| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 17,961,650 – 17,961,764 |
| Length | 114 |
| Max. P | 0.967589 |
| Location | 17,961,650 – 17,961,764 |
|---|---|
| Length | 114 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 114 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 76.73 |
| Mean single sequence MFE | -50.72 |
| Consensus MFE | -27.43 |
| Energy contribution | -30.63 |
| Covariance contribution | 3.20 |
| Combinations/Pair | 1.39 |
| Mean z-score | -2.41 |
| Structure conservation index | 0.54 |
| SVM decision value | 1.61 |
| SVM RNA-class probability | 0.967589 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 17961650 114 + 22407834 CGAUCACAGCUGCUCUGCUGCAGCAACUGCUCCACAGAAGGUUGGGUGGAGGCAUCUGGGGAAAUUCCCAGCAGAUCGCUACUCACUUUUCGCAGUUGGUGAAGCAUCAAGUCG ...((((.(((((......)))))((((((......(((((.(((((((.((..(((((((....)))))).)..)).))))))).))))))))))).))))............ ( -40.30) >DroVir_CAF1 232613 114 + 1 CGAUCGCAGCUGCUCUGCUCCAGCAGCUGCUGCACCGUCGGCUGUGUGGCCGCCUCUGGGGACAAGCCCAGCAAUUGGCUGCUCGCCAAACGCAGUUGAGACACCAGCAAAUCG ((((.(((((((((.......)))))))))(((....(((((((((((((.(((.(((((......))))).....))).)))......))))))))))(....).))).)))) ( -46.10) >DroPse_CAF1 267755 114 + 1 CGAUCGCAGCUGCUCUGCUGCAGCAAAUGCUCCACCGUGGGCUGGGUGGCUGCGUCCGGCGAGAGCCCCAGGAGCUCGCUGCUGACCUUACGGAGCUGCUGCAGCAUCAGGUCA .((((((....))..((((((((((...(((((...(((((.(.((..((.((.((((((....)))...)))))..))..)).).))))))))))))))))))))...)))). ( -55.80) >DroMoj_CAF1 278662 114 + 1 CGAUCGCAGCUGCUCUGCUCCAGCAGCUGCUGCACGGUUGGCUGUGUGGCCGCCUCUGGGGCCAAACCCAACAAUUGGCUACUUGCCAAACGUAGUUGUGUGAUCAGUAAAUCG .((((((((((((...(((((((..((.((..(((((....)))))..)).))..)))))))............(((((.....)))))..)))))..)))))))......... ( -51.20) >DroAna_CAF1 169283 114 + 1 CGGUCGCAGCUGCUCUGCUGCAGCAACUGCUCCACCGAUGGUUGGGUAGAGGCCUCGGGGGAAACGCCGAGAAGAUCGCUACUCACCUUCCGCAGUUGCUGCAGCAUCAAGUCG ........(((....(((((((((((((((......((.(((.((((((.((.(((((.(....).)))))....)).))))))))).)).)))))))))))))))...))).. ( -53.90) >DroPer_CAF1 269158 114 + 1 CGAUCGCAGCUGCUCUGCUGCAGCAAAUGCUCCACGGUGGGCUGGGUGGCUGCGUCCGGCGAGAGCCCCAGGAGCUCGCUGCUGACCUUACGGAGCUGCUGCAGCAUCAGGUCA .((((((....))..((((((((((...(((((..(((.(((..(((((((.(....(((....)))...).))).))))))).)))....)))))))))))))))...)))). ( -57.00) >consensus CGAUCGCAGCUGCUCUGCUGCAGCAACUGCUCCACCGUGGGCUGGGUGGCCGCCUCUGGGGAAAACCCCAGCAGAUCGCUACUCACCUUACGCAGUUGCUGCAGCAUCAAGUCG .(((.((....))..(((((((((((((((......(((((.((((((((((......(((.....)))......)))))))))).))))))))))))))))))))....))). (-27.43 = -30.63 + 3.20)
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