| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 17,526,014 – 17,526,134 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.513790 |
| Location | 17,526,014 – 17,526,134 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 82.00 |
| Mean single sequence MFE | -39.43 |
| Consensus MFE | -22.69 |
| Energy contribution | -23.45 |
| Covariance contribution | 0.76 |
| Combinations/Pair | 1.37 |
| Mean z-score | -2.02 |
| Structure conservation index | 0.58 |
| SVM decision value | -0.04 |
| SVM RNA-class probability | 0.513790 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 17526014 120 - 22407834 UAUUCCACUUCGAUUGAUGCUGCACGACAUGGUCUGUCCGGAUCUGAAUGCUGCUCUGCAGCGUUAUGAGGCUACCAUGAUUGUGCAGUACAUAGUGGAAGAUGUGGUCUUUGAUGGAAU .(((((.((((.((((.((((((((((((((((..(((((......((((((((...)))))))).)).))).)))))).))))))))))..)))).)))).....(((...)))))))) ( -45.80) >DroSec_CAF1 42477 120 - 1 UAUUCCACUACGACUGAUGCUGCACGACAUGGUCUGUCCGGAUCUGAAUGCUGCUCUGGAGCGUCAUGAGACCAGCAUGAUUGUGCAGUACAUAGUGGAAGAUGUGAUCUUUGAUAGAAU ..((((((((....((.((((((((((((((..(((((((((.(........).))))))..(((....)))))))))).)))))))))))))))))))).......(((.....))).. ( -39.60) >DroSim_CAF1 42370 120 - 1 UAUUCCACUUCGACUGAUGCUACACGACAUGGUCUGUCCGGACCUGAAUGCUGCUCUGGAGCGUCAUGAGACCAGCAUGAUUGUGCAGUACAUAGUGGAAGAUGUGAUCUUUGAUGGAAU .(((((.((((.((((.((((.(((((((.(((((....))))))).((((((((((((....))).)))..))))))..))))).))))..)))).)))).....(((...)))))))) ( -37.00) >DroEre_CAF1 43451 120 - 1 CAUUCCACUCCGACUGAUGCUGCACGAUAUGGUCUGUCCGGACCUAAAUGCUGCGCUGCAGCGGUACGAGAUCACCAUGAUUGUGCAGUACAUAGUGGAGGAUGUGGUCUUUGGCCGAAU .((((..((((.((((.((((((((((((((((..(((((.(((.....(((((...)))))))).)).))).))))).)))))))))))..)))))))).....(((.....))))))) ( -47.00) >DroYak_CAF1 43190 120 - 1 UAUUCCACUCCGACUUAUGCUGCACGAUAUGGUCUUUCCGGAUCUGAAUGCUGCUCUGCAGCGGCAUGAGAUCACUAUGAUUGUGCAGUACAUAGUUGAAGAUGUGGUCUUUGACAGAAU ....(((((((((((..(((((((((((.(((.....)))(((((..((((((((....)))))))).)))))......)))))))))))...)))))..)).))))............. ( -44.10) >DroAna_CAF1 51088 120 - 1 UACCCCACUAAGACUUAUGCUUCGCGACAUGGUAUCCCCGAACAUGGAUGCUGCUCUCAUACACCACGAGAAGUUUCUGAUUUCCCAAUACAUAGUGGAGGAGGUGAUCUUCGACAAUGU ..........(((.....(((((.((....(((((((........)))))))(........)....)).))))).)))...........((((.((.(((((.....))))).)).)))) ( -23.10) >consensus UAUUCCACUACGACUGAUGCUGCACGACAUGGUCUGUCCGGACCUGAAUGCUGCUCUGCAGCGUCAUGAGACCACCAUGAUUGUGCAGUACAUAGUGGAAGAUGUGAUCUUUGACAGAAU ..(((((((........((((((((((((((((..(((((....(((.((((.......))))))))).))).)))))).))))))))))...))))))).................... (-22.69 = -23.45 + 0.76)
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