Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,784,735 – 1,784,845 |
Length | 110 |
Max. P | 0.550131 |
Location | 1,784,735 – 1,784,845 |
---|---|
Length | 110 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 64.71 |
Mean single sequence MFE | -37.07 |
Consensus MFE | -8.74 |
Energy contribution | -7.50 |
Covariance contribution | -1.24 |
Combinations/Pair | 1.68 |
Mean z-score | -2.11 |
Structure conservation index | 0.24 |
SVM decision value | 0.03 |
SVM RNA-class probability | 0.550131 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 1784735 110 + 22407834 UGAGUCUGAGCGGAUGGACCUUUUGC---UCUAUCUGUACCAUCGCCUAUUGGAUCUCGGCCAGCGUCUGGCAUCCAUCUAUGAUUAUCAAAUGGUCAUGGUGAUGGUCAGCU------- ..((.(((((((((((((.(....).---))))))))).((((((((...(((((....(((((...))))))))))...((((((((...))))))))))))))))))))))------- ( -42.80) >DroPse_CAF1 48605 110 + 1 GGACCCGGCCCGGAUCAAGCGGCUAU---UCUGGCUGUAUAGUCGCCUCCUGGAAGUAAACUCACGACUGGCUGCCAUCUAUGAUAUUCCGGUGACCCUCUUCAUGGUCACCC------- (((...(((((((.((..((((((((---.(.....).)))))))).....(..((....))..)))))))..)))(((...)))..)))(((((((........))))))).------- ( -35.00) >DroSec_CAF1 41683 110 + 1 UGAGUCUGAGAGGGUGGACCUUUUGC---UCUAUCUGUACCAUCGCCUAUUGGAUCUCAGCCAGCGUCUGGCAUCCAUCUAUGAUUAUCAAAUGGUCAUGGUGAUGGCCAGCU------- .((((..((((((.....))))))))---))...(((..((((((((...(((((....(((((...))))))))))...((((((((...)))))))))))))))).)))..------- ( -38.80) >DroYak_CAF1 52885 110 + 1 UGAGUCUGAGAAGGUGGACUUUUUGC---UCAAACUGUACCAUCGCCUAUUGGAUCUUAGCCAUCGUCUGGCAUCCAUCUAUGAUUAUCAAAUGGUCAUGGUGAUGGCCAGCU------- (((((..((((((.....))))))))---)))..(((..((((((((...(((((....((((.....)))))))))...((((((((...)))))))))))))))).)))..------- ( -36.30) >DroAna_CAF1 42164 117 + 1 AGAUCCCGAUGAAGU---CCUUCUGCUCCUCCAACUCUACAGUCGGCUGGUUGAGCUGAACGAUCACAUUGCCUCGAUAUACGAUGUUCAAAUGAUCCUUCUCAUGACCACAUUGGUCUC .((..((((((..((---(.....((((..(((.((........)).)))..)))).(((.(((((....((.(((.....))).)).....))))).)))....)))..))))))..)) ( -30.00) >DroPer_CAF1 47569 110 + 1 CGAGUCCUGCGAGGUUGACAGACUUC---UCUCCCUGUACAGUCGCUUGCUGGAGCUGAACCAUCGCCUGGCCGGCAACUACGACUACCAGAUGGUUAUGGUGAUGGUGAGCU------- ....(((.(((((((((((((.....---.....)))).))).).))))).)))(((..(((((((((((((((....)..(........)..))))).))))))))).))).------- ( -39.50) >consensus UGAGUCUGAGAAGGUGGACCUUCUGC___UCUAACUGUACAAUCGCCUAUUGGAUCUCAACCAUCGUCUGGCAUCCAUCUAUGAUUAUCAAAUGGUCAUGGUGAUGGCCAGCU_______ .........................................((((.....(((((.....(((.....))).)))))....)))).......(((((((....))))))).......... ( -8.74 = -7.50 + -1.24)
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