Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 16,547,753 – 16,547,848 |
Length | 95 |
Max. P | 0.841402 |
Location | 16,547,753 – 16,547,848 |
---|---|
Length | 95 |
Sequences | 6 |
Columns | 104 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 86.13 |
Mean single sequence MFE | -23.67 |
Consensus MFE | -19.56 |
Energy contribution | -20.45 |
Covariance contribution | 0.89 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -2.30 |
Structure conservation index | 0.83 |
SVM decision value | 0.75 |
SVM RNA-class probability | 0.841402 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 16547753 95 - 22407834 GACUU-------CAUAAAAUACCUCG--UUCGUGUUUUAUGGCUGUGCACAGUGACAAGUGUUAAAAUAACAUUUGUACUGCAUUUUAAAUGGCAUUUUGAGAA ....(-------((((((((((....--...)))))))))))..((((.(((((.(((((((((...))))))))))))))(((.....)))))))........ ( -24.00) >DroSec_CAF1 2130 95 - 1 GACUU-------CAUAAAAUACCUCG--UUCGUGUUUUAUGGCUGUGCACAGUGACAAGUGUUAAAAUAACAUUUGUACUGCAUUUUAAAUGGCAUUUUGAGCA .....-------((((((((((....--...))))))))))(((((((.(((((.(((((((((...))))))))))))))(((.....)))))))....))). ( -26.50) >DroSim_CAF1 2120 95 - 1 GACUU-------CAUAAAAUACCUCG--UUCGUGUUUUAUGGCUGUGCACAGUGACAAGUGUUAAAAUAACAUUUGUACUGCAUUUUAAAUGGCAUUUUGAGCA .....-------((((((((((....--...))))))))))(((((((.(((((.(((((((((...))))))))))))))(((.....)))))))....))). ( -26.50) >DroEre_CAF1 2004 97 - 1 GACUU-------CAUACAAUACUUCGUGUUGGUGUUUUAUGGCUGUGCACAGUGACAAGUGUUAAAAUAACAUUUGUACUGCAUUUUAAAUGGCAUUUCGAGCA .....-------((((.((((((.......)))))).))))(((((((.(((((.(((((((((...))))))))))))))(((.....)))))))....))). ( -25.00) >DroYak_CAF1 2065 95 - 1 GACUU-------CAUAAAAUACUUCG--UUCGUGUUUUAUGGCUGUGCACAGUGACAAGUGUUAAAAUAACAUUUGUACUGCAUUUUAAAUGGCAUUUCGAGAA ..(((-------((((((((((....--...))))))))))(..((((.(((((.(((((((((...))))))))))))))(((.....)))))))..)))).. ( -25.30) >DroPer_CAF1 2427 94 - 1 CUUUCCUUUGAGCAUAAAAAAAAUCCUAGUCAUGUUUUGU--UUGGGCACACUGACAAGUGUUAAAAUAACAUUUGCACUGCAUUUUAAAUGGCA--------A ....((((((((............(((((.((.....)).--)))))..((.((.(((((((((...))))))))))).))...)))))).))..--------. ( -14.70) >consensus GACUU_______CAUAAAAUACCUCG__UUCGUGUUUUAUGGCUGUGCACAGUGACAAGUGUUAAAAUAACAUUUGUACUGCAUUUUAAAUGGCAUUUUGAGCA ............((((((((((.........))))))))))...((((.(((((.(((((((((...))))))))))))))(((.....)))))))........ (-19.56 = -20.45 + 0.89)
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