Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 18,168,192 – 18,168,291 |
Length | 99 |
Max. P | 0.551901 |
Location | 18,168,192 – 18,168,291 |
---|---|
Length | 99 |
Sequences | 6 |
Columns | 99 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 90.37 |
Mean single sequence MFE | -32.12 |
Consensus MFE | -29.77 |
Energy contribution | -29.44 |
Covariance contribution | -0.33 |
Combinations/Pair | 1.23 |
Mean z-score | -1.08 |
Structure conservation index | 0.93 |
SVM decision value | 0.04 |
SVM RNA-class probability | 0.551901 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 18168192 99 + 22407834 CGCUUCUGACUGUGCUAUUGCCAUCUUUGUCUGUCGACAGGUGUGCACAAUUUCCAGUUGAAUCUCAGUUAGCUUCGGAAUUGCCGGAUUGGGCUGGGA ...(((.(((((.(..((((.(((.((((((....)))))).)))..))))..)))))))))((((((((...(((((.....)))))...)))))))) ( -29.40) >DroSec_CAF1 10705 99 + 1 CGCUGCUGACUGUGCUAUUGCCAUCUUUGUCUGUCGACAGGUGUGCACAAUUUCCAGUUGAAUCUCAGCCAGCUUCAGAAUUGCCGGAUUGGGCUGGGA .((((..((.(((((...((((.....((((....)))))))).))))).))..))))....((((((((...(((.(.....).)))...)))))))) ( -29.70) >DroSim_CAF1 10745 99 + 1 GGCUGCUGACUGUGCUAUUGCCAUCUUUGUCUGUCGACAGGUGUGCACAAUUUCCAGUUGAAUCUCAGCCAGCUUCAGAAUUGCCGGAUUGGGCUGGGA (((((..((.(((((...((((.....((((....)))))))).))))).))..)))))...((((((((...(((.(.....).)))...)))))))) ( -30.50) >DroEre_CAF1 10919 99 + 1 CGCUGCUCACUGUGCUAUUGCCAUCUUCGUCAGUCGACAGGUGUGCACAAUUUCCAGUUGAAUCUCAGCCAGCUCCGGAAUUGCCGGAUUGGGCUGGGA .((((.....(((((......((((((((.....))).))))).))))).....))))....((((((((...(((((.....)))))...)))))))) ( -36.30) >DroYak_CAF1 10935 99 + 1 CGCUUCUAACUGUGCCAUUGCCAUCUUUGUCUGUCGACAGGUGUGCACAAUUUCCAGUUGAAUCUCAGCCAGCUUCGGAAUGGCCGGAUUGGGCUGGGA ...(((.(((((......((((((((..(((....)))))))).))).......))))))))((((((((...(((((.....)))))...)))))))) ( -33.62) >DroAna_CAF1 9551 99 + 1 UGCCCGCAACUGUAGAGCUGCCAUUUUUGUCUGCCGACAGGUGUGCACAAUUUCCAGUUGAAUCUCGGCCAGCUUUGGAAUUACCCGAUUGGGCUGGGA ......((((((.(((..((((((..(((((....)))))))).)))...))).))))))..((((((((....((((......))))...)))))))) ( -33.20) >consensus CGCUGCUGACUGUGCUAUUGCCAUCUUUGUCUGUCGACAGGUGUGCACAAUUUCCAGUUGAAUCUCAGCCAGCUUCGGAAUUGCCGGAUUGGGCUGGGA ......((((((......((((((((..(((....)))))))).))).......))))))..((((((((...(((((.....)))))...)))))))) (-29.77 = -29.44 + -0.33)
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