Locus 6277

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 17,466,376 – 17,466,524
Length 148
Max. P 0.919251
window10028 window10029

overview

Window 8

Location 17,466,376 – 17,466,466
Length 90
Sequences 6
Columns 96
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 84.97
Mean single sequence MFE -29.75
Consensus MFE -21.29
Energy contribution -21.36
Covariance contribution 0.07
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -2.84
Structure conservation index 0.72
SVM decision value 0.35
SVM RNA-class probability 0.700434
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 17466376 90 - 22407834
-GUAUGUGCGUAAUACGUAUAUGCGCAUGCAUUUUUAUGCGCUUCGAACAAAAAGCCUGCCAAUUAAUUGUUGGACAGGUGGC-----AGUGCACU
-(((((((((.....)))))))))((((((((....))))(((...........((((((((((.....))))).))))))))-----.))))... ( -33.20)
>DroSec_CAF1 9090 90 - 1
-GUAUGUGCGUAACACGUAUAUGCGCAUGCAUUUUUAUGCGCUCCGAACAAAAAGCCUGCCAAUUAAUUGUUGGACAGGUGGC-----GGUGCACU
-(((((((((.....)))))))))(((((......)))))((.(((........((((((((((.....))))).)))))..)-----)).))... ( -35.20)
>DroSim_CAF1 10260 90 - 1
-GUAUGUGCGUAAUACGUAUAUGCGCAUGCAUUUUUAUGCGCUCCGAACAAAAAGCCUGCCAAUUAAUUGUUGGACAGGUGGC-----GGUGCACU
-(((((((((.....)))))))))(((((......)))))((.(((........((((((((((.....))))).)))))..)-----)).))... ( -35.20)
>DroEre_CAF1 9800 87 - 1
--UAUGUGCGUAAUACGUAUAUU--CAUGCAUUUCUAUGCGCGCGGAACAAAAAGCCUGCCAAUUAAUUGUUGGACAGGUGGC-----GGUGCACU
--.(((((((.....))))))).--...((((....))))((((.(........((((((((((.....))))).)))))..)-----.))))... ( -28.20)
>DroYak_CAF1 8830 87 - 1
--UAUGUGCGUAAUACGUAUAUU--CAUGCAUUUCUAUGCGCUCGGAACAAAAAGCCUGCCAAUUAAUUGUUGGACAGGUGGC-----GGUGCACU
--.(((((((.....))))))).--...((((....))))((.(.(........((((((((((.....))))).)))))..)-----.).))... ( -24.60)
>DroAna_CAF1 8509 89 - 1
GGAAAGUGU-------GUACAUAUUCAUGCAUUUCUAUGCGUUGGGGACAAAAAGCAUGCCAAUUAAUUGUCCGACAGGUGGGGUACUGGCGUACU
(((((((((-------(........))))).)))))((((.(((....)))...))))((((.....(..((.....))..).....))))..... ( -22.10)
>consensus
_GUAUGUGCGUAAUACGUAUAUGCGCAUGCAUUUCUAUGCGCUCCGAACAAAAAGCCUGCCAAUUAAUUGUUGGACAGGUGGC_____GGUGCACU
...(((((((.....)))))))...............((((((...........((((((((((.....))))).)))))........)))))).. (-21.29 = -21.36 +   0.07)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 17,466,428 – 17,466,524
Length 96
Sequences 5
Columns 119
Reading direction forward
Mean pairwise identity 67.45
Mean single sequence MFE -28.78
Consensus MFE -4.55
Energy contribution -5.79
Covariance contribution 1.24
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -2.61
Structure conservation index 0.16
SVM decision value 1.13
SVM RNA-class probability 0.919251
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 17466428 96 + 22407834
CAUAAAAAUGCAUGCGCAUAUACGUAUUACGCACAUAC--AUAUGCCCAU-UUGUA--------AAAAAGGUGUUAC--C-----GCCUGCAUUGUGU---GUGU--GCGUGUGUGCAG
........(((((((((......(.....)((((((((--((((((...(-((...--------.)))(((((....--)-----))))))).)))))---))))--))))))))))). ( -34.70)
>DroSec_CAF1 9142 93 + 1
CAUAAAAAUGCAUGCGCAUAUACGUGUUACGCACAUAC--AUAUGCCCAU-AAGUA--------GA-AAGGUGUUAC--C-----ACCUGCAUUGUGU---GUG----UGUGUGUGCAG
........((((((((((((((((((.....)))..((--(.((((....-.....--------..-.(((((....--)-----)))))))))))))---)))----)))))))))). ( -32.70)
>DroEre_CAF1 9852 100 + 1
CAUAGAAAUGCAUG--AAUAUACGUAUUACGCACAUA------CGGCCAU-UUGUAAAAAGGUAAA-AAGGUGUUGC--CUUGUGGGCUAUAUUGUGU---GUGU----GUGUGUGCAG
........(((((.--((((....))))(((((((((------(((((.(-((....))))))...-..(((((.((--(.....))).))))).)))---))))----))))))))). ( -28.00)
>DroYak_CAF1 8882 98 + 1
CAUAGAAAUGCAUG--AAUAUACGUAUUACGCACAUA------UGUCCAU-UUAUAA-AAGGUAAA-AAGGUGUUGC--C-----GGCUAGAUUGUGU---GUGUGUUUGUGUGUGCAG
........(((((.--...(((((...((((((((((------.(((..(-((((..-...)))))-..((.....)--)-----))).....)))))---)))))..)))))))))). ( -23.70)
>DroAna_CAF1 8566 96 + 1
CAUAGAAAUGCAUGAAUAUGUAC-------ACACUUUCCAGUAUGCAGUUAUUGUA---------A-AAGGUGUUUUUGC-----AUCUGUUUAGUGCUGCAGGUGUAUGGGUG-GCAG
........(((....((.(((((-------(((((....))).((((((.((((..---------.-.((((((....))-----))))...)))))))))).))))))).)).-))). ( -24.80)
>consensus
CAUAGAAAUGCAUG__AAUAUACGUAUUACGCACAUAC___UAUGCCCAU_UUGUA________AA_AAGGUGUUAC__C_____GCCUGCAUUGUGU___GUGU___UGUGUGUGCAG
........(((((..(((((..........(((((..........................................................)))))..........)))))))))). ( -4.55 =  -5.79 +   1.24)

alignment

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