Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 16,550,738 – 16,550,830 |
Length | 92 |
Max. P | 0.941535 |
Location | 16,550,738 – 16,550,830 |
---|---|
Length | 92 |
Sequences | 6 |
Columns | 94 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 86.91 |
Mean single sequence MFE | -31.88 |
Consensus MFE | -23.22 |
Energy contribution | -22.69 |
Covariance contribution | -0.53 |
Combinations/Pair | 1.25 |
Mean z-score | -4.31 |
Structure conservation index | 0.73 |
SVM decision value | 1.32 |
SVM RNA-class probability | 0.941535 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 16550738 92 + 22407834 AUUGGGCCGCAUCUAAGAUAAGACCGGGC-CACGCGUCGUAUGCGCAAUAAAACAAAUUAAUACAAAUAUUAAUCAUACGCCGCGUGGGAC-CA ..(((.(((..(((......))).))).(-((((((.((((((.............(((((((....))))))))))))).)))))))..)-)) ( -27.51) >DroPse_CAF1 7775 81 + 1 -------------UUGGAUAAGCCCCGGCGUAUGCGGUGUGUGCGCCAUAAAACAAAUUAAUACAGAUAUUAAUCAUACGCCGCGUGGGCCACC -------------..((.......))(((.(((((((((((((.............(((((((....)))))))))))))))))))).)))... ( -29.21) >DroSec_CAF1 5167 92 + 1 AUUGGGCCGCAUCUAAGAUAAGACCGGGC-CACGCGGCGUAUGCGCAAUAAAACAAAUUAAUACAAAUAUUAAUCAUACGCCGCGUGGGAC-CA ..(((.(((..(((......))).))).(-(((((((((((((.............(((((((....)))))))))))))))))))))..)-)) ( -34.61) >DroSim_CAF1 5161 92 + 1 AUUGGGCCGCAUCUAAGAUAAGACCGGGC-CACGCGGCGUAUGCGCAAUAAAACAAAUUAAUACAAAUAUUAAUCAUACGCCGCGUGGGAC-CA ..(((.(((..(((......))).))).(-(((((((((((((.............(((((((....)))))))))))))))))))))..)-)) ( -34.61) >DroEre_CAF1 5147 92 + 1 AUUGGGUGGCAUCUAAGAUAAGGCCGGGC-CACGCGGCGUAUGCGCAAUAAAACAAAUUAAUACAAAUAUUAAUCAUACGCCGCGUGGUAC-GA .......(((............)))(..(-(((((((((((((.............(((((((....)))))))))))))))))))))..)-.. ( -34.01) >DroYak_CAF1 5110 92 + 1 AUUGGGCCGCAUCUAAGAUAAGACCAGGC-CACGCGGCGUAUGCGCAAUAAAACAAAUUAAUACAAAUAUUAAUUAUACGCCGCGUGGUAU-GA .((((..(..(((...)))..).))))((-(((((((((((((.............(((((((....))))))))))))))))))))))..-.. ( -31.31) >consensus AUUGGGCCGCAUCUAAGAUAAGACCGGGC_CACGCGGCGUAUGCGCAAUAAAACAAAUUAAUACAAAUAUUAAUCAUACGCCGCGUGGGAC_CA ..............................(((((((((((((.............(((((((....))))))))))))))))))))....... (-23.22 = -22.69 + -0.53)
Location | 16,550,738 – 16,550,830 |
---|---|
Length | 92 |
Sequences | 6 |
Columns | 94 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 86.91 |
Mean single sequence MFE | -34.63 |
Consensus MFE | -22.27 |
Energy contribution | -24.93 |
Covariance contribution | 2.67 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -4.63 |
Structure conservation index | 0.64 |
SVM decision value | 1.04 |
SVM RNA-class probability | 0.905039 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 16550738 92 - 22407834 UG-GUCCCACGCGGCGUAUGAUUAAUAUUUGUAUUAAUUUGUUUUAUUGCGCAUACGACGCGUG-GCCCGGUCUUAUCUUAGAUGCGGCCCAAU .(-(..(((((((.(((((((((((((....)))))))..((......)).)))))).))))))-).))((((.((((...)))).)))).... ( -31.60) >DroPse_CAF1 7775 81 - 1 GGUGGCCCACGCGGCGUAUGAUUAAUAUCUGUAUUAAUUUGUUUUAUGGCGCACACACCGCAUACGCCGGGGCUUAUCCAA------------- ((.(((((...((((((((((((((((....))))))).........((.(....).)).))))))))))))))...))..------------- ( -29.30) >DroSec_CAF1 5167 92 - 1 UG-GUCCCACGCGGCGUAUGAUUAAUAUUUGUAUUAAUUUGUUUUAUUGCGCAUACGCCGCGUG-GCCCGGUCUUAUCUUAGAUGCGGCCCAAU .(-(..(((((((((((((((((((((....)))))))..((......)).)))))))))))))-).))((((.((((...)))).)))).... ( -38.70) >DroSim_CAF1 5161 92 - 1 UG-GUCCCACGCGGCGUAUGAUUAAUAUUUGUAUUAAUUUGUUUUAUUGCGCAUACGCCGCGUG-GCCCGGUCUUAUCUUAGAUGCGGCCCAAU .(-(..(((((((((((((((((((((....)))))))..((......)).)))))))))))))-).))((((.((((...)))).)))).... ( -38.70) >DroEre_CAF1 5147 92 - 1 UC-GUACCACGCGGCGUAUGAUUAAUAUUUGUAUUAAUUUGUUUUAUUGCGCAUACGCCGCGUG-GCCCGGCCUUAUCUUAGAUGCCACCCAAU ..-(..(((((((((((((((((((((....)))))))..((......)).)))))))))))))-)..)(((.((......)).)))....... ( -35.50) >DroYak_CAF1 5110 92 - 1 UC-AUACCACGCGGCGUAUAAUUAAUAUUUGUAUUAAUUUGUUUUAUUGCGCAUACGCCGCGUG-GCCUGGUCUUAUCUUAGAUGCGGCCCAAU ..-...(((((((((((((((((((((....)))))))).((......))..))))))))))))-)...((((.((((...)))).)))).... ( -34.00) >consensus UG_GUCCCACGCGGCGUAUGAUUAAUAUUUGUAUUAAUUUGUUUUAUUGCGCAUACGCCGCGUG_GCCCGGUCUUAUCUUAGAUGCGGCCCAAU .......((((((((((((((((((((....)))))))..((......)).))))))))))))).....((((.((((...)))).)))).... (-22.27 = -24.93 + 2.67)
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