Locus 6229

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 17,319,015 – 17,319,136
Length 121
Max. P 0.999973
window9954 window9955

overview

Window 4

Location 17,319,015 – 17,319,119
Length 104
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.04
Mean single sequence MFE -26.12
Consensus MFE -19.90
Energy contribution -19.40
Covariance contribution -0.50
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -2.98
Structure conservation index 0.76
SVM decision value 1.57
SVM RNA-class probability 0.964449
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 17319015 104 - 22407834
UA-AGAGGGAUAACACAUAUAGUUAUUUAUCAAGUUAUAAGUUAUGAUGUCAGCAUGCUGGCAUUAUGUGACUGAUAAACCCGAACA------CAAA---CACAAGUGAGCACA------
..-...(((.((((.......))))(((((((.(((((.....((((((((((....)))))))))))))))))))))))))(..((------(...---.....)))..)...------ ( -27.80)
>DroVir_CAF1 33994 106 - 1
UA-AAA---------GGUUUAGUUAUUUAUCAUGUUAUAAGUUAUGAUGUCAGCGUGCUGGCAUUAUGUGACUGAUAAGCGCAAGAAAAUGAGCAAGGCUCACACGCAAAGACAC----A
..-...---------.((((......((((((.(((((.....((((((((((....)))))))))))))))))))))(((........(((((...)))))..)))..))))..----. ( -26.60)
>DroSec_CAF1 16620 110 - 1
UA-AGAGGGAUAACACAUAUAGUUAUUUAUCAAGUUAUAAGUUAUGAUGUCAGCAUGCUGACAUUAUGUGACUGAUAAACCCGAACA------CAAA---CACAAGUGAGCACACAUACA
..-...(((.((((.......))))(((((((.(((((.....((((((((((....)))))))))))))))))))))))))(..((------(...---.....)))..)......... ( -28.40)
>DroSim_CAF1 18156 106 - 1
UA-AGAGGGAUAACACAUAUAGUUAUUUAUCAAGUUAUAAGUUAUGAUGUCAGCAUGCUGGCAUUAUGUGACUGAUAAACCCGAACA------CAAA---CACAAGUGAGCACAC----A
..-...(((.((((.......))))(((((((.(((((.....((((((((((....)))))))))))))))))))))))))(..((------(...---.....)))..)....----. ( -27.80)
>DroMoj_CAF1 39938 104 - 1
UAACAA---------GACAUAGUUAUUUAUCAUGUUAUAAGUUAUGAUGUCAGCAUGUUGGCAUUAUGUGACUGAUAAGCGCAAGAAAAUGAGCAGA---CACACACAAGCACAC----A
......---------......(((..((((((.(((((.....((((((((((....)))))))))))))))))))))((.((......)).)).))---)..............----. ( -20.40)
>DroAna_CAF1 26151 104 - 1
UA-AGAGGGAUAACACAUAUAGUUAUUUAUCAAGUUAUAAGUUAUGAUGUCAGCAUGCUGGCAUUAUGUGACUGAUAAACCCAAGCA------CAAA---CACAAACAAACACA------
..-...(((.((((.......))))(((((((.(((((.....((((((((((....))))))))))))))))))))))))).....------....---..............------ ( -25.70)
>consensus
UA_AGAGGGAUAACACAUAUAGUUAUUUAUCAAGUUAUAAGUUAUGAUGUCAGCAUGCUGGCAUUAUGUGACUGAUAAACCCAAACA______CAAA___CACAAGCAAGCACAC____A
.........................(((((((.(((((.....((((((((((....))))))))))))))))))))))......................................... (-19.90 = -19.40 +  -0.50)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 5

Location 17,319,040 – 17,319,136
Length 96
Sequences 6
Columns 97
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 96.89
Mean single sequence MFE -26.72
Consensus MFE -25.24
Energy contribution -25.60
Covariance contribution 0.36
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -3.58
Structure conservation index 0.94
SVM decision value 5.09
SVM RNA-class probability 0.999973
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 17319040 96 - 22407834
-AGCUCCCGAAAAAGGGAUAAGAGGGAUAACACAUAUAGUUAUUUAUCAAGUUAUAAGUUAUGAUGUCAGCAUGCUGGCAUUAUGUGACUGAUAAAC
-...((((......))))...((..((((((.......))))))..))...((((.((((((((((((((....))))))))..)))))).)))).. ( -28.00)
>DroSec_CAF1 16651 96 - 1
-AGCUCCCAAAAAAGGGAUAAGAGGGAUAACACAUAUAGUUAUUUAUCAAGUUAUAAGUUAUGAUGUCAGCAUGCUGACAUUAUGUGACUGAUAAAC
-...((((......))))...((..((((((.......))))))..))...((((.((((((((((((((....))))))))..)))))).)))).. ( -27.90)
>DroSim_CAF1 18183 96 - 1
-AGCUCCCGAAAAAGGGAUAAGAGGGAUAACACAUAUAGUUAUUUAUCAAGUUAUAAGUUAUGAUGUCAGCAUGCUGGCAUUAUGUGACUGAUAAAC
-...((((......))))...((..((((((.......))))))..))...((((.((((((((((((((....))))))))..)))))).)))).. ( -28.00)
>DroEre_CAF1 18637 96 - 1
-AGCUACCGAAAAAGGGAUAAGAGGGAUAACACAUAUAGUUAUUUAUCAAGUUAUAAGUUAUGAUGUCAGCACGCUGGCAUUAUGUGACUGAUAAAC
-.....((......)).....((..((((((.......))))))..))...((((.((((((((((((((....))))))))..)))))).)))).. ( -23.90)
>DroYak_CAF1 11586 96 - 1
-AGCUCCCGAAAAAGGGAUAAGAGGGAUAACACAUAUAGUUAUUUAUCAAGUUAUAAGUUAUGAUGUCAGCAUGCUGGCAUUAUGUGACUGAUAAAC
-...((((......))))...((..((((((.......))))))..))...((((.((((((((((((((....))))))))..)))))).)))).. ( -28.00)
>DroAna_CAF1 26176 97 - 1
GCCCGCCCGAAAAAAGGAUAAGAGGGAUAACACAUAUAGUUAUUUAUCAAGUUAUAAGUUAUGAUGUCAGCAUGCUGGCAUUAUGUGACUGAUAAAC
.(((..((.......))......)))(((((.......)))))((((((.(((((.....((((((((((....))))))))))))))))))))).. ( -24.50)
>consensus
_AGCUCCCGAAAAAGGGAUAAGAGGGAUAACACAUAUAGUUAUUUAUCAAGUUAUAAGUUAUGAUGUCAGCAUGCUGGCAUUAUGUGACUGAUAAAC
....((((......))))...((..((((((.......))))))..))...((((.((((((((((((((....))))))))..)))))).)))).. (-25.24 = -25.60 +   0.36)

alignment

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