Locus 6422

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	18,065,224 – 18,065,332
Length	108
Max. P	0.600730

overview

Window 8

Location	18,065,224 – 18,065,332
Length	108
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.81
Mean single sequence MFE	-49.70
Consensus MFE	-31.44
Energy contribution	-30.83
Covariance contribution	-0.61
Combinations/Pair	1.29
Mean z-score	-1.55
Structure conservation index	0.63
SVM decision value	0.06
SVM RNA-class probability	0.566123
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18065224 108 + 22407834
--ACCACCAGAUGGACGGCAGCUUGGCCAGCCUGCGGGAGGUGCAGCAGCAGCUGGUCCAUCUGAGCAGCACGCUAGAGCCGCUGGUCAGCGUUAACUGACCCAGGGGCC----------
--.....((((((((((((......))).((((.....)))).((((....)))))))))))))(((.....)))...(((.((((((((......)))).)))).))).---------- ( -48.60)
>DroPse_CAF1 364843 118 + 1
--ACCACCCGAUGGAGGGGAGCCUGGCCAGCCUGCGCGAGGUGCAGCAGCAGCUGGUCCAUUUCAGCAGCACUGUGGAGCCGCUGGUCAGCGUUAACUGACCCUGGGGCUCCGUCUCGAC
--....(((......)))..((..((....)).)).(((((.((((..((.(((((......))))).)).))))((((((.(.((((((......))))))..).)))))).))))).. ( -51.20)
>DroGri_CAF1 363226 115 + 1
--AGCAGCAGAUG---GGUAGUUUGGCCAGUCUGCGCGAGGUGCAGCAGCAGUUGGUGCAUUUGAGCAGUACGCUGGAGCCACUGGUCAGCGUUAACUGACCCAGGAGCUUAGCACCACC
--.((.((((((.---(((......))).))))))))..(((((..((((.((.(.(((......))).)))))))((((..((((((((......)))).))))..)))).)))))... ( -50.80)
>DroWil_CAF1 345057 110 + 1
CACCCAUCAGAUGGAUGGCAGUCUGGCCAGUUUGCGCGAGGUGCAACAGCAGCUAGUGCAUCUGAGUAGCACUCUGGAGCCAUUGGUCAGCGUUAACUGACCCAAGGGCU----------
...(((((.....)))))(((..(((((((..(((((.((.(((....))).)).))))).))).))..))..))).((((...((((((......))))))....))))---------- ( -41.00)
>DroMoj_CAF1 411042 115 + 1
--AGCAGCAGACG---GGCAGCCUGGCCAGCCUGCGCGAGGUGCAGCAGCAGCUGGUGCAUUUGAGCAGCACGCUCGAGCCGCUGGUCAGCGUUAACUGACCCAGGGGCUUGGCAGCAAC
--.((.((((.(.---(((......))).).))))((.(((((((.(((...))).)))))))..)).))..((.((((((.((((((((......)))).)))).))))))))...... ( -53.70)
>DroPer_CAF1 369023 118 + 1
--ACCACCCGAUGGAGGGGAGCCUGGCCAGCCUGCGCGAGGUGCAGCAGCAGCUGGUCCAUUUCAGCAGCACUGUGGAGCCGCUGGUCAGCGUUAACUGACCCAGGGGCUCCGUCUCGAC
--....(((......)))..((..((....)).)).(((((.((((..((.(((((......))))).)).))))((((((.((((((((......)))).)))).)))))).))))).. ( -52.90)
>consensus
__ACCACCAGAUGGA_GGCAGCCUGGCCAGCCUGCGCGAGGUGCAGCAGCAGCUGGUCCAUUUGAGCAGCACGCUGGAGCCGCUGGUCAGCGUUAACUGACCCAGGGGCU__G___C_AC
..................(((....((((((((((((...)))))).....))))))....)))............(((((.((((((((......)))).)))).)))))......... (-31.44 = -30.83 +  -0.61)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	18,065,224 – 18,065,332
Length	108
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.81
Mean single sequence MFE	-48.62
Consensus MFE	-29.43
Energy contribution	-30.10
Covariance contribution	0.67
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-1.75
Structure conservation index	0.61
SVM decision value	0.14
SVM RNA-class probability	0.600730
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 18065224 108 - 22407834
----------GGCCCCUGGGUCAGUUAACGCUGACCAGCGGCUCUAGCGUGCUGCUCAGAUGGACCAGCUGCUGCUGCACCUCCCGCAGGCUGGCCAAGCUGCCGUCCAUCUGGUGGU--
----------((((.((((.(((((....))))))))).)))).......((..(.((((((((((((((((((((((.......))).)).)))..)))))..))))))))))..))-- ( -50.70)
>DroPse_CAF1 364843 118 - 1
GUCGAGACGGAGCCCCAGGGUCAGUUAACGCUGACCAGCGGCUCCACAGUGCUGCUGAAAUGGACCAGCUGCUGCUGCACCUCGCGCAGGCUGGCCAGGCUCCCCUCCAUCGGGUGGU--
........((((((....(((((((....)))))))((((((........))))))....(((.(((((..((((.((.....))))))))))))))))))))((.((....)).)).-- ( -54.50)
>DroGri_CAF1 363226 115 - 1
GGUGGUGCUAAGCUCCUGGGUCAGUUAACGCUGACCAGUGGCUCCAGCGUACUGCUCAAAUGCACCAACUGCUGCUGCACCUCGCGCAGACUGGCCAAACUACC---CAUCUGCUGCU--
.(.(((((..(((..((((.(((((....)))))))))..))).((((((..(((......)))...)).))))..))))).)(((((((.(((.........)---))))))).)).-- ( -44.10)
>DroWil_CAF1 345057 110 - 1
----------AGCCCUUGGGUCAGUUAACGCUGACCAAUGGCUCCAGAGUGCUACUCAGAUGCACUAGCUGCUGUUGCACCUCGCGCAAACUGGCCAGACUGCCAUCCAUCUGAUGGGUG
----------.((((...(((((((....)))))))..((((........)))).((((((((.(.((.(((....))).)).).))....((((......))))...)))))).)))). ( -37.70)
>DroMoj_CAF1 411042 115 - 1
GUUGCUGCCAAGCCCCUGGGUCAGUUAACGCUGACCAGCGGCUCGAGCGUGCUGCUCAAAUGCACCAGCUGCUGCUGCACCUCGCGCAGGCUGGCCAGGCUGCC---CGUCUGCUGCU--
...((.((..((((.((((.(((((....))))))))).)))).(((.(((((((......)))..(((....))))))))))))((((((.(((......)))---.)))))).)).-- ( -50.20)
>DroPer_CAF1 369023 118 - 1
GUCGAGACGGAGCCCCUGGGUCAGUUAACGCUGACCAGCGGCUCCACAGUGCUGCUGAAAUGGACCAGCUGCUGCUGCACCUCGCGCAGGCUGGCCAGGCUCCCCUCCAUCGGGUGGU--
........((((((....(((((((....)))))))((((((........))))))....(((.(((((..((((.((.....))))))))))))))))))))((.((....)).)).-- ( -54.50)
>consensus
GU_G___C__AGCCCCUGGGUCAGUUAACGCUGACCAGCGGCUCCAGAGUGCUGCUCAAAUGCACCAGCUGCUGCUGCACCUCGCGCAGGCUGGCCAGGCUGCC_UCCAUCUGGUGGU__
..........((((....(((((((....)))))))((((((........))))))........(((((..((((.((.....)))))))))))...))))................... (-29.43 = -30.10 +   0.67)

alignment

secondary structure

dotplot

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