Locus 5994

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 16,891,517 – 16,891,626
Length 109
Max. P 0.698440
window9522

overview

Window 2

Location 16,891,517 – 16,891,626
Length 109
Sequences 6
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.70
Mean single sequence MFE -42.42
Consensus MFE -28.81
Energy contribution -29.87
Covariance contribution 1.06
Combinations/Pair 1.31
Mean z-score -1.45
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 0.35
SVM RNA-class probability 0.698440
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 16891517 109 - 22407834
-----UGCUGCAGCUGUAGCUUUUUGGAGGGACUAUCGAGCAGGCGGGCAUAGGGUACAUCCACGGAAGUUUGUCUCGUACAUGGAUAGCGCUUGGUCCUCCUUUCCAACGUAU
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>DroVir_CAF1 4408 109 - 1
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>DroGri_CAF1 4196 114 - 1
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>DroWil_CAF1 4460 109 - 1
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>DroMoj_CAF1 4130 109 - 1
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>DroAna_CAF1 4155 109 - 1
-----UGCUGCAUCUGCAGCUUCUUCGAGGGACUGUCCAGCAGGCGCGCAUACGGCACCUCCACAGAGGUCUGUCGUGAGCAGGGAUACCGCUUACUCCUCCUCUCCAGGGUAU
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>consensus
_____UGCUGCAGCUGCAGCUUCUUGGAGGGACUGUCCAGCAGGCGCGCAUAGGGCACCUCCACAGAGGUCUGCCGUGUGCACGUAUAACGCUUGCUGCGCCGCUCCAGCGUAU
......(((((....)))))...((((((((......(((((((((.((((.(((((((((....)))))..)))).))))........)))))))))..)).))))))..... (-28.81 = -29.87 +   1.06)

alignment

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secondary structure

Postscript

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