((((((((.(((.((.((((((((.......)))))))).)).))).))))))))..)))..(((....)))..(((((((..((((........))))(......)..))))))). ( -48.90)
>DroEre_CAF1 21510 120 - 1
CGUUGGAUCACUUCCUGGCACGACUGGAGCAUAGCCAAUUGUACCUGGACGUGAUCCACCGGGAACGGAGCUCCGAGGAUCUCGAUUGCGUAAAGUUCCGAACUGAUCUGAGUGAAAUCG
...((((((((.(((.((.((((.(((.......))).)))).)).))).))))))))(((....))).((((...((((((((...((.....))..)))...)))))))))....... ( -41.50)
>DroYak_CAF1 21420 120 - 1
CGUUGGAUCACUUCCUGGCACGACUGGAACAUAACCAGUUGUACCUGGACGUGAUCCACCGGGAACGGAGCGUCGAGGAUCUCAACUGCGUCAAGUUUCGAACUGAUCUGGGUGAGAUCG
(((((((((((.(((.((.((((((((.......)))))))).)).))).))))))).(((....))))))).....(((((((.(((.((((.((.....)))))).))).))))))). ( -53.40)
>consensus
CGUUGGAUCACUUCCUGGCACGACUGGAACAUAACCAGUUGUACCUGGACGUGAUCCAUCGCGAACGGAGCUCCGAGGAUCUCGACUGCGUAAAGUUCCGAACUGAUCUGAAUGAGAUCG
((.((((((((.(((.((.((((((((.......)))))))).)).))).)))))))).))....(((....)))..((((((((((......)))).....(......)...)))))). (-43.62 = -43.54 +  -0.08)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 8

Location 18,668,604 – 18,668,724
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.17
Mean single sequence MFE -47.34
Consensus MFE -40.56
Energy contribution -40.08
Covariance contribution -0.48
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -3.22
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 3.92
SVM RNA-class probability 0.999705
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18668604 120 + 22407834
AUCCUCGGAACUCCGUUCGCGAUGGAUCACGUCCAGGUACAACUGGUUAUGUUCCAGUCGUGCCAGGAAGUGAUCCAGCGACCACUUGAACAGAUUGUAGGGAAUCUCGUCGAUCUUUCC
.....(((....))).((((..((((((((.(((.(((((.(((((.......))))).))))).))).))))))))))))......(((.((((((..(((...)))..))))))))). ( -46.80)
>DroSec_CAF1 21285 120 + 1
AUCCUCGGCGGUCCGUUCGCGAUGGAUCACGUCCAGGUACAACUGGUUAUGUUCCAGUCGUGCCAGGAAGUGAUCCAACGGCCACUUGAAUAGAUUGUAGGGAAUCUCGUCGAUCUUACC
....(((((((.((((......((((((((.(((.(((((.(((((.......))))).))))).))).))))))))))))))........(((((......))))).)))))....... ( -47.70)
>DroSim_CAF1 22562 120 + 1
AUCCUCGGAGGUCCGUUCGCGAUGGAUCACGUCCAGGUACAACUGGUUAUGUUCCAGUCGUGCCAGGAAGUGAUCCAACGACCACUUGAACAGAUUGUAGGGAAUGUCGUCGAUCUUUCC
......(((((((((....)).((((((((.(((.(((((.(((((.......))))).))))).))).))))))))..))))........((((((.(.((....)).))))))).))) ( -45.50)
>DroEre_CAF1 21550 120 + 1
AUCCUCGGAGCUCCGUUCCCGGUGGAUCACGUCCAGGUACAAUUGGCUAUGCUCCAGUCGUGCCAGGAAGUGAUCCAACGACCACUUGAACAGAUUGUAGGGGAUGUCGUCGAUCUGUCC
......(((((...)))))((.((((((((.(((.(((((.(((((.......))))).))))).))).)))))))).)).........((((((((.(.((....)).))))))))).. ( -44.20)
>DroYak_CAF1 21460 120 + 1
AUCCUCGACGCUCCGUUCCCGGUGGAUCACGUCCAGGUACAACUGGUUAUGUUCCAGUCGUGCCAGGAAGUGAUCCAACGACCACUUGAACAGGUUAUAGGGAAUCUCGUCGAUCUUUCC
....((((((....(((((((.((((((((.(((.(((((.(((((.......))))).))))).))).)))))))).)((((.........))))...))))))..))))))....... ( -52.50)
>consensus
AUCCUCGGAGCUCCGUUCGCGAUGGAUCACGUCCAGGUACAACUGGUUAUGUUCCAGUCGUGCCAGGAAGUGAUCCAACGACCACUUGAACAGAUUGUAGGGAAUCUCGUCGAUCUUUCC
(((..(((...(((.....((.((((((((.(((.(((((.(((((.......))))).))))).))).)))))))).))....((.....)).......)))...)))..)))...... (-40.56 = -40.08 +  -0.48)

alignment

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secondary structure

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dotplot

Postscript

Window 9

Location 18,668,604 – 18,668,724
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 93.17
Mean single sequence MFE -46.07
Consensus MFE -41.76
Energy contribution -42.52
Covariance contribution 0.76
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -2.98
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 4.68
SVM RNA-class probability 0.999937
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18668604 120 - 22407834
GGAAAGAUCGACGAGAUUCCCUACAAUCUGUUCAAGUGGUCGCUGGAUCACUUCCUGGCACGACUGGAACAUAACCAGUUGUACCUGGACGUGAUCCAUCGCGAACGGAGUUCCGAGGAU
......(((..((..(((((((((...........))))((((((((((((.(((.((.((((((((.......)))))))).)).))).))))))))..))))..)))))..))..))) ( -48.20)
>DroSec_CAF1 21285 120 - 1
GGUAAGAUCGACGAGAUUCCCUACAAUCUAUUCAAGUGGCCGUUGGAUCACUUCCUGGCACGACUGGAACAUAACCAGUUGUACCUGGACGUGAUCCAUCGCGAACGGACCGCCGAGGAU
.......(((...(((((......)))))......((((((((((((((((.(((.((.((((((((.......)))))))).)).))).))))))))......)))).))))))).... ( -46.10)
>DroSim_CAF1 22562 120 - 1
GGAAAGAUCGACGACAUUCCCUACAAUCUGUUCAAGUGGUCGUUGGAUCACUUCCUGGCACGACUGGAACAUAACCAGUUGUACCUGGACGUGAUCCAUCGCGAACGGACCUCCGAGGAU
((((.(........).))))......(((((((..((((....((((((((.(((.((.((((((((.......)))))))).)).))).)))))))))))))))))))((.....)).. ( -44.30)
>DroEre_CAF1 21550 120 - 1
GGACAGAUCGACGACAUCCCCUACAAUCUGUUCAAGUGGUCGUUGGAUCACUUCCUGGCACGACUGGAGCAUAGCCAAUUGUACCUGGACGUGAUCCACCGGGAACGGAGCUCCGAGGAU
((((.....((((((.......((.....)).......))))))(((((((.(((.((.((((.(((.......))).)))).)).))).))))))).(((....))).).)))...... ( -41.54)
>DroYak_CAF1 21460 120 - 1
GGAAAGAUCGACGAGAUUCCCUAUAACCUGUUCAAGUGGUCGUUGGAUCACUUCCUGGCACGACUGGAACAUAACCAGUUGUACCUGGACGUGAUCCACCGGGAACGGAGCGUCGAGGAU
.......((((((.(.(((((....(((.........))).(.((((((((.(((.((.((((((((.......)))))))).)).))).)))))))).)))))))....)))))).... ( -50.20)
>consensus
GGAAAGAUCGACGAGAUUCCCUACAAUCUGUUCAAGUGGUCGUUGGAUCACUUCCUGGCACGACUGGAACAUAACCAGUUGUACCUGGACGUGAUCCAUCGCGAACGGAGCUCCGAGGAU
...................(((....(((((((..((((....((((((((.(((.((.((((((((.......)))))))).)).))).)))))))))))))))))))......))).. (-41.76 = -42.52 +   0.76)

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