Locus 66

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	242,018 – 242,166
Length	148
Max. P	0.920717

overview

Window 0

Location	242,018 – 242,135
Length	117
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	84.58
Mean single sequence MFE	-61.72
Consensus MFE	-47.56
Energy contribution	-48.40
Covariance contribution	0.84
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-2.22
Structure conservation index	0.77
SVM decision value	0.39
SVM RNA-class probability	0.718528
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 242018 117 + 22407834
GUUGCUGUAGCGGAUGUGGGGGGCGGUGGCGCGGCGGAUAGCCGCCAGGCGGUCCCAUUGCACGCGGGUUCGCCGCGGCUGCGGCUGC---UGCGGCAGCUGCCGCAUCAUAACGGUAAU
(((((((((((((.((..((((((.((.(.(((((.....))))))..)).)))))......(((((.....))))).)..)).))))---)))))))))(((((........))))).. ( -64.80)
>DroVir_CAF1 39785 117 + 1
GUUGCUGUAGCGGAUGCGGCGCCCGAUGACGCGGCGGAUAGCCGCCUGGUGGGCCCAUGGCCCGUGGAUUUGCCGCUGCGGCAACGGC---UGCUGCGGCGGCCGCAUCAUAACGGUAAU
((((((((....((((((((((((.((.(.(((((.....))))).).))))))(((((...)))))...((((((.(((((....))---))).))))))))))))))...)))))))) ( -66.70)
>DroPse_CAF1 40964 117 + 1
GCUGCUGAAGCGGAUGUGGAGCUCUGUGGCGCGGCGGAUAACCUCCCGGUGGGCCCAUUGCCCGAGGAUUUGCCGCUGCGGCGGCUGC---UGCGGCGGCGGCCGCAUCGUAACGGUAAU
..(((((..(((.((((((.((..((.(((.((.(((........))).)).)))))..))))..((...((((((((((((....))---)))))))))).)))))))))..))))).. ( -57.50)
>DroGri_CAF1 40768 117 + 1
GCUGCUGUAGCGGAUGCGGCGCCCGAUGACGCGGCGGAUAGCCGCCCGGUGGGCCCAUCGCUCGAGGAUUUGCCGC---GGCAACGGCUGCUGCUGCUGCGGCCGCAUCAUAACGGUAAU
((.(((((((((...((((((.(((.((.((((((((((...((..(((((....)))))..))...)))))))))---).)).))).))))))))))))))).)).............. ( -58.90)
>DroWil_CAF1 42686 117 + 1
GUUGCUGUAACGGAUGCGGCGCCCGAUGGCGCGGCGGAUAGCCACCGGGUGGUCCCAUUGCCCUGGGAUUUGCCGCUGCGGCGGCUGC---AGCUGCGGCAGCCGCAUCAUAACGAUAAU
((((.(((....(((((((((((....)))(((((((((..(((..(((..((...))..)))))).)))))))))(((.(((((...---.))))).)))))))))))...))).)))) ( -59.50)
>DroMoj_CAF1 38325 117 + 1
GCUGCUGUAGCGGAUGCGGCGCCCGAUGACGCGGCGGAUAGCCACCGGGCGGGCCCAUGGCUCGAGGAUUUGCCGCUGCGGCAACGGC---UGCUGCGGCGGCCGCAUCAUAACGGUAAU
..((((((....(((((((((((((.....(.(((.....))).))))))(((((...))))).......((((((.(((((....))---))).))))))))))))))...)))))).. ( -62.90)
>consensus
GCUGCUGUAGCGGAUGCGGCGCCCGAUGACGCGGCGGAUAGCCGCCCGGUGGGCCCAUUGCCCGAGGAUUUGCCGCUGCGGCAACGGC___UGCUGCGGCGGCCGCAUCAUAACGGUAAU
..((((((....(((((((((((.......(((((((((.(((....)))((((.....))))....))))))))).((((((........))))))))).))))))))...)))))).. (-47.56 = -48.40 +   0.84)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	242,058 – 242,166
Length	108
Sequences	6
Columns	112
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.89
Mean single sequence MFE	-44.94
Consensus MFE	-32.12
Energy contribution	-32.77
Covariance contribution	0.64
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-2.13
Structure conservation index	0.71
SVM decision value	1.14
SVM RNA-class probability	0.920717
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 242058 108 + 22407834
GCCGCCAGGCGGUCCCAUUGCACGCGGGUUCGCCGCGGCUGCGGCUGCUGCGGCAGCUGCCGCAUCAUAACGGUAAUAGGGAUCUCUGUGGAU-CAGAAAAA---GAAAACA
(((....)))(((((((((((.(((((.....)))))((.((((((((....)))))))).)).........))))).))))))((((.....-))))....---....... ( -50.10)
>DroVir_CAF1 39825 107 + 1
GCCGCCUGGUGGGCCCAUGGCCCGUGGAUUUGCCGCUGCGGCAACGGCUGCUGCGGCGGCCGCAUCAUAACGGUAAUAGGGAUCUCUGUGUGU-UA-AAAAG---GAAGAGA
((((..(((((((((...)))))((((...((((((.(((((....))))).)))))).))))))))...))))........(((((......-..-.....---..))))) ( -45.36)
>DroPse_CAF1 41004 111 + 1
ACCUCCCGGUGGGCCCAUUGCCCGAGGAUUUGCCGCUGCGGCGGCUGCUGCGGCGGCGGCCGCAUCGUAACGGUAAUAGGGAUCUCUAUAAAG-AAGGAAAGACCGAAAAAA
.((((((..(((((.....))))).....((((((.((((((((((((((...))))))))))..)))).))))))..))))(((......))-).)).............. ( -44.80)
>DroWil_CAF1 42726 109 + 1
GCCACCGGGUGGUCCCAUUGCCCUGGGAUUUGCCGCUGCGGCGGCUGCAGCUGCGGCAGCCGCAUCAUAACGAUAAUAGGGAUCUCUAAAAUGGUAGAAGAA---AAAAAAA
((((...((.((((((((((...((..((.(((.(((((.(((((....))))).))))).)))..))..)).)))).)))))).))....)))).......---....... ( -40.70)
>DroMoj_CAF1 38365 107 + 1
GCCACCGGGCGGGCCCAUGGCUCGAGGAUUUGCCGCUGCGGCAACGGCUGCUGCGGCGGCCGCAUCAUAACGGUAAUAGGGAUCUCUGUAAGC-GG-AUAAU---GAAAUUA
((..((...((((((...)))))).))....((((((((((((.....)))))))))))).)).((((..((.(.(((((....))))).).)-).-...))---))..... ( -43.90)
>DroPer_CAF1 41418 111 + 1
ACCUCCCGGUGGGCCCAUUGCCCGAGGAUUUGCCGCUGCGGCGGCUGCUGCGGCGGCGGCCGCAUCGUAACGGUAAUAGGGAUCUCUAUAAAG-AAGGAAAGACCGAAAAAA
.((((((..(((((.....))))).....((((((.((((((((((((((...))))))))))..)))).))))))..))))(((......))-).)).............. ( -44.80)
>consensus
GCCACCCGGUGGGCCCAUUGCCCGAGGAUUUGCCGCUGCGGCGGCUGCUGCGGCGGCGGCCGCAUCAUAACGGUAAUAGGGAUCUCUAUAAAG_AAGAAAAG___GAAAAAA
(((....)))((.(((((((((....(((..((((((((((((.....))))))))))))...))).....)))))).))).))............................ (-32.12 = -32.77 +   0.64)

alignment

secondary structure

dotplot

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