| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 16,779,311 – 16,779,431 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.841987 |
| Location | 16,779,311 – 16,779,431 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 94.67 |
| Mean single sequence MFE | -50.74 |
| Consensus MFE | -46.71 |
| Energy contribution | -46.40 |
| Covariance contribution | -0.30 |
| Combinations/Pair | 1.12 |
| Mean z-score | -1.24 |
| Structure conservation index | 0.92 |
| SVM decision value | 0.75 |
| SVM RNA-class probability | 0.841987 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 16779311 120 - 22407834 AGCUCAAUCUGGGCAGAGGUGGCACCGCCAGCCUCCUCCAGACGCUCGCCCAAUUCCUCGAGUUCGCGGGCCAGAUCGGCGCGCUGCUUCUCAGCCUUGGCGCGGGCCUGGCGCUCAGCC ........((((((.((((((((...)))).))))..((((..((((((((((...((.(((...(((.(((.....))).))).....)))))..)))).)))))))))).)))))).. ( -52.60) >DroVir_CAF1 9433 120 - 1 AGCUCAAUCUGGGCAGAGGUGGCACCGCCAGCCUCCUCCAGACGCUCACCCAAUUCCUCGAGUUCGCGGGCCAAAUCGGCGCGCUGCUUCUCAGCCUUGGCGCGGGCCUGACGCUCGGCC (((....((((((..((((((((...)))).)))).)))))).)))...........((((((...((((((.......(((((((((....)))...))))))))))))..)))))).. ( -46.81) >DroGri_CAF1 9631 120 - 1 AGCUCAAUCUGGGCAGAGGUGGCACCGCCAGCCUCCUCCAGACGCUCACCCAAUUCCUCGAGUUCGCGGGCCAAAUCGGCGCGCUGCUUCUCGGCCUUGGCGCGGGCUUGACGCUCAGCC (((((((((((((..((((((((...)))).)))).)))))).((((.(((((..((..((((..(((.(((.....))).))).))))...))..)))).).)))))))).)))..... ( -49.30) >DroWil_CAF1 9032 120 - 1 AGCUCAAUCUGGGCAGAGGUGGCACCGCCAGCCUCUUCCAGACGCUCGCCCAAUUCCUCCAAUUCGCGGGCCAAAUCGGCACGCUGUUUCUCGGCCUUGGCGCGAGCUUGACGCUCAGCC (((((((((((((.(((((((((...)))).))))))))))).((((((((((..((........(((.(((.....))).)))........))..)))).)))))))))).)))..... ( -52.69) >DroMoj_CAF1 9628 120 - 1 AGCUCAAUCUGGGCAGAGGUGGCACCGCCAGCCUCCUCCAGACGCUCGCCCAAUUCCUCGAGCUCGCGGGCCAAAUCGGCGCGCUGCUUCUCAGCCUUGGCGCGGGCUUGACGCUCGGCC (((((((((((((..((((((((...)))).)))).)))))).((((((((((......((((..(((.(((.....))).))).)))).......)))).)))))))))).)))..... ( -53.02) >DroAna_CAF1 9143 120 - 1 AGCUCAAUCUGGGCAGAGGUGGCACCGCCAGCCUCCUCCAGACGCUCGCCCAAUUCCUCAAGCUCACGGGCCAGAUCGGCGCGCUGCUUCUCAGCCUUGGCGCGGGCCUGGCGCUCAGCC ........((((((.((((((((...)))).))))..((((..((((((((((......((((...((.(((.....))).))..)))).......)))).)))))))))).)))))).. ( -50.02) >consensus AGCUCAAUCUGGGCAGAGGUGGCACCGCCAGCCUCCUCCAGACGCUCGCCCAAUUCCUCGAGUUCGCGGGCCAAAUCGGCGCGCUGCUUCUCAGCCUUGGCGCGGGCCUGACGCUCAGCC ((((((.((((((..((((((((...)))).)))).)))))).((((((((((......((((..(((.(((.....))).))).)))).......)))).)))))).))).)))..... (-46.71 = -46.40 + -0.30)
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