Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 18,291,461 – 18,291,581 |
Length | 120 |
Max. P | 0.881758 |
Location | 18,291,461 – 18,291,581 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 79.17 |
Mean single sequence MFE | -48.79 |
Consensus MFE | -27.91 |
Energy contribution | -29.22 |
Covariance contribution | 1.31 |
Combinations/Pair | 1.23 |
Mean z-score | -2.24 |
Structure conservation index | 0.57 |
SVM decision value | 0.92 |
SVM RNA-class probability | 0.881758 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 18291461 120 + 22407834 GAGGCCCUAAAAGAAUUGCAGGAGAGCAUUCCGGAAAUCAACAAAAUCUUCGAUGUGCACUGUCGCAUCGGCAGUGGAACCUUCAGCACAGUUCUCUUGGGAACCCUGCAGCGGGAAAGG .....(((.......((.(((((((((....((((.............)))).((((((((((((...))))))).((....)).)))))))))))))).)).(((......)))..))) ( -35.22) >DroVir_CAF1 213036 120 + 1 GAGGCGCUGCAGGAGCUCCAGACAUCCAUACCGGAGAUAACGAAAAUCUUCGAUGUCCAUUGCCGCAUCGGUAGCGGCACCUUCAGCACUGUGCUGCUGGGCACACUGCAGCGGGAACGC ((((.(((((.(((.(....)...))).((((((((((.......))))))(((((........)))))))))))))).))))..(((.((((((....)))))).))).(((....))) ( -47.80) >DroPse_CAF1 157465 120 + 1 GACGCCCUGCGGGAGCUGCAGAAGAGCAUACCGGAGAUCAGCAAGAUCUUCGACGUGCACUGCCGCAUCGGCAGCGGCACCUUCAGCAGCGUCCUGCUGGGCACCCUGCAGCGGGAGCGC ...((((.(((((((((((.((((.((((..((((((((.....))))))))..))))..((((((.......)))))).)))).))))).)))))).)))).(((......)))..... ( -65.20) >DroWil_CAF1 188938 120 + 1 GAGGCCCUAAGGGAACUGCAAGAGACUAUUCCGGAGAUAAGUAAAAUUUUUGAUGUCCAGUUUCGCAUUGGCAGUGGCACAUUCAGCACUGUCCUCUUGGGAACCCUUCAGCGAGAGCGU ((((.((((((((...(((..((((((((..(((((((.......)))))))..))..)))))))))..(((((((.(.......))))))))))))))))...))))..((....)).. ( -34.70) >DroMoj_CAF1 224045 120 + 1 GAGGCACUGCAGGAGCUGCAGACAUCCAUACCGGAGAUCUCGAAAAUCUUCGAUGUGCACUGCCGCAUCGGCAGCGGCACCUUCUCCACGGUGCUGCUGGGCACACUGCAGCGCGAACGC ...((.((((((((((.((((.....((((.(((((((.......))))))).))))..)))).)).))..((((((((((........))))))))))......)))))).))...... ( -51.70) >DroAna_CAF1 125473 120 + 1 GAGGCCCUCAAGGAGCUGCAGGAGAGCAUUCCGGAGAUAAGCAAGAUCUUCGAUGUGCACUGCCGCAUCGGAAGCGGCACCUUUAGCACCGUGCUGCUGGGUACCCUGCAGCGCGAGAGG .....((((..((.((((.(((...((((..(((((((.......)))))))..))))..((((((.......))))))))).)))).))(((((((.((....)).)))))))..)))) ( -58.10) >consensus GAGGCCCUGAAGGAGCUGCAGAAGACCAUACCGGAGAUAAGCAAAAUCUUCGAUGUGCACUGCCGCAUCGGCAGCGGCACCUUCAGCACCGUGCUGCUGGGCACCCUGCAGCGGGAACGC ..............(((((((.........((((((((.......))))))((((((......))))))))(((((((((..........)))))))))......)))))))........ (-27.91 = -29.22 + 1.31)
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