Locus 6132

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 17,131,038 – 17,131,158
Length 120
Max. P 0.999720
window9785

overview

Window 5

Location 17,131,038 – 17,131,158
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 99.17
Mean single sequence MFE -36.96
Consensus MFE -36.32
Energy contribution -36.56
Covariance contribution 0.24
Combinations/Pair 1.02
Mean z-score -2.85
Structure conservation index 0.98
SVM decision value 3.94
SVM RNA-class probability 0.999720
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 17131038 120 + 22407834
CUGUGUGGGUGCGUUGGCUUAAUUCAAUGUCUCAUUUGCAUACAUUAAAAUGUCACAUUUUACAUGUCGUUUGAGCGUCUCGCCUUAAGCCUAACAGCAGUAACAGCAUCCGCAGCAGAA
((((((((((((((((((((((....(((.((((..((...(((((((((((...))))))).))))))..)))))))......))))))).))).(......).))))))))).))).. ( -36.80)
>DroSec_CAF1 99516 120 + 1
CAGUGUGGGUGCGUUGGCUUAAUUCAACGUCUCAUUUGCAUACAUUAAAAUGUCACAUUUUACAUGUCGUUUGAGCGUCUCGCCUUAAGCCUAACAGCAGUAACAGCAUCCGCAGCAGAA
...(((((((((((((((((((....(((.((((..((...(((((((((((...))))))).))))))..)))))))......))))))).))).(......).)))))))))...... ( -35.40)
>DroSim_CAF1 111443 120 + 1
CAGUGUGGGUGCGUUGGCUUAAUUCAACGUCUCAUUUGCAUACAUUAAAAUGUCACAUUUUACAUGUCGUUUGAGCGUCUCGCCUUAAGCCUAACAGCAGUAACAGCAUCCGCAGCAGAA
...(((((((((((((((((((....(((.((((..((...(((((((((((...))))))).))))))..)))))))......))))))).))).(......).)))))))))...... ( -35.40)
>DroEre_CAF1 97225 120 + 1
CUGUGUGGGUGCGUUGGCUUAAUUCAACGUCUCAUUUGCAUACAUUAAAAUGUCACAUUUUACAUGUCGUUUGAGCGUCUCGCCUUAAGCCUAACAGCAGUAACAGCAUCCGCAGCAGAA
((((((((((((((((((((((....(((.((((..((...(((((((((((...))))))).))))))..)))))))......))))))).))).(......).))))))))).))).. ( -38.60)
>DroYak_CAF1 97622 120 + 1
CUGUGUGGGUGCGUUGGCUUAAUUCAACGUCUCAUUUGCAUACAUUAAAAUGUCACAUUUUACAUGUCGUUUGAGCGUCUCGCCUUAAGCCUAACAGCAGUAACAGCAUCCGCAGCAGAA
((((((((((((((((((((((....(((.((((..((...(((((((((((...))))))).))))))..)))))))......))))))).))).(......).))))))))).))).. ( -38.60)
>consensus
CUGUGUGGGUGCGUUGGCUUAAUUCAACGUCUCAUUUGCAUACAUUAAAAUGUCACAUUUUACAUGUCGUUUGAGCGUCUCGCCUUAAGCCUAACAGCAGUAACAGCAUCCGCAGCAGAA
((((((((((((((((((((((....(((.((((..((...(((((((((((...))))))).))))))..)))))))......))))))).))).(......).))))))))).))).. (-36.32 = -36.56 +   0.24)

alignment

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Postscript

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