Locus 6463

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 18,156,432 – 18,156,535
Length 103
Max. P 0.832356
window10320

overview

Window 0

Location 18,156,432 – 18,156,535
Length 103
Sequences 6
Columns 112
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.53
Mean single sequence MFE -24.95
Consensus MFE -15.18
Energy contribution -15.27
Covariance contribution 0.09
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -2.00
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 0.72
SVM RNA-class probability 0.832356
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18156432 103 + 22407834
AGGUACAGAGAGACUGACUGAGAGAUCUAUGUAUCUGUGUAUCUGGUAGGUGA-------AAACGAAUGUAGUAUGUAUGUAUGUACUAUAUGCU--GCAAAACUUCUAUAU
(((((((.(((.((.((.(....).))...)).))).))))))).((((((..-------..))...(((((((((((.((....))))))))))--)))......)))).. ( -28.70)
>DroSec_CAF1 3059 99 + 1
AGGUACAGAGAGACUGACUGAGAGAUCUAUGUAUCUGUGUAUCUGGUAGGUGA-------AAACGAAUGUAGUAUGU----AUGUACUAUACGCU--GCAAAACUUCUAUAU
(((((((.(((.((.((.(....).))...)).))).))))))).((((((..-------..))...((((((((..----..))))))))..))--))............. ( -24.80)
>DroSim_CAF1 2982 99 + 1
AGGUACAGAGAGACUGACUGAGAGAUCUAUGUAUCUGUGUAUCUGGUAGGUGA-------AAACGAAUGUAGUAUGU----AUGUACUAUAUGCU--GCAAAACUUCUAUAU
(((((((.(((.((.((.(....).))...)).))).))))))).((((((..-------..))...((((((((((----(.....))))))))--)))......)))).. ( -28.00)
>DroEre_CAF1 2471 95 + 1
AGGUACAGAGAGACUGACUGAGAGAUCUAUGUAUCUGUG----UGGUAGGUGA-------AAACGAAUGUAGUAUGU----AUGCACUAUAUGUU--GGAAAUCUUCUAUAU
(((((((.(((..((.....))...))).)))))))(((----(((.((((..-------...((((((((((....----....))))))).))--)...)))).)))))) ( -21.20)
>DroYak_CAF1 2349 99 + 1
AGGUACAGAGAGACUGACUGAGAGAUCUAUGUAUCUGUG----UGGUAGGUGA-------AAAGGAAUAUAGUAUGUAUGUAUGUACUAUAUGCU--GGAAAACUUCUAUAU
(((((((.(((..((.....))...))).)))))))(((----(((.((((..-------...((.(((((((((((....))))))))))).))--.....)))))))))) ( -26.10)
>DroAna_CAF1 2478 102 + 1
AGGUACAGAGAGGCUGACAGAG---UCUGUGUCC-----UAUUUUGUGGGGGAGUCGGGGAAGAUAAUGAAAAAUUC--GUGAAUCCUAUAUGCUUAGCUUUACGUUUAUAG
(((.(((.(((..(.....)..---))).)))))-----).....((((((((((..((((.....((((.....))--))...))))....))))..))))))........ ( -20.90)
>consensus
AGGUACAGAGAGACUGACUGAGAGAUCUAUGUAUCUGUGUAUCUGGUAGGUGA_______AAACGAAUGUAGUAUGU____AUGUACUAUAUGCU__GCAAAACUUCUAUAU
(((((((.(((..((.....))...))).))))))).........(((((................(((((((((((....))))))))))).............))))).. (-15.18 = -15.27 +   0.09)

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