Locus 6240

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 17,342,052 – 17,342,187
Length 135
Max. P 0.992576
window9972 window9973

overview

Window 2

Location 17,342,052 – 17,342,153
Length 101
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 85.65
Mean single sequence MFE -29.38
Consensus MFE -25.18
Energy contribution -24.73
Covariance contribution -0.44
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -2.51
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 1.31
SVM RNA-class probability 0.940419
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 17342052 101 - 22407834
UACGGAAAUGACAAUUUAUUGGUGGUUUUUACUAUUCGCAAUUUAUUUUAACUCCGCAAGGAAAUGCAUUGCGGAUGUAACACCCCGUC--GGC--ACCC--ACUG-------------U
...((...((((........((.(((..((((.(((((((((.((((.....(((....))))))).))))))))))))).))))))))--)..--..))--....-------------. ( -27.00)
>DroVir_CAF1 56363 105 - 1
UACGGAAAUGACAAUUUAUUGGUGGUUUUUACUAUUCGCAAUUUAUUUCAACUCCGCAAGGAAAUGCAUUGCGGAUGUAACGCCCCAUA--ACCUCACCCCGAGCC-------------C
..(((...(((....((((.((.(((..((((.(((((((((.((((.....(((....))))))).))))))))))))).))))))))--)..)))..)))....-------------. ( -29.00)
>DroEre_CAF1 40566 101 - 1
UACGGAAAUGACAAUUUAUUGGUGGUUUUUACUAUUCGCAAUUUAUUUUAACUCCGCAAGGAAAUGCAUUGCGGAUGUAACACCCCGUC--GGC--CUCC--UCUG-------------U
...(((..((((........((.(((..((((.(((((((((.((((.....(((....))))))).))))))))))))).))))))))--)..--.)))--....-------------. ( -28.60)
>DroYak_CAF1 35414 101 - 1
UACGGAAAUGACAAUUUAUUGGUGGUUUUUACUAUUCGCAAUUUAUUUUAACUCCGCAAGGAAAUGCAUUGCGGAUGUAACACCCCGAC--GGC--GCCC--UCUG-------------U
.(((((............((((.(((..((((.(((((((((.((((.....(((....))))))).))))))))))))).))))))).--((.--..))--))))-------------) ( -28.40)
>DroMoj_CAF1 69819 97 - 1
UACGGAAAUGACAAUUUAUUGGUGGUUUUUACUAUUCGCAAUUUAUUUCAACUCCGCAAGGAAAUGCAUUGCGGAUGUAACGCCCCACA--GCC--------AGCG-------------C
...((((((....))))..(((.(((..((((.(((((((((.((((.....(((....))))))).))))))))))))).))))))..--.))--------....-------------. ( -26.60)
>DroAna_CAF1 47043 116 - 1
UACGGAAAUGACAAUUUAUUGGUGGUUUUUACUAUUCGCAAUUUAUUUUAACUCCGCAAGGAAAUGCAUUGCGGAUGUAACACCCCGCUCUGGC--CAGC--UCUGGCUCGCCGAUUUCU
...((((((...........((.(((..((((.(((((((((.((((.....(((....))))))).))))))))))))).)))))....((((--.(((--....))).)))))))))) ( -36.70)
>consensus
UACGGAAAUGACAAUUUAUUGGUGGUUUUUACUAUUCGCAAUUUAUUUUAACUCCGCAAGGAAAUGCAUUGCGGAUGUAACACCCCGUC__GGC__ACCC__ACUG_____________U
...................(((.(((..((((.(((((((((.((((.....(((....))))))).))))))))))))).))))))................................. (-25.18 = -24.73 +  -0.44)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 17,342,073 – 17,342,187
Length 114
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 96.55
Mean single sequence MFE -25.11
Consensus MFE -23.23
Energy contribution -23.39
Covariance contribution 0.17
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.84
Structure conservation index 0.92
SVM decision value 2.34
SVM RNA-class probability 0.992576
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 17342073 114 - 22407834
A------AGCUCAUAAAUUUAAAAAAUGUAAUAUCCCUCUUACGGAAAUGACAAUUUAUUGGUGGUUUUUACUAUUCGCAAUUUAUUUUAACUCCGCAAGGAAAUGCAUUGCGGAUGUAA
.------.(((.(((((((.......(((((........)))))........))))))).))).....((((.(((((((((.((((.....(((....))))))).))))))))))))) ( -24.16)
>DroVir_CAF1 56388 114 - 1
A------CGAUCAUAAAUUUAAAAAAUGUAAUAUCCCUCUUACGGAAAUGACAAUUUAUUGGUGGUUUUUACUAUUCGCAAUUUAUUUCAACUCCGCAAGGAAAUGCAUUGCGGAUGUAA
(------(.((((((((((.......(((((........)))))........)))))).)))).))..((((.(((((((((.((((.....(((....))))))).))))))))))))) ( -24.76)
>DroEre_CAF1 40587 114 - 1
G------AGCUCAUAAAUUUAAAAAAUGUAAUAUCCCUCUUACGGAAAUGACAAUUUAUUGGUGGUUUUUACUAUUCGCAAUUUAUUUUAACUCCGCAAGGAAAUGCAUUGCGGAUGUAA
.------.(((.(((((((.......(((((........)))))........))))))).))).....((((.(((((((((.((((.....(((....))))))).))))))))))))) ( -24.16)
>DroYak_CAF1 35435 114 - 1
G------AGCUCAUAAAUUUAAAAAAUGUAAUAUCCCUCUUACGGAAAUGACAAUUUAUUGGUGGUUUUUACUAUUCGCAAUUUAUUUUAACUCCGCAAGGAAAUGCAUUGCGGAUGUAA
.------.(((.(((((((.......(((((........)))))........))))))).))).....((((.(((((((((.((((.....(((....))))))).))))))))))))) ( -24.16)
>DroMoj_CAF1 69836 120 - 1
ACGCGUGCGCUCAUAAAUUUAAAAAAUGUAAUAUCCCUCUUACGGAAAUGACAAUUUAUUGGUGGUUUUUACUAUUCGCAAUUUAUUUCAACUCCGCAAGGAAAUGCAUUGCGGAUGUAA
.......((((.(((((((.......(((((........)))))........))))))).))))....((((.(((((((((.((((.....(((....))))))).))))))))))))) ( -26.56)
>DroAna_CAF1 47079 114 - 1
A------CGCUCAUAAAUUUAAAAAAUGUAAUAUCCCUCUUACGGAAAUGACAAUUUAUUGGUGGUUUUUACUAUUCGCAAUUUAUUUUAACUCCGCAAGGAAAUGCAUUGCGGAUGUAA
.------((((.(((((((.......(((((........)))))........))))))).))))....((((.(((((((((.((((.....(((....))))))).))))))))))))) ( -26.86)
>consensus
A______AGCUCAUAAAUUUAAAAAAUGUAAUAUCCCUCUUACGGAAAUGACAAUUUAUUGGUGGUUUUUACUAUUCGCAAUUUAUUUUAACUCCGCAAGGAAAUGCAUUGCGGAUGUAA
........(((.(((((((.......(((((........)))))........))))))).))).....((((.(((((((((.((((.....(((....))))))).))))))))))))) (-23.23 = -23.39 +   0.17)

alignment

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secondary structure

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