Locus 6451

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	18,129,300 – 18,129,463
Length	163
Max. P	0.891070

overview

Window 5

Location	18,129,300 – 18,129,391
Length	91
Sequences	6
Columns	91
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	85.57
Mean single sequence MFE	-46.50
Consensus MFE	-38.79
Energy contribution	-38.47
Covariance contribution	-0.33
Combinations/Pair	1.32
Mean z-score	-2.41
Structure conservation index	0.83
SVM decision value	0.96
SVM RNA-class probability	0.891070
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18129300 91 - 22407834
GGAGGGCGCCAUUGGUGGUGCCAUCUACGGUAAUCUGGCGCCGGCUGGUGGGGCUGCAGCGGCUGCAGCUCCAGCUGCGCCGGCUCAAGCU
(((.(((((((....))))))).))).(((....)))(.((((((.(.(((((((((((...))))))))))).)...)))))).)..... ( -50.80)
>DroSec_CAF1 19230 91 - 1
GGAGGGCGCCAUUGGUGGUGCCAUCUACGGCAAUCUGGCGCCGGCUGGUGGGGCUGCAGCGGUUGCAGCUCCAGCUGCGCCGGCUCAAGCG
(((.(((((((....))))))).)))...((...(((((((.((((((...((((((((...))))))))))))))))))))).....)). ( -48.90)
>DroSim_CAF1 19992 91 - 1
GGAGGGCGCCAUUGGUGGUGCCAUCUACGGCAAUCUGGCGCCGGCUGGUGGGGCUGCAGCGGCUGCAGCUCCAGCUGCGCCGGCUCAAGCU
(((.(((((((....))))))).)))..(((...(((((((.((((((...((((((((...))))))))))))))))))))).....))) ( -51.10)
>DroEre_CAF1 10553 91 - 1
GGAGGGCGCCAUUGGUGGUGCCAUCUACGGCAAUCUGGCGCCGGUUGGAGGGGUUGCAGCCGUUGCAGCUCCAGCUGCCCCGGCUCAAGCU
(((.(((((((....))))))).))).((((........)))).......((.(((.(((((..(((((....)))))..)))))))).)) ( -42.60)
>DroYak_CAF1 33720 91 - 1
GGAGGGCGCCAUUGGUGGUGCCAUCUACGGUAAUCUUGCGCCGGUUGGAGGGGUUGCAGCUGUUGCAGCUCCAGUUGCACCGGCUCAAGCU
(((.(((((((....))))))).)))........((((.((((((....((((((((((...))))))))))......)))))).)))).. ( -42.60)
>DroPer_CAF1 21617 88 - 1
GGAGGGUGCCAUUGGUGGGGCCAUUUAUGGCAAUAUCCCACCAGUUGGAGCGGCUGCUGC---AGCAGCUCCAGUCCAGCCAUCGGCGGCC
...((.((((..(((((((((((....)))).....)))))))(((((((.((((((...---.)))))).)..))))))....)))).)) ( -43.00)
>consensus
GGAGGGCGCCAUUGGUGGUGCCAUCUACGGCAAUCUGGCGCCGGCUGGAGGGGCUGCAGCGGUUGCAGCUCCAGCUGCGCCGGCUCAAGCU
(((.(((((((....))))))).)))..(((...(((((((.((((((...((((((((...))))))))))))))))))))).....))) (-38.79 = -38.47 +  -0.33)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	18,129,351 – 18,129,463
Length	112
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.07
Mean single sequence MFE	-41.28
Consensus MFE	-26.44
Energy contribution	-24.95
Covariance contribution	-1.49
Combinations/Pair	1.48
Mean z-score	-1.31
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	0.01
SVM RNA-class probability	0.536113
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18129351 112 - 22407834
U--------CUUUUCAGCCAAGCUGCUUCGUUGGCCAUCGCACUGCUGGAUGAUGAGAAUAGCCAGGCGGAGGGCACGAUGGAGGGCGCCAUUGGUGGUGCCAUCUACGGUAAUCUGGCG
.--------.......((((.(((((((((((((((.((((.((((((...........))).)))))))..))).))))))))(((((((....))))))).....))))....)))). ( -44.70)
>DroVir_CAF1 21902 112 - 1
U--------GUUUCUAGCCAAGCGGCCUCGCUGGCCAUAGCGCUGUUGGAUGAUGAGAAUAGCCAGGCUGAGGGCACCAUGGAGGGCGCCGUCGGUGGUGCUGUUUAUGGCAAUAUAAUA
(--------(((..(((((....((((.....))))...(.((((((..........))))))).)))))..))))(((((((.(((((((....))))))).))))))).......... ( -44.70)
>DroGri_CAF1 22157 112 - 1
U--------UGUUUUAGGCAAGCGGCUUCGCUGGCCAUAGCGCUGUUGGAUGAUGAGAAUAGCCAGGCGGAGGGCAGCAUGGAGGGCGCCGUUGGUGGUGCUGUCUAUGGCAAUAUUGUU
(--------((((((.(((.((((....)))).)))....((((..(((...((....))..))))))).)))))))((((((.(((((((....))))))).))))))........... ( -40.40)
>DroWil_CAF1 45965 120 - 1
UUUUCUAUGCUUUUUAGACAAGCUGCUUCGCUGGCCAUUGCAUUGAUGGAUGAAGAGAAUAGUCAGGCUGAGGGCUCAAUGGAGGGUGCUGUGGGUGGUGUUAUUUAUGGUAAUAUUGCU
...((((.......))))((((((.(((((.(((((...((.(((((..((.......)).)))))))....))).)).))))).).))).))((..(((((((.....)))))))..)) ( -30.20)
>DroMoj_CAF1 25187 109 - 1
-----------UUUCAGGCAAACGGCCUCGCUGGCCAUAGCGCUGUUGGAUGAUGAGAAUAGCCAGGCUGAGGGCAGCAUGGAGGGCGCUGUCGGCGGUGCUGUUUAUGGCAACAUCAUU
-----------........(((((((.((((((((...((((((.((((...((....))..))..((((....))))...)).)))))))))))))).)))))))(((....))).... ( -40.90)
>DroAna_CAF1 19380 112 - 1
C--------UUUUCCAGACAAGCGGCUUCGCUGGCCAUCGCACUGUUGGAUGAUGAGAAUAGUCAGGCGGAGGGCACUGUGGAGGGCGCCAUUGGCGGCGCCAUCUACGGUAACCUGGCU
.--------....((((....((..(((((((((((((((..(....)..)))))......)))).)))))).))((((((((.((((((......)))))).))))))))...)))).. ( -46.80)
>consensus
U________CUUUUCAGACAAGCGGCUUCGCUGGCCAUAGCACUGUUGGAUGAUGAGAAUAGCCAGGCGGAGGGCACCAUGGAGGGCGCCGUUGGUGGUGCUAUCUAUGGCAAUAUGGCU
........................(((....((.((.((((.((((((...........))).))))))).)).))..(((((.(((((((....))))))).))))))))......... (-26.44 = -24.95 +  -1.49)

alignment

secondary structure

dotplot

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