Locus 6307

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 17,570,521 – 17,570,667
Length 146
Max. P 0.987532
window10075 window10076 window10077 window10078

overview

Window 5

Location 17,570,521 – 17,570,632
Length 111
Sequences 6
Columns 116
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.58
Mean single sequence MFE -28.73
Consensus MFE -15.29
Energy contribution -15.52
Covariance contribution 0.22
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -2.10
Structure conservation index 0.53
SVM decision value 1.01
SVM RNA-class probability 0.899159
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 17570521 111 + 22407834
--GUAAG--CCCACUCACAGAGGACGCCGGGGAUGUAUGGGU-GUGUAGGGUCUGAAAUUUUGCACACAUUUACAAUAAUUGUAAAUGUGUUGAAAAUCGUUUGCACGACUGUGAG
--.....--....(((((((...(((((.(.......).)))-))(((((((.....)))))))(((((((((((.....)))))))))))......((((....))))))))))) ( -32.00)
>DroPse_CAF1 92557 109 + 1
ACAUAAA--UAUAUUCACGGAGACAGUCU--UAUGUGUGAGU---GUGGGGCCUGAAAUUUUGCACACAUUUACAAUAAUUGUAAAUGUGUUGAAAAUCGUUUGCACAACUGUGAG
.......--.....((((((..(((.((.--.......)).)---))...((..(..(((((..(((((((((((.....)))))))))))..)))))..)..))....)))))). ( -27.50)
>DroEre_CAF1 85534 98 + 1
----A--UGUGUGGACGC-----------UGGAUGUAUGGGU-GUGUGGGCUCUGAAAUUUUGCACACAUUUACAAUAAUUGUAAAUGUGUUGAAAAUCGUUUGCACGACUGCGAG
----.--((((..(((((-----------..(((....((((-......))))....)))..))(((((((((((.....)))))))))))........)))..))))........ ( -30.20)
>DroYak_CAF1 87201 110 + 1
--GUACAUAUAUACACACAGAGCAAGCCGUGGAUGUAUGGGU-GUG---GGUCUGAAAUUUUGCACACAUUUACAGUAAUUGUAAAUGUGUUGAAAAUCGUUUGCAUGACUGUGAG
--.............(((((.((((((...((((.(((....-)))---.))))...(((((..((((((((((((...))))))))))))..))))).))))))....))))).. ( -29.50)
>DroAna_CAF1 92383 95 + 1
----A--UAUAUAG-GGC-----------UGUGUGUAUUGGUAGU---GGGUCUGAAAUUUUGCACACAUUUACAAUAAUUGUAAAUGUGUUGAAAAUCGUUUGCACAACUGUGAG
----.--..(((((-...-----------..((((((.((((.(.---.((........))..)(((((((((((.....))))))))))).....))))..)))))).))))).. ( -24.50)
>DroPer_CAF1 92795 109 + 1
ACAUAAA--UAUAUUCACGGAGACCUGCU--UAUGUGUGAGU---GUGGGGCCUGAAAUUUUGCACACAUUUACAAUAAUUGUAAAUGUGUUGAAAAUCGUUUGCACAACUGUGAG
.......--.....((((((...((((((--((....)))))---..)))((..(..(((((..(((((((((((.....)))))))))))..)))))..)..))....)))))). ( -28.70)
>consensus
___UAAA__UAUACUCAC_GAG___G_C_UGGAUGUAUGGGU_GUGUGGGGUCUGAAAUUUUGCACACAUUUACAAUAAUUGUAAAUGUGUUGAAAAUCGUUUGCACAACUGUGAG
...............(((((.....................................(((((..((((((((((((...))))))))))))..))))).(....)....))))).. (-15.29 = -15.52 +   0.22)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 17,570,521 – 17,570,632
Length 111
Sequences 6
Columns 116
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.58
Mean single sequence MFE -22.45
Consensus MFE -16.97
Energy contribution -17.00
Covariance contribution 0.03
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -2.90
Structure conservation index 0.76
SVM decision value 2.08
SVM RNA-class probability 0.987532
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 17570521 111 - 22407834
CUCACAGUCGUGCAAACGAUUUUCAACACAUUUACAAUUAUUGUAAAUGUGUGCAAAAUUUCAGACCCUACAC-ACCCAUACAUCCCCGGCGUCCUCUGUGAGUGGG--CUUAC--
(((((((((((....))))......(((((((((((.....)))))))))))...........(((((.....-..............)).)))..)))))))....--.....-- ( -27.31)
>DroPse_CAF1 92557 109 - 1
CUCACAGUUGUGCAAACGAUUUUCAACACAUUUACAAUUAUUGUAAAUGUGUGCAAAAUUUCAGGCCCCAC---ACUCACACAUA--AGACUGUCUCCGUGAAUAUA--UUUAUGU
.((((......((....((((((..(((((((((((.....)))))))))))..))))))....))...((---(.((.......--.)).)))....)))).....--....... ( -21.80)
>DroEre_CAF1 85534 98 - 1
CUCGCAGUCGUGCAAACGAUUUUCAACACAUUUACAAUUAUUGUAAAUGUGUGCAAAAUUUCAGAGCCCACAC-ACCCAUACAUCCA-----------GCGUCCACACA--U----
..(((((((((....))))))....(((((((((((.....))))))))))).....................-.............-----------)))........--.---- ( -20.80)
>DroYak_CAF1 87201 110 - 1
CUCACAGUCAUGCAAACGAUUUUCAACACAUUUACAAUUACUGUAAAUGUGUGCAAAAUUUCAGACC---CAC-ACCCAUACAUCCACGGCUUGCUCUGUGUGUAUAUAUGUAC--
......(((.((.....((((((..(((((((((((.....)))))))))))..)))))).))))).---.((-(...(((((..((.((....)).))..)))))...)))..-- ( -23.60)
>DroAna_CAF1 92383 95 - 1
CUCACAGUUGUGCAAACGAUUUUCAACACAUUUACAAUUAUUGUAAAUGUGUGCAAAAUUUCAGACCC---ACUACCAAUACACACA-----------GCC-CUAUAUA--U----
......((((((.....((((((..(((((((((((.....)))))))))))..))))))..((....---.)).........))))-----------)).-.......--.---- ( -19.00)
>DroPer_CAF1 92795 109 - 1
CUCACAGUUGUGCAAACGAUUUUCAACACAUUUACAAUUAUUGUAAAUGUGUGCAAAAUUUCAGGCCCCAC---ACUCACACAUA--AGCAGGUCUCCGUGAAUAUA--UUUAUGU
.((((.((.(.((....((((((..(((((((((((.....)))))))))))..))))))....)).).))---...........--....((...)))))).....--....... ( -22.20)
>consensus
CUCACAGUCGUGCAAACGAUUUUCAACACAUUUACAAUUAUUGUAAAUGUGUGCAAAAUUUCAGACCCCACAC_ACCCAUACAUACA_G_C___CUC_GUGAAUAUA__UUUA___
..(((((((((....))))))....(((((((((((.....)))))))))))..............................................)))............... (-16.97 = -17.00 +   0.03)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 17,570,554 – 17,570,667
Length 113
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.84
Mean single sequence MFE -30.10
Consensus MFE -21.92
Energy contribution -22.62
Covariance contribution 0.70
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -2.09
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 0.02
SVM RNA-class probability 0.541648
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 17570554 113 + 22407834
UGGGU-GUGUAGGGUCUGAAAUUUUGCACACAUUUACAAUAAUUGUAAAUGUGUUGAAAAUCGUUUGCACG-ACUGUGAGCAAAACAC-----GUCGGAGAAGAAAUUACUCUCUCGCUG
..(((-(.(.(((((((((..(((((((((((((((((.....)))))))))))......((((....)))-)......))))))...-----.))))).((....)).))))).)))). ( -31.20)
>DroPse_CAF1 92590 111 + 1
UGAGU---GUGGGGCCUGAAAUUUUGCACACAUUUACAAUAAUUGUAAAUGUGUUGAAAAUCGUUUGCACA-ACUGUGAGCAAAACAC-----GUCGGAGUAGAAAUCACUCUCUCUCUC
.(((.---((((.((((((..(((((((((((((((((.....))))))))))).............(((.-...))).))))))...-----.)))).)).....)))).)))...... ( -32.20)
>DroWil_CAF1 147182 116 + 1
UUGCU---GUAAAGUCUGAAAUUUUGCACACAUUUACAAUUAUUGUAAAUGUGUUGAAAAUCGUUUGCACAAACUGUGAGCAAAAUCCUGUAGCUGGGAGUGAAAAUAUCUCCAUG-AUA
..(((---(((((((.....)))))))(((((((((((.....)))))))))))........(((..((.....))..)))..........)))..((((.........))))...-... ( -27.70)
>DroYak_CAF1 87236 110 + 1
UGGGU-GUG---GGUCUGAAAUUUUGCACACAUUUACAGUAAUUGUAAAUGUGUUGAAAAUCGUUUGCAUG-ACUGUGAGCAAAACAC-----UUCGGAGAAGAAAUUGCUCUCUCGCUG
..(((-(.(---(((((((((((((..((((((((((((...))))))))))))..))))).(((..((..-..))..))).......-----)))))).((....))...))).)))). ( -29.40)
>DroAna_CAF1 92402 111 + 1
UUGGUAGU---GGGUCUGAAAUUUUGCACACAUUUACAAUAAUUGUAAAUGUGUUGAAAAUCGUUUGCACA-ACUGUGAGCAAAGCAC-----GUCGGAGUAGAAAUCACUCUCUUUGUG
..(..(((---((.(((((.....((((((((((((((.....)))))))))))........(((..((..-..))..)))...))).-----.))))).......)))))..)...... ( -27.90)
>DroPer_CAF1 92828 111 + 1
UGAGU---GUGGGGCCUGAAAUUUUGCACACAUUUACAAUAAUUGUAAAUGUGUUGAAAAUCGUUUGCACA-ACUGUGAGCAAAACAC-----GUCGGAGUAGAAAUCACUCUCUCUCUC
.(((.---((((.((((((..(((((((((((((((((.....))))))))))).............(((.-...))).))))))...-----.)))).)).....)))).)))...... ( -32.20)
>consensus
UGGGU___GU_GGGUCUGAAAUUUUGCACACAUUUACAAUAAUUGUAAAUGUGUUGAAAAUCGUUUGCACA_ACUGUGAGCAAAACAC_____GUCGGAGUAGAAAUCACUCUCUCUCUG
.((((.........(((((.(((((..((((((((((((...))))))))))))..))))).(((..((.....))..))).............))))).........))))........ (-21.92 = -22.62 +   0.70)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 17,570,554 – 17,570,667
Length 113
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 84.84
Mean single sequence MFE -28.17
Consensus MFE -20.41
Energy contribution -20.80
Covariance contribution 0.39
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -2.89
Structure conservation index 0.72
SVM decision value 0.46
SVM RNA-class probability 0.746382
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 17570554 113 - 22407834
CAGCGAGAGAGUAAUUUCUUCUCCGAC-----GUGUUUUGCUCACAGU-CGUGCAAACGAUUUUCAACACAUUUACAAUUAUUGUAAAUGUGUGCAAAAUUUCAGACCCUACAC-ACCCA
..(.(((((((....))).)))))((.-----..(((((((....(((-(((....))))))....(((((((((((.....)))))))))))))))))).))...........-..... ( -29.30)
>DroPse_CAF1 92590 111 - 1
GAGAGAGAGAGUGAUUUCUACUCCGAC-----GUGUUUUGCUCACAGU-UGUGCAAACGAUUUUCAACACAUUUACAAUUAUUGUAAAUGUGUGCAAAAUUUCAGGCCCCAC---ACUCA
(.((((((((....))))).))))((.-----((((...(((...(((-(.(((....(.....).(((((((((((.....)))))))))))))).))))...)))...))---)))). ( -30.90)
>DroWil_CAF1 147182 116 - 1
UAU-CAUGGAGAUAUUUUCACUCCCAGCUACAGGAUUUUGCUCACAGUUUGUGCAAACGAUUUUCAACACAUUUACAAUAAUUGUAAAUGUGUGCAAAAUUUCAGACUUUAC---AGCAA
...-...((((.........))))..(((...(((((((((.....((((....))))........(((((((((((.....))))))))))))))))))))..(......)---))).. ( -25.60)
>DroYak_CAF1 87236 110 - 1
CAGCGAGAGAGCAAUUUCUUCUCCGAA-----GUGUUUUGCUCACAGU-CAUGCAAACGAUUUUCAACACAUUUACAAUUACUGUAAAUGUGUGCAAAAUUUCAGACC---CAC-ACCCA
..((((((((((((...((((...)))-----)....))))))...((-(........))))))).(((((((((((.....))))))))))))).............---...-..... ( -27.20)
>DroAna_CAF1 92402 111 - 1
CACAAAGAGAGUGAUUUCUACUCCGAC-----GUGCUUUGCUCACAGU-UGUGCAAACGAUUUUCAACACAUUUACAAUUAUUGUAAAUGUGUGCAAAAUUUCAGACCC---ACUACCAA
(((...(.(((((.....))))))...-----))).(((((....(((-(((....))))))....(((((((((((.....))))))))))))))))...........---........ ( -25.10)
>DroPer_CAF1 92828 111 - 1
GAGAGAGAGAGUGAUUUCUACUCCGAC-----GUGUUUUGCUCACAGU-UGUGCAAACGAUUUUCAACACAUUUACAAUUAUUGUAAAUGUGUGCAAAAUUUCAGGCCCCAC---ACUCA
(.((((((((....))))).))))((.-----((((...(((...(((-(.(((....(.....).(((((((((((.....)))))))))))))).))))...)))...))---)))). ( -30.90)
>consensus
CAGAGAGAGAGUGAUUUCUACUCCGAC_____GUGUUUUGCUCACAGU_UGUGCAAACGAUUUUCAACACAUUUACAAUUAUUGUAAAUGUGUGCAAAAUUUCAGACCC_AC___ACCCA
.....(((((....)))))...............(((((((.(((.....))).............(((((((((((.....)))))))))))))))))).................... (-20.41 = -20.80 +   0.39)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:07:51 2006