Locus 6483

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	18,212,155 – 18,212,250
Length	95
Max. P	0.973842

overview

Window 9

Location	18,212,155 – 18,212,250
Length	95
Sequences	6
Columns	116
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.01
Mean single sequence MFE	-26.77
Consensus MFE	-14.37
Energy contribution	-14.12
Covariance contribution	-0.25
Combinations/Pair	1.24
Mean z-score	-2.98
Structure conservation index	0.54
SVM decision value	1.72
SVM RNA-class probability	0.973842
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18212155 95 + 22407834
UUGGCUAUGGAAU-----------UGCAUAUUUGCAUGAUAUUAAUUUGCAUAAUUAUGUUGGUCAUAAAGAAAUGC--UGGCUA---ACAAUUAU-AAUGGCCACAGACAA----
.(((((((.....-----------((((....))))..............(((((..(((((((((...(....)..--))))))---))))))))-.))))))).......---- ( -22.90)
>DroPse_CAF1 62607 110 + 1
UUGGCUGUGCUGCUGCUAUGCUGUUGCAUAUUUGCAUAAUAUUAAUUUGCAUAAUUAUGUUGGCCAUAAAGAAAUCCUCUGGCCAACAACAAUUAUGAAAAGCCGCA--CAA----
.....(((((.((((((((((....)))))...))..............(((((((.(((((((((...((.....)).)))))))))..)))))))...))).)))--)).---- ( -35.20)
>DroEre_CAF1 55542 95 + 1
UUGGCUGUGGAGC-----------UGCAUAUUUGCAUGAUAUUAAUUUGCAUAAUUAUGUUGGCCAUAAAGAAAUGC--UAGCUA---ACAAUUAU-AAAGGCCACAGACAA----
.((.((((((..(-----------((((....)))(((((..(((((.....)))))((((((((((......))).--..))))---))))))))-..)).)))))).)).---- ( -21.90)
>DroYak_CAF1 55369 95 + 1
UUGGCUCUGAAGC-----------UGCAUAUUUGCAUGAUAUUAAUUUGCAUAAUUAUGUUGGCCAUAAAGAAAUGC--UGGCUA---ACAAUUAU-AAAGGCCACAGACAA----
.((((.((.....-----------((((....))))..............(((((..(((((((((...(....)..--))))))---))))))))-..)))))).......---- ( -22.90)
>DroAna_CAF1 51127 99 + 1
UCGGUACUGUCUC-----------UGCAUAUUUGCAGGAUAUUAAUUUGCAUAAUUAUGGCGACCAUAAAGAAAUGC--UGGCCA---GCAAUUAC-ACAAGCCACAAGCAAACAA
..(((..((((.(-----------((((....))))))))).....(((..(((((.((((.(.(((......))).--).))))---..))))).-.))))))............ ( -24.40)
>DroPer_CAF1 63712 110 + 1
UUGGCUGUGCUGCUGCUAUGCUGUUGCAUAUUUGCAUAAUAUUAAUUUGCAUAAUUAUGUUGGCCAUAAAGAAAUCCUCUGGCCAAUAACAAUUAUGAAAAGCCGCA--CAA----
.....(((((.((((((((((....)))))...))..............(((((((.(((((((((...((.....)).)))))))))..)))))))...))).)))--)).---- ( -33.30)
>consensus
UUGGCUGUGCAGC___________UGCAUAUUUGCAUGAUAUUAAUUUGCAUAAUUAUGUUGGCCAUAAAGAAAUGC__UGGCCA___ACAAUUAU_AAAAGCCACAGACAA____
..((((...................(((((..((((.(((....)))))))....))))).(((((.............)))))................))))............ (-14.37 = -14.12 +  -0.25)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	18,212,155 – 18,212,250
Length	95
Sequences	6
Columns	116
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.01
Mean single sequence MFE	-26.88
Consensus MFE	-11.65
Energy contribution	-12.15
Covariance contribution	0.50
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-3.24
Structure conservation index	0.43
SVM decision value	1.56
SVM RNA-class probability	0.964096
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18212155 95 - 22407834
----UUGUCUGUGGCCAUU-AUAAUUGU---UAGCCA--GCAUUUCUUUAUGACCAACAUAAUUAUGCAAAUUAAUAUCAUGCAAAUAUGCA-----------AUUCCAUAGCCAA
----.((.((((((.....-.....(((---(((...--((((....(((((.....)))))..))))...))))))...((((....))))-----------...)))))).)). ( -18.20)
>DroPse_CAF1 62607 110 - 1
----UUG--UGCGGCUUUUCAUAAUUGUUGUUGGCCAGAGGAUUUCUUUAUGGCCAACAUAAUUAUGCAAAUUAAUAUUAUGCAAAUAUGCAACAGCAUAGCAGCAGCACAGCCAA
----(((--(((.(((((.(((((((((.((((((((((((....)))).))))))))))))))))).))).........(((...(((((....)))))))))).)))))).... ( -40.00)
>DroEre_CAF1 55542 95 - 1
----UUGUCUGUGGCCUUU-AUAAUUGU---UAGCUA--GCAUUUCUUUAUGGCCAACAUAAUUAUGCAAAUUAAUAUCAUGCAAAUAUGCA-----------GCUCCACAGCCAA
----.((.((((((.....-.....(((---(((...--((((....(((((.....)))))..))))...))))))...((((....))))-----------...)))))).)). ( -21.40)
>DroYak_CAF1 55369 95 - 1
----UUGUCUGUGGCCUUU-AUAAUUGU---UAGCCA--GCAUUUCUUUAUGGCCAACAUAAUUAUGCAAAUUAAUAUCAUGCAAAUAUGCA-----------GCUUCAGAGCCAA
----...((((.(((...(-((((((((---(.((((--...........)))).))))..)))))).............((((....))))-----------))).))))..... ( -20.00)
>DroAna_CAF1 51127 99 - 1
UUGUUUGCUUGUGGCUUGU-GUAAUUGC---UGGCCA--GCAUUUCUUUAUGGUCGCCAUAAUUAUGCAAAUUAAUAUCCUGCAAAUAUGCA-----------GAGACAGUACCGA
((((((((.....))((((-(((((((.---((((.(--.(((......))).).))))))))))))))).........(((((....))))-----------)))))))...... ( -26.20)
>DroPer_CAF1 63712 110 - 1
----UUG--UGCGGCUUUUCAUAAUUGUUAUUGGCCAGAGGAUUUCUUUAUGGCCAACAUAAUUAUGCAAAUUAAUAUUAUGCAAAUAUGCAACAGCAUAGCAGCAGCACAGCCAA
----(((--(((.(((((.(((((((((..(((((((((((....)))).))))))).))))))))).))).........(((...(((((....)))))))))).)))))).... ( -35.50)
>consensus
____UUGUCUGUGGCCUUU_AUAAUUGU___UAGCCA__GCAUUUCUUUAUGGCCAACAUAAUUAUGCAAAUUAAUAUCAUGCAAAUAUGCA___________GCUCCACAGCCAA
............(((........................((((....(((((.....)))))..))))............((((....))))...................))).. (-11.65 = -12.15 +   0.50)

alignment

secondary structure

dotplot

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