Locus 6602

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 18,539,473 – 18,539,590
Length 117
Max. P 0.997348
window10540 window10541

overview

Window 0

Location 18,539,473 – 18,539,590
Length 117
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 71.93
Mean single sequence MFE -54.53
Consensus MFE -29.07
Energy contribution -29.82
Covariance contribution 0.75
Combinations/Pair 1.13
Mean z-score -2.64
Structure conservation index 0.53
SVM decision value 2.70
SVM RNA-class probability 0.996484
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18539473 117 + 22407834
GCUGGGCGAGGGGCAGGGGGACACCGGCGUGGCGUGUGGCGAUGAGCAGCGAGUGCUCGCUGGAUCCGUAGCCGCCGUACCCCGUGCCCCCCUGCUCCGUGUUCAUCCUGCCAGUGG
((((((((.(((((((((((.(((.((.(((.((.(((((...((.((((((....))))))..))....)))))))))))).))).))))))))))).)))........))))).. ( -63.40)
>DroPse_CAF1 29260 102 + 1
GUGCGGCUGGUGGCAGGGGGACACCGGU---GCGUGUGGCAAGGAGGAGCGAGUGCUCGCCGUAGCCAUAGC---CGUACCCUGUGCCCCCCUGCUCCGCAUUCAUUC---------
((((((.....(((((((((.(((.(((---(((((((((..((..((((....)))).))...))))))..---))))))..))).)))))))))))))))......--------- ( -56.30)
>DroGri_CAF1 18524 102 + 1
GCUGUGAUAGCGGCAGGGGGACACCGGUGCG---UGUGGCAAUGAGCAGACUAUGCUCACU-----CAUA----CCGUACCCUGUGCCCCCCUGCUCCGCAGGCAUUCGAG---CUG
((((((...(((((((((((.(((.((((((---(((((...((((((.....)))))).)-----))))----.))))))..))).))))))))..)))...)))...))---).. ( -49.90)
>DroWil_CAF1 20638 105 + 1
GCUGUGUUAGCGGCAGGGGGACACCCGA---GCGUGUGGCAAGUAGCAGACUGUGCUCACUCA---------CACCGUACCCUGUGCCCCCCUGCUCCGCGGGCAUCCUGGCAGCUA
(((((....(.(((((((((.(((..(.---(((.(((...(((((((.....)))).)))..---------)))))).)...))).))))))))).).((((...))))))))).. ( -44.90)
>DroMoj_CAF1 20455 105 + 1
GCUGUGAUAGCGGCAGGGGGACACCGGUGCGGUGUGUGGCAAUGAGCAGGCUAUGCUCACU-----CAUA----CCGUACCCUGUGCCCCCCUGCUCCGCGGGCAUACGUG---UCG
((((((...(((((((((((.(((.(((((((((((.(....((((((.....))))))).-----))))----)))))))..))).))))))))..)))...)))).)).---... ( -56.40)
>DroPer_CAF1 27335 102 + 1
GUGCGGCUGGUGGCAGGGGGACACCGGU---GCGUGUGGCAAGGAGGAGCGAGUGCUCGCCGUAGCCAUAGC---CGUACCCUGUGCCCCCCUGCUCCGCAUUCAUUC---------
((((((.....(((((((((.(((.(((---(((((((((..((..((((....)))).))...))))))..---))))))..))).)))))))))))))))......--------- ( -56.30)
>consensus
GCUGGGCUAGCGGCAGGGGGACACCGGU___GCGUGUGGCAAGGAGCAGCCAGUGCUCACUG____CAUA____CCGUACCCUGUGCCCCCCUGCUCCGCAGGCAUUC__G_____G
.........(((((((((((.(((.((....((.....))...(((((.....)))))......................)).))).))))))))..)))................. (-29.07 = -29.82 +   0.75)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 18,539,473 – 18,539,590
Length 117
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 71.93
Mean single sequence MFE -51.75
Consensus MFE -30.47
Energy contribution -31.42
Covariance contribution 0.95
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -2.78
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 2.84
SVM RNA-class probability 0.997348
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18539473 117 - 22407834
CCACUGGCAGGAUGAACACGGAGCAGGGGGGCACGGGGUACGGCGGCUACGGAUCCAGCGAGCACUCGCUGCUCAUCGCCACACGCCACGCCGGUGUCCCCCUGCCCCUCGCCCAGC
...(((((.(......)..((.((((((((((((.((((.(((.(((....((..((((((....)))))).))...))).).))..)).)).)))))))))))).))..).)))). ( -56.90)
>DroPse_CAF1 29260 102 - 1
---------GAAUGAAUGCGGAGCAGGGGGGCACAGGGUACG---GCUAUGGCUACGGCGAGCACUCGCUCCUCCUUGCCACACGC---ACCGGUGUCCCCCUGCCACCAGCCGCAC
---------.......(((((.((((((((((((..(((.((---....((((...((.((((....))))..))..))))..)).---))).))))))))))))......))))). ( -52.50)
>DroGri_CAF1 18524 102 - 1
CAG---CUCGAAUGCCUGCGGAGCAGGGGGGCACAGGGUACGG----UAUG-----AGUGAGCAUAGUCUGCUCAUUGCCACA---CGCACCGGUGUCCCCCUGCCGCUAUCACAGC
..(---(......))..(((..((((((((((((..(((.(((----(...-----((((((((.....))))))))...)).---)).))).)))))))))))))))......... ( -47.40)
>DroWil_CAF1 20638 105 - 1
UAGCUGCCAGGAUGCCCGCGGAGCAGGGGGGCACAGGGUACGGUG---------UGAGUGAGCACAGUCUGCUACUUGCCACACGC---UCGGGUGUCCCCCUGCCGCUAACACAGC
..((((...((....))(((..((((((((((((.((((...(((---------..(((.((((.....)))))))..).))..))---))..))))))))))))))).....)))) ( -51.00)
>DroMoj_CAF1 20455 105 - 1
CGA---CACGUAUGCCCGCGGAGCAGGGGGGCACAGGGUACGG----UAUG-----AGUGAGCAUAGCCUGCUCAUUGCCACACACCGCACCGGUGUCCCCCUGCCGCUAUCACAGC
...---...........(((..((((((((((((..(((.(((----(.((-----((((((((.....))))))))....)).)))).))).)))))))))))))))......... ( -50.20)
>DroPer_CAF1 27335 102 - 1
---------GAAUGAAUGCGGAGCAGGGGGGCACAGGGUACG---GCUAUGGCUACGGCGAGCACUCGCUCCUCCUUGCCACACGC---ACCGGUGUCCCCCUGCCACCAGCCGCAC
---------.......(((((.((((((((((((..(((.((---....((((...((.((((....))))..))..))))..)).---))).))))))))))))......))))). ( -52.50)
>consensus
C_____C__GAAUGAACGCGGAGCAGGGGGGCACAGGGUACGG____UAUG____CAGCGAGCACACGCUGCUCAUUGCCACACGC___ACCGGUGUCCCCCUGCCGCUAGCACAGC
...................((.((((((((((((.((......................(((((.....)))))...((.....))....)).))))))))))))..))........ (-30.47 = -31.42 +   0.95)

alignment

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