Locus 6482

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 18,206,568 – 18,206,719
Length 151
Max. P 0.893374
window10346 window10347 window10348

overview

Window 6

Location 18,206,568 – 18,206,658
Length 90
Sequences 6
Columns 102
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.05
Mean single sequence MFE -38.70
Consensus MFE -26.82
Energy contribution -26.85
Covariance contribution 0.03
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -1.91
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 0.18
SVM RNA-class probability 0.623943
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18206568 90 + 22407834
CCGACACCACCGUU------CAGGCCACCCAGACCGCCCAAACCGCCGGCAC------CACCAAGUGCUGUGGUGGCCGUGGCCGUACUACUGCUGGUGGUG
....(((((((...------..((((((.......(((...(((((.(((((------......))))))))))))).))))))(((....))).))))))) ( -38.70)
>DroPse_CAF1 53383 93 + 1
CCCAGGCCUC---C------UAAGCCUCCCACACCGCCGCCACUGCUGGCACCUCCGCCUCCCAGGGCUGUGGUGGCCGUGGCCGUGCUGCUGCUCGUGGUG
...((((...---.------...)))).(((((((((.(((.(((..(((......)))...)))))).)))))(((....)))(.((....)).))))).. ( -38.20)
>DroSec_CAF1 49423 90 + 1
CCGGCACCACCGUU------CAGGCCACCAAGACCGCCCAAACCGCCGGCAC------CACCAAGUGCUGUGGUGGCCGUGGCCGUACUACUGCUGGUGGUG
....(((((((...------..((((((((.....((.......))((((((------......))))))))))))))((((.....))))....))))))) ( -39.50)
>DroSim_CAF1 50040 90 + 1
CCGGCACCACCGUU------CAGGCCACCAAGGCCGCCCAAACCGCCGGCAC------CACCAAGUGCUGUGGUGGCCGUGGCCGUACUACUGCUGGUGGUG
....(((((((...------..((((((...(((((((........((((((------......)))))).)))))))))))))(((....))).))))))) ( -43.70)
>DroEre_CAF1 49703 96 + 1
CCGGCACCACCAUUCAAAUUCAAGCCAACCGCACCGCCCAAACCACCGGCAC------CACCAAGUGCUGUGGUGGCCGUGGCCGUACUACUGCUGGUGGUG
....((((((((...................(((.(((...(((((.(((((------......))))))))))))).)))((.(.....).)))))))))) ( -34.80)
>DroYak_CAF1 49574 90 + 1
CAAGCACCACCGUU------CAAGCCAGCCACACCGCCCAAACCACCGGCAC------CACCAAGUGCUGUGGUGGCCGUGGCCGUACUACUGCUGGUGGUG
....(((((((((.------..((...(((((...(((...(((((.(((((------......))))))))))))).)))))....))...)).))))))) ( -37.30)
>consensus
CCGGCACCACCGUU______CAAGCCACCCACACCGCCCAAACCGCCGGCAC______CACCAAGUGCUGUGGUGGCCGUGGCCGUACUACUGCUGGUGGUG
....(((((((.....................((.(((...(((((.(((((............))))))))))))).))(((.(.....).)))))))))) (-26.82 = -26.85 +   0.03)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 7

Location 18,206,593 – 18,206,695
Length 102
Sequences 6
Columns 113
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.78
Mean single sequence MFE -47.47
Consensus MFE -38.52
Energy contribution -37.22
Covariance contribution -1.30
Combinations/Pair 1.31
Mean z-score -1.57
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 0.27
SVM RNA-class probability 0.662775
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18206593 102 + 22407834
GACCGCCC--AAACCGCCGGCAC------CACCA---AGUGCUGUGGUGGCCGUGGCCGUACUACUGCUGGUGGUGCUGGCCGCACUGUUGCCACCGCUGCUGAGGUUGCAGC
........--.....((((((((------(((((---...((.((((((((....)))..))))).)))))))))))))))......(((((.(((........))).))))) ( -49.10)
>DroPse_CAF1 53405 108 + 1
CACCGCCG--CCACUGCUGGCACCUCCGCCUCCC---AGGGCUGUGGUGGCCGUGGCCGUGCUGCUGCUCGUGGUGCUUGCCGCACUGUUGCCGCCACUGCUCAGGUUGCAGC
.(((((.(--((.(((..(((......)))...)---))))).)))))(((.(..((.((((.((.((.......))..)).)))).))..).))).((((.......)))). ( -48.70)
>DroSim_CAF1 50065 102 + 1
GGCCGCCC--AAACCGCCGGCAC------CACCA---AGUGCUGUGGUGGCCGUGGCCGUACUACUGCUGGUGGUGCUGGCCGCACUGUUGCCACCGCUGCUCAGGUUGCAGC
(((.((..--.....((((((((------(((((---...((.((((((((....)))..))))).)))))))))))))))......)).)))...(((((.......))))) ( -52.32)
>DroWil_CAF1 73548 107 + 1
UGCUGUUAAAACACCACCAGCAC------CACCAUUCAGAGCUGUGGUUGCUGUGGCCGUACUGCUGCUAGUGGUGCUGGCUGCACUGUUGCCACCGCUGCUUAAAUUGCAGC
(((((............))))).------..............(((((.((((..(((((((..(.....)..)))).)))..))..)).))))).(((((.......))))) ( -37.80)
>DroYak_CAF1 49599 102 + 1
CACCGCCC--AAACCACCGGCAC------CACCA---AGUGCUGUGGUGGCCGUGGCCGUACUACUGCUGGUGGUGCUGGCCGCACUGUUGCCACCGCUGCUCAGGUUGCAGC
....(((.--..(((((.(((((------.....---.))))))))))))).(((((((((((((.....))))))).))))))...(((((.(((........))).))))) ( -48.20)
>DroPer_CAF1 53342 108 + 1
CACCGCCG--CCACUGCUGGCACCUCCGCCUCCC---AGGGCUGUGGUGGCCGUGGCCGUGCUGCUGCUCGUGGUGCUUGCCGCACUGUUGCCGCCACUGCUCAGGUUGCAGC
.(((((.(--((.(((..(((......)))...)---))))).)))))(((.(..((.((((.((.((.......))..)).)))).))..).))).((((.......)))). ( -48.70)
>consensus
CACCGCCC__AAACCGCCGGCAC______CACCA___AGUGCUGUGGUGGCCGUGGCCGUACUACUGCUGGUGGUGCUGGCCGCACUGUUGCCACCGCUGCUCAGGUUGCAGC
.((((((...........)))...................((.((((((((.(((((((((((((.....))))))).))))))......)))))))).))...)))...... (-38.52 = -37.22 +  -1.30)

alignment

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Window 8

Location 18,206,619 – 18,206,719
Length 100
Sequences 6
Columns 101
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.03
Mean single sequence MFE -49.37
Consensus MFE -41.64
Energy contribution -41.23
Covariance contribution -0.41
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -2.28
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 0.98
SVM RNA-class probability 0.893374
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18206619 100 + 22407834
-AGUGCUGUGGUGGCCGUGGCCGUACUACUGCUGGUGGUGCUGGCCGCACUGUUGCCACCGCUGCUGAGGUUGCAGCCGUGAUCCGCCAGGGCGUGCAGCA
-...((.((((((((.(((((((((((((.....))))))).))))))......)))))))).))....(((((((((.((......)).))).)))))). ( -54.00)
>DroPse_CAF1 53437 100 + 1
-AGGGCUGUGGUGGCCGUGGCCGUGCUGCUGCUCGUGGUGCUUGCCGCACUGUUGCCGCCACUGCUCAGGUUGCAGCCGUGAUCCGCCAGCGAGUGCAGCA
-..(((..(((...)))..))).((((((.((((((((((.......(((.(((((.(((........))).))))).)))...))))).))))))))))) ( -47.70)
>DroEre_CAF1 49760 100 + 1
-AGUGCUGUGGUGGCCGUGGCCGUACUACUGCUGGUGGUGCUGGCCGCACUGUUGCCACCGCUGCUCAGGUUGCAGCCGUGAUCCGCCAAGGCGUGCAGCA
-.(.((.((((((((.(((((((((((((.....))))))).))))))......)))))))).)).)..(((((((((.((......)).))).)))))). ( -52.90)
>DroWil_CAF1 73578 101 + 1
CAGAGCUGUGGUUGCUGUGGCCGUACUGCUGCUAGUGGUGCUGGCUGCACUGUUGCCACCGCUGCUUAAAUUGCAGCCAUGAUCAGCUAGUGAAUGCAGCA
....(((((..(..(((..(((((((..(.....)..)))).)))..)...((((.((..(((((.......)))))..))..)))).))..)..))))). ( -41.00)
>DroYak_CAF1 49625 100 + 1
-AGUGCUGUGGUGGCCGUGGCCGUACUACUGCUGGUGGUGCUGGCCGCACUGUUGCCACCGCUGCUCAGGUUGCAGCCGUGAUCCGCCAAGGCGUGCAGCA
-.(.((.((((((((.(((((((((((((.....))))))).))))))......)))))))).)).)..(((((((((.((......)).))).)))))). ( -52.90)
>DroPer_CAF1 53374 100 + 1
-AGGGCUGUGGUGGCCGUGGCCGUGCUGCUGCUCGUGGUGCUUGCCGCACUGUUGCCGCCACUGCUCAGGUUGCAGCCGUGAUCCGCCAGCGAGUGCAGCA
-..(((..(((...)))..))).((((((.((((((((((.......(((.(((((.(((........))).))))).)))...))))).))))))))))) ( -47.70)
>consensus
_AGUGCUGUGGUGGCCGUGGCCGUACUACUGCUGGUGGUGCUGGCCGCACUGUUGCCACCGCUGCUCAGGUUGCAGCCGUGAUCCGCCAGGGAGUGCAGCA
....((((((((((..(((((((((((((.....))))))).))))))........(((.(((((.......))))).)))..))))).......))))). (-41.64 = -41.23 +  -0.41)

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