Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 16,647,587 – 16,647,681 |
Length | 94 |
Max. P | 0.968857 |
Location | 16,647,587 – 16,647,681 |
---|---|
Length | 94 |
Sequences | 6 |
Columns | 116 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 78.56 |
Mean single sequence MFE | -37.20 |
Consensus MFE | -12.90 |
Energy contribution | -13.57 |
Covariance contribution | 0.67 |
Combinations/Pair | 1.21 |
Mean z-score | -3.71 |
Structure conservation index | 0.35 |
SVM decision value | 1.63 |
SVM RNA-class probability | 0.968857 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 16647587 94 - 22407834 GGCAUCCGAAUCGGAAUCGAAAUCAUAGCCUCAGCAUUGUCUG-GAUCUGUUUCGGG------------UUCUGGUUAUGGUUCUGGUUCUGGUUU---------GGCCACUGUCA ((((.((((((((((((((.((((((((((..(((.....(((-((.....))))))------------))..)))))))))).))))))))))))---------))....)))). ( -37.40) >DroSec_CAF1 102413 82 - 1 GGCAUUCGAAUCGGAAUCGGAAUCAUAGCCUCAGCAUUGUCUG-GAUCUGUUUCGGG------------UUCUGG------------UUCUGGUUU---------GGCCACUGUCA (((...((((((((((((((((((((((..((((......)))-)..))))....))------------))))))------------)))))))))---------))))....... ( -30.50) >DroSim_CAF1 104637 88 - 1 GGCAUCCGAAUCGGAAUCGGAAUCAUAGCCUCAGCAUUGUCUG-GAUCUGUUUCGGG------------UUCUGG------UUCUGGUUCUGGUUU---------GGCCACUGUCA ((((.((((((((((((((((((((.((((((((.(((.....-))))))....)))------------)).)))------)))))))))))))))---------))....)))). ( -37.70) >DroEre_CAF1 103624 106 - 1 GGCAUCGGAAUCGGAAUCGGAAUCAUAGCCUCAGCAUUGUCUG-GAUCUGUUUCGGGUCUGGGUCUGGGUACUGGUUAUGGUUCUGGUUCUGGUUU---------CGCCACUGUCA ((((.(((((((((((((((((((((((((...((...(((..-((((((...))))))..)).)...))...)))))))))))))))))))))))---------))....)))). ( -50.90) >DroYak_CAF1 101488 94 - 1 GGCAUCGGAAUCGGAAUCGAAAUCAUAGCCUCAGCAUUGUCUG-GAUCUGUUUCGCG------------UUCUGGUUAUGGUUCUGGUUCUGGUUU---------CGCCACUGUCA ((((.((((((((((((((.((((((((((.(((......)))-((......))...------------....)))))))))).))))))))))))---------))....)))). ( -34.00) >DroAna_CAF1 43520 98 - 1 AGAUUCGGAAUCGGAAUCAGAAUCGGGACUUUAGCAUUGUCUGGGAUAUGUUUCUGG------------UACGGA------UUCUGGUUCUGGUUACUCCACUACGGUUACUGUCA .(((..((((((((((((((((((.(.(((..(((((.(((...))))))))...))------------).).))------)))))))))))))...)))((....))....))). ( -32.70) >consensus GGCAUCCGAAUCGGAAUCGGAAUCAUAGCCUCAGCAUUGUCUG_GAUCUGUUUCGGG____________UUCUGG______UUCUGGUUCUGGUUU_________GGCCACUGUCA (((..........((((((((((((..((....)).........((......))..............................))))))))))))..........)))....... (-12.90 = -13.57 + 0.67)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:55:36 2006