Locus 5910

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	16,694,486 – 16,694,585
Length	99
Max. P	0.973916

overview

Window 7

Location	16,694,486 – 16,694,585
Length	99
Sequences	6
Columns	103
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.84
Mean single sequence MFE	-38.43
Consensus MFE	-34.51
Energy contribution	-33.71
Covariance contribution	-0.80
Combinations/Pair	1.34
Mean z-score	-5.32
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	1.72
SVM RNA-class probability	0.973916
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 16694486 99 + 22407834
GCUGACUUGCCAUUGCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUGAUAGAUUUAAACUACUUCAUAAAGCUAGAUUACCAAAGCAUUGGCUUCUGCAGGU-CA--AUCGUC-
..((((((((((.((((((((...(((((((.((((((((.......)))..))))).)))))))...)))))))).))))......))))-))--......- ( -35.40)
>DroVir_CAF1 84223 97 + 1
GCCGCACUGCCGUUGCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUGAUAGAUUUGAA-UACUUCAUAAAGCUAGAUUACCAAAGCAUUGGCU-CUGUGGCC-AG--CUUAGC-
((((((..((((.((((((((...(((((((.(((((..........-....))))).)))))))...)))))))).)))).-.)))))).-..--......- ( -41.34)
>DroGri_CAF1 94090 98 + 1
GCCACAUUGCCGUCGCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUGAUAGAUUUGAA-UACUUCAUAAAGCUAGAUUACCAAAGCAUCGGCGCCUGUGGCC-AG--CUUAAC-
((((((.(((((..(((((((...(((((((.(((((..........-....))))).)))))))...)))))))..)))))..)))))).-..--......- ( -40.94)
>DroWil_CAF1 252220 100 + 1
AUGGUCUUGCCUAUGCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUGAUAGAUUUG-ACUACUUCAUAAAGCUAGAUUACCAAAGCAUGGGCUCUGGCUGACUUA--AUCAACU
..((((..(((((((((((((...(((((((.((((((((.....-.)))..))))).)))))))...)))))))))))))...))))......--....... ( -39.90)
>DroMoj_CAF1 76226 99 + 1
GCCCCAUUGCCGUUGCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUGAUAGAUUUAAA-UACUUCAUAAAGCUAGAUUACCAAAGCAUUGGCU-CUGUGGCC-AAACCCCAGC-
(((.((..((((.((((((((...(((((((.(((((..........-....))))).)))))))...)))))))).)))).-.)).))).-..........- ( -36.94)
>DroAna_CAF1 89328 98 + 1
GCUGCUUAACCGAUGCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUGAUAGAUUUAAA-UACUUCAUAAAGCUAGAUUACCAAAGCAUUGGCUUCCGCAGGC-CU--GUCUUC-
.((((..((((((((((((((...(((((((.(((((..........-....))))).)))))))...)))))))))))).))..))))..-..--......- ( -36.04)
>consensus
GCCGCAUUGCCGUUGCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUGAUAGAUUUAAA_UACUUCAUAAAGCUAGAUUACCAAAGCAUUGGCU_CUGCGGCC_AA__CUCAAC_
.(((((..((((.((((((((...(((((((.(((((...............))))).)))))))...)))))))).))))...))))).............. (-34.51 = -33.71 +  -0.80)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	16,694,486 – 16,694,585
Length	99
Sequences	6
Columns	103
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.84
Mean single sequence MFE	-36.33
Consensus MFE	-29.81
Energy contribution	-30.20
Covariance contribution	0.39
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-4.65
Structure conservation index	0.82
SVM decision value	1.67
SVM RNA-class probability	0.971137
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 16694486 99 - 22407834
-GACGAU--UG-ACCUGCAGAAGCCAAUGCUUUGGUAAUCUAGCUUUAUGAAGUAGUUUAAAUCUAUCAUACAGCUAAAGCGCCAAAGCAAUGGCAAGUCAGC
-(((..(--((-.....)))..((((.(((((((((..(.(((((.(((((..(((.......)))))))).))))).)..))))))))).))))..)))... ( -35.00)
>DroVir_CAF1 84223 97 - 1
-GCUAAG--CU-GGCCACAG-AGCCAAUGCUUUGGUAAUCUAGCUUUAUGAAGUA-UUCAAAUCUAUCAUACAGCUAAAGCGCCAAAGCAACGGCAGUGCGGC
-......--..-.(((.((.-.(((..(((((((((..(.(((((.(((((((..-.......)).))))).))))).)..)))))))))..)))..)).))) ( -34.70)
>DroGri_CAF1 94090 98 - 1
-GUUAAG--CU-GGCCACAGGCGCCGAUGCUUUGGUAAUCUAGCUUUAUGAAGUA-UUCAAAUCUAUCAUACAGCUAAAGCGCCAAAGCGACGGCAAUGUGGC
-......--..-.((((((...((((.(((((((((..(.(((((.(((((((..-.......)).))))).))))).)..))))))))).))))..)))))) ( -41.00)
>DroWil_CAF1 252220 100 - 1
AGUUGAU--UAAGUCAGCCAGAGCCCAUGCUUUGGUAAUCUAGCUUUAUGAAGUAGU-CAAAUCUAUCAUACAGCUAAAGCGCCAAAGCAUAGGCAAGACCAU
.((((((--...))))))....(((.((((((((((..(.(((((.(((((..(((.-.....)))))))).))))).)..)))))))))).)))........ ( -36.30)
>DroMoj_CAF1 76226 99 - 1
-GCUGGGGUUU-GGCCACAG-AGCCAAUGCUUUGGUAAUCUAGCUUUAUGAAGUA-UUUAAAUCUAUCAUACAGCUAAAGCGCCAAAGCAACGGCAAUGGGGC
-((((((.(((-(....)))-).))..(((((((((..(.(((((.(((((((..-.......)).))))).))))).)..))))))))).))))........ ( -35.70)
>DroAna_CAF1 89328 98 - 1
-GAAGAC--AG-GCCUGCGGAAGCCAAUGCUUUGGUAAUCUAGCUUUAUGAAGUA-UUUAAAUCUAUCAUACAGCUAAAGCGCCAAAGCAUCGGUUAAGCAGC
-......--..-..((((...((((.((((((((((..(.(((((.(((((((..-.......)).))))).))))).)..)))))))))).))))..)))). ( -35.30)
>consensus
_GAUGAG__UU_GGCCACAG_AGCCAAUGCUUUGGUAAUCUAGCUUUAUGAAGUA_UUCAAAUCUAUCAUACAGCUAAAGCGCCAAAGCAACGGCAAUGCGGC
..............(((((...(((..(((((((((..(.(((((.(((((((..........)).))))).))))).)..)))))))))..)))..))))). (-29.81 = -30.20 +   0.39)

alignment

secondary structure

dotplot

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