Locus 6328

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 17,646,076 – 17,646,167
Length 91
Max. P 0.925744
window10116

overview

Window 6

Location 17,646,076 – 17,646,167
Length 91
Sequences 6
Columns 97
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.25
Mean single sequence MFE -22.98
Consensus MFE -20.23
Energy contribution -20.45
Covariance contribution 0.22
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -1.94
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 1.17
SVM RNA-class probability 0.925744
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 17646076 91 + 22407834
CUUAG-UUUCCAUU----UACGUAGAGAGUUCUGCCAACU-UCAGCAUUGAGAUGCUUCUUUGGUUGCGCUUUCUUUGUGUGUGUGUGAGUUUCCCU
.....-.((((((.----((((.(((((((.(.(((((..-..(((((....)))))...))))).).))))))).))))...))).)))....... ( -23.60)
>DroSec_CAF1 41553 89 + 1
CUUAG-UUUCCAUU----UACGUAGAGAGUUCUGCCAACU-UCAGCAUUGAGAUGCUUCUUUGGUUGCGCUUUCUUUGUGU--GUGUGAGUUUCCCU
.....-.((((((.----((((.(((((((.(.(((((..-..(((((....)))))...))))).).))))))).)))).--))).)))....... ( -24.60)
>DroSim_CAF1 27563 89 + 1
CUUAG-UUUCCAUU----UACGUAGAGAGUUCUGCCAACU-UCAGCAUUGAGAUGCUUCUUUGGUUGCGCUUUCUUUGUGU--GUGUGAGUUUCCCU
.....-.((((((.----((((.(((((((.(.(((((..-..(((((....)))))...))))).).))))))).)))).--))).)))....... ( -24.60)
>DroEre_CAF1 29238 89 + 1
CUUAG-UUUCCAUU----UACGUAGAGAGUUCUGCCAACU-UCAGCAUUGAGAUGCUUCUUUGGUUGCGCUUUCUUUGUGU--GUGUGAGUUUCCCU
.....-.((((((.----((((.(((((((.(.(((((..-..(((((....)))))...))))).).))))))).)))).--))).)))....... ( -24.60)
>DroYak_CAF1 42630 89 + 1
CUUAG-UUUCCAGU----UACGUAGAGAGUUCUGCCAACU-UCAGCAUUGAGAUGCUUCUUUGGUUACGCUUCCUUUGUGU--GUGUGAGUUUCCCU
.....-.(((((..----((((.((..(((...(((((..-..(((((....)))))...)))))...)))..)).)))).--.)).)))....... ( -19.10)
>DroAna_CAF1 22634 86 + 1
UUUAGGUUUUCACUUAUGUACGUAGAGAGUAGUGCCAACUGUCAGCAUUCAGAUGCUUCUUUGGUUGCGCUUUCUUUGUGU--CUGUG---------
..........(((....(.((((((((((.(((((.(((((..(((((....)))))....))))))))))))))))))))--).)))--------- ( -21.40)
>consensus
CUUAG_UUUCCAUU____UACGUAGAGAGUUCUGCCAACU_UCAGCAUUGAGAUGCUUCUUUGGUUGCGCUUUCUUUGUGU__GUGUGAGUUUCCCU
..........(((.....((((.(((((((...(((((.....(((((....)))))...)))))...))))))).)))).....)))......... (-20.23 = -20.45 +   0.22)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:08:27 2006