Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 16,439,976 – 16,440,086 |
Length | 110 |
Max. P | 0.539077 |
Location | 16,439,976 – 16,440,086 |
---|---|
Length | 110 |
Sequences | 4 |
Columns | 117 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 87.61 |
Mean single sequence MFE | -31.06 |
Consensus MFE | -19.70 |
Energy contribution | -20.32 |
Covariance contribution | 0.62 |
Combinations/Pair | 1.07 |
Mean z-score | -1.98 |
Structure conservation index | 0.63 |
SVM decision value | 0.01 |
SVM RNA-class probability | 0.539077 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 16439976 110 + 22407834 UGUGGCUAAUAGACUGUGGACAUGGGCUAAGGUUAGAAAUGCUUUGGCUUGUUAUAUCUGGGCCACAAUGAUAUG----GGAUAGAUAUGUGUACCAUACA---UAUAUGUACAUAU (((((((..((((.((((...(..(((((((((.......)))))))))..))))))))))))))))...(((((----..(((.((((((((...)))))---))).))).))))) ( -34.80) >DroSec_CAF1 64419 109 + 1 UGUGGCUAAUAGACAGUGGACAUGGGCUAAGGUCAGAAAUGCUUGGGCUUGUUAUAUCUGGGCCACAAUGAUAUG----GGAUAGAUAUGUGUAC-AUACA---UAUAUGUGCGGAU (((((((..((((.(...((((..((((.(((.((....))))).)))))))).).)))))))))))........----........((.(((((-(((..---..)))))))).)) ( -30.50) >DroSim_CAF1 64745 109 + 1 UGUGGCUAAUAGACAGUGGACAUGGGCUAAGGUCAGAAAUGCUUGGGCUUGUUAUAUCUGGGCCACAGUGAUAUG----GGAUAGAUAUGUGUAC-AUACA---UAUAUGUGCGGAU (((((((..((((.(...((((..((((.(((.((....))))).)))))))).).)))))))))))........----........((.(((((-(((..---..)))))))).)) ( -30.50) >DroYak_CAF1 65608 113 + 1 UGUGGCUAAUAGACAGUGGACAUGGGCUAAGGUCAGAGUUGGUUGGGCU---UAUAUCUGGGCCACCAUCAUAUACAUAGGACAGAUAUAUGUAC-AUACACAUUGUAUGUGCGGAG ...(((((((.(((..(((.......)))..)))...))))))).....---((((((((..((...............)).))))))))(((((-((((.....)))))))))... ( -28.46) >consensus UGUGGCUAAUAGACAGUGGACAUGGGCUAAGGUCAGAAAUGCUUGGGCUUGUUAUAUCUGGGCCACAAUGAUAUG____GGAUAGAUAUGUGUAC_AUACA___UAUAUGUGCGGAU .((((((..((((.....((((..((((.((((.......)))).))))))))...))))))))))........................(((((.(((.......))))))))... (-19.70 = -20.32 + 0.62)
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