Locus 6566

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 18,467,920 – 18,468,069
Length 149
Max. P 0.999907
window10474 window10475 window10476

overview

Window 4

Location 18,467,920 – 18,468,036
Length 116
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.62
Mean single sequence MFE -34.77
Consensus MFE -32.64
Energy contribution -32.36
Covariance contribution -0.28
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -4.18
Structure conservation index 0.94
SVM decision value 4.48
SVM RNA-class probability 0.999907
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18467920 116 + 22407834
-AA-ACCACCUAGCAAAAAGGACUACACC-AAGGACCUUUUUCUCUCUGGCAAAUUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUAGUAAUUACAC-AUCAUACUAUACAAUGUGCUAGCUUUCUUUGC
-..-..((...((.(((((((.((.....-.))..)))))))))...))(((((..(((.(((((.(((((((((((..........-....))))))))))).))))).)))..))))) ( -33.74)
>DroGri_CAF1 27234 117 + 1
AAA-ACCAGCAAGCAAAAAGGACUACACC-AAGGACCUUUUUCUCUCUGGCAAAUUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUAGUAUCUAUCU-ACCAUACUAUACAGCUUGCUAGCUUUCUUUGC
...-..(((..((.(((((((.((.....-.))..)))))))))..)))(((((..(((.((((((((((((((((((((......)-))..))))))))))))))))).)))..))))) ( -41.70)
>DroEre_CAF1 22234 116 + 1
-AA-ACCACCUAGCAAAAAGGACUACACC-AAGGACCUUUUUCUCUCUGGCAAAUUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUAGUAAUUACAC-AUCAUACUAUACAAUGUGCUAGCUUUCUUUGC
-..-..((...((.(((((((.((.....-.))..)))))))))...))(((((..(((.(((((.(((((((((((..........-....))))))))))).))))).)))..))))) ( -33.74)
>DroWil_CAF1 28686 117 + 1
-CA-AUUAAA-UGCAAAAAGGACUACUUAAAAGGACCUUUUUCUCUCUGGCAAAUUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUAGUAAUUAUUCAAUCAUACUAUACAAUGUGCUAGCUUUCUUUGC
-..-......-...(((((((.((........)).))))))).......(((((..(((.(((((.(((((((((((...............))))))))))).))))).)))..))))) ( -32.56)
>DroYak_CAF1 22155 117 + 1
-AAAACCUCCUAGCAAAAAGGACUACACC-AAGGACCUUUUUCUCUCUGGCAAAUUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUAGUAAUUACAC-AUCAUACUAUACAAUGUGCUAGCUUUCUUUGC
-..........((.(((((((.((.....-.))..))))))))).....(((((..(((.(((((.(((((((((((..........-....))))))))))).))))).)))..))))) ( -33.24)
>DroAna_CAF1 18204 116 + 1
-UA-ACCACCCAGCAAAAAGGACUACACC-AAGGACCUUUUUCUCUCUGGCAAAUUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUAGCAACUAAGA-AUCGUACUAUACAAUGUGCUAGCUUUCUUUGC
-..-......(((.(((((((.((.....-.))..)))))))....)))(((((..(((.(((((.(((((((((((..........-....))))))))))).))))).)))..))))) ( -33.64)
>consensus
_AA_ACCACCUAGCAAAAAGGACUACACC_AAGGACCUUUUUCUCUCUGGCAAAUUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUAGUAAUUACAC_AUCAUACUAUACAAUGUGCUAGCUUUCUUUGC
............(.(((((((.((........)).))))))))......(((((..(((.(((((.(((((((((((...............))))))))))).))))).)))..))))) (-32.64 = -32.36 +  -0.28)

alignment

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secondary structure

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Window 5

Location 18,467,920 – 18,468,036
Length 116
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.62
Mean single sequence MFE -29.12
Consensus MFE -24.93
Energy contribution -25.10
Covariance contribution 0.17
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.74
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 0.44
SVM RNA-class probability 0.738713
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18467920 116 - 22407834
GCAAAGAAAGCUAGCACAUUGUAUAGUAUGAU-GUGUAAUUACUACUAUACAACCUACUACCUCAAUUUGCCAGAGAGAAAAAGGUCCUU-GGUGUAGUCCUUUUUGCUAGGUGGU-UU-
(((((((..((((.(((..(((((((((((((-.....)))).)))))))))((((....((((.........))).)....))))....-.)))))))..)))))))........-..- ( -28.10)
>DroGri_CAF1 27234 117 - 1
GCAAAGAAAGCUAGCAAGCUGUAUAGUAUGGU-AGAUAGAUACUACUAUACAACCUACUACCUCAAUUUGCCAGAGAGAAAAAGGUCCUU-GGUGUAGUCCUUUUUGCUUGCUGGU-UUU
......(((((((((((((......(((((((-((.......))))))))).....(((((.((((...(((...........)))..))-)).))))).......))))))))))-))) ( -36.90)
>DroEre_CAF1 22234 116 - 1
GCAAAGAAAGCUAGCACAUUGUAUAGUAUGAU-GUGUAAUUACUACUAUACAACCUACUACCUCAAUUUGCCAGAGAGAAAAAGGUCCUU-GGUGUAGUCCUUUUUGCUAGGUGGU-UU-
(((((((..((((.(((..(((((((((((((-.....)))).)))))))))((((....((((.........))).)....))))....-.)))))))..)))))))........-..- ( -28.10)
>DroWil_CAF1 28686 117 - 1
GCAAAGAAAGCUAGCACAUUGUAUAGUAUGAUUGAAUAAUUACUACUAUACAACCUACUACCUCAAUUUGCCAGAGAGAAAAAGGUCCUUUUAAGUAGUCCUUUUUGCA-UUUAAU-UG-
(((((((..((((......((((((((((((((....))))).)))))))))((((....((((.........))).)....)))).........))))..))))))).-......-..- ( -24.40)
>DroYak_CAF1 22155 117 - 1
GCAAAGAAAGCUAGCACAUUGUAUAGUAUGAU-GUGUAAUUACUACUAUACAACCUACUACCUCAAUUUGCCAGAGAGAAAAAGGUCCUU-GGUGUAGUCCUUUUUGCUAGGAGGUUUU-
(((((((..((((.(((..(((((((((((((-.....)))).)))))))))((((....((((.........))).)....))))....-.)))))))..)))))))...........- ( -28.10)
>DroAna_CAF1 18204 116 - 1
GCAAAGAAAGCUAGCACAUUGUAUAGUACGAU-UCUUAGUUGCUACUAUACAACCUACUACCUCAAUUUGCCAGAGAGAAAAAGGUCCUU-GGUGUAGUCCUUUUUGCUGGGUGGU-UA-
(((((((..((((.(((..(((((((((((((-.....)))).)))))))))((((....((((.........))).)....))))....-.)))))))..)))))))........-..- ( -29.10)
>consensus
GCAAAGAAAGCUAGCACAUUGUAUAGUAUGAU_GUGUAAUUACUACUAUACAACCUACUACCUCAAUUUGCCAGAGAGAAAAAGGUCCUU_GGUGUAGUCCUUUUUGCUAGGUGGU_UU_
(((((((..((((.(((..(((((((((((((......)))).)))))))))((((....((((.........))).)....))))......)))))))..)))))))............ (-24.93 = -25.10 +   0.17)

alignment

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secondary structure

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Window 6

Location 18,467,957 – 18,468,069
Length 112
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 85.70
Mean single sequence MFE -31.92
Consensus MFE -30.97
Energy contribution -30.69
Covariance contribution -0.28
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -3.46
Structure conservation index 0.97
SVM decision value 3.42
SVM RNA-class probability 0.999190
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18467957 112 + 22407834
UUCUCUCUGGCAAAUUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUAGUAAUUACAC-AUCAUACUAUACAAUGUGCUAGCUUUCUUUGCUUGACUACAAGCCGCA--UUUGAUAAAAGAAUCC-----C
((((.((.((((((..(((.(((((.(((((((((((..........-....))))))))))).))))).)))..)))))).))...((((.....--)))).....))))...-----. ( -31.54)
>DroGri_CAF1 27272 108 + 1
UUCUCUCUGGCAAAUUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUAGUAUCUAUCU-ACCAUACUAUACAGCUUGCUAGCUUUCUUUGCUUGACUAUAAGCAGCA--UAGAAC----GAAACC-----C
(((..((((((.....(((.((((((((((((((((((((......)-))..))))))))))))))))).)))....((((((....)))))))).--))))..----)))...-----. ( -36.00)
>DroSec_CAF1 26968 112 + 1
UUCUCUCUGGCAAAUUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUAGUAAUUACAC-AUCAUACUAUACAAUGUGCUAGCUUUCUUUGCUUGACUACAAGCCGCA--UUUGAUUAAAGAACCC-----C
((((.((.((((((..(((.(((((.(((((((((((..........-....))))))))))).))))).)))..)))))).))...((((.....--)))).....))))...-----. ( -31.44)
>DroSim_CAF1 22787 112 + 1
UUCUCUCUGGCAAAUUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUAGUAAUUACAC-AUCAUACUAUACAAUGUGCUAGCUUUCUUUGCUUGACUACAAGCCGCA--UUUGAUUAAAGAACCC-----C
((((.((.((((((..(((.(((((.(((((((((((..........-....))))))))))).))))).)))..)))))).))...((((.....--)))).....))))...-----. ( -31.44)
>DroWil_CAF1 28723 108 + 1
UUCUCUCUGGCAAAUUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUAGUAAUUAUUCAAUCAUACUAUACAAUGUGCUAGCUUUCUUUGCUUGACUAUAAGCCACAGAUAUGAUCUAA------------
.....((.((((((..(((.(((((.(((((((((((...............))))))))))).))))).)))..)))))).))........................------------ ( -30.96)
>DroAna_CAF1 18241 117 + 1
UUCUCUCUGGCAAAUUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUAGCAACUAAGA-AUCGUACUAUACAAUGUGCUAGCUUUCUUUGCUUGACAAUAAGCCGCA--UUUGAUUUGAAAAUCCCCCCCC
.....((.((((((..(((.(((((.(((((((((((..........-....))))))))))).))))).)))..)))))).))............--...................... ( -30.14)
>consensus
UUCUCUCUGGCAAAUUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUAGUAAUUACAC_AUCAUACUAUACAAUGUGCUAGCUUUCUUUGCUUGACUACAAGCCGCA__UUUGAUUAAAGAACCC_____C
.....((.((((((..(((.(((((.(((((((((((...............))))))))))).))))).)))..)))))).)).................................... (-30.97 = -30.69 +  -0.28)

alignment

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