Locus 5771

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	16,390,122 – 16,390,237
Length	115
Max. P	0.986916

overview

Window 9

Location	16,390,122 – 16,390,237
Length	115
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.93
Mean single sequence MFE	-30.96
Consensus MFE	-24.88
Energy contribution	-25.48
Covariance contribution	0.60
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-2.12
Structure conservation index	0.80
SVM decision value	1.37
SVM RNA-class probability	0.946891
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 16390122 115 + 22407834
AUUUUUCGGUUAGCAAUUUGGACAUUUUUCAUACCAAAAU--AUUUUGUGGCCGGUUUGCACGUGUG--U-GUAUAUGUGGCCAGUAGUUUUUGUGAACUAAGAAAUUUGAUCGAAAAAU
(((((((((((((...(((((............)))))..--(((((.((((((((.(((((....)--)-))).)).)))))).((((((....)))))).)))))))))))))))))) ( -29.90)
>DroSec_CAF1 14711 117 + 1
AUUUUUCGGUUAGCAAUUUGGACAUUUUUCAUACCAAAAU--AUUUUGUGGCCGGCUUGCGCGUGUGUGU-GUGUAUGUGGCCAGUAGUUUUUGUGAACUAAGAAAUUUGAUCGAAAAAU
(((((((((((((...(((((............)))))..--(((((.((((((.(.((((((......)-))))).))))))).((((((....)))))).)))))))))))))))))) ( -31.40)
>DroSim_CAF1 11718 115 + 1
AUUUUUCGGUUAGCAAUUUGGACAUUUUUCAUACCAAAAU--AUUUUGUGGCCGGCUUGCACGUGUG--U-GUGUAUGUGGCCAGUAGUUUUUGUGAACUAAGAAAUUUGAUCGAAAAAU
(((((((((((((...(((((............)))))..--(((((.((((((.(.((((((....--)-))))).))))))).((((((....)))))).)))))))))))))))))) ( -31.60)
>DroEre_CAF1 11506 115 + 1
AUUUUUCGGUUGGCAAUUUGGACAUUUUUCAUACCAAAAUAUAUUUUGUGGCCGGCUGGCACGUGAG-----UGUAUGUGGCCAGUAGCUUUUGUGAACUAAGAAAUUUGAUCGAAAAAU
((((((((((..(...(((((.(((......((((((((....)))))((((((....((((....)-----)))...)))))))))......)))..)))))....)..)))))))))) ( -31.80)
>DroYak_CAF1 15029 116 + 1
AUUUUUCGGUUGGCAAUUUGGACAUUUUUCAUACCAAAAU--AUUUUGUGGCCGGGGUGCACGUGAG--UGGUGUAUGUGGCCCGUAGUUUUUGUGAACUAAGAAAUUUGAUCGAAAAAU
((((((((((..(...(((((............)))))..--((((((.(((((.(.(((((.....--..)))))).)))))).((((((....)))))).))))))..)))))))))) ( -30.10)
>consensus
AUUUUUCGGUUAGCAAUUUGGACAUUUUUCAUACCAAAAU__AUUUUGUGGCCGGCUUGCACGUGUG__U_GUGUAUGUGGCCAGUAGUUUUUGUGAACUAAGAAAUUUGAUCGAAAAAU
(((((((((((((...(((((............)))))....(((((.((((((...(((((.........)))))..)))))).((((((....)))))).)))))))))))))))))) (-24.88 = -25.48 +   0.60)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	16,390,122 – 16,390,237
Length	115
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.93
Mean single sequence MFE	-20.36
Consensus MFE	-17.10
Energy contribution	-16.74
Covariance contribution	-0.36
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-2.13
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	2.06
SVM RNA-class probability	0.986916
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 16390122 115 - 22407834
AUUUUUCGAUCAAAUUUCUUAGUUCACAAAAACUACUGGCCACAUAUAC-A--CACACGUGCAAACCGGCCACAAAAU--AUUUUGGUAUGAAAAAUGUCCAAAUUGCUAACCGAAAAAU
((((((((...........(((((......))))).(((((.......(-(--(....)))......)))))......--..((((((((.....))).)))))........)))))))) ( -20.12)
>DroSec_CAF1 14711 117 - 1
AUUUUUCGAUCAAAUUUCUUAGUUCACAAAAACUACUGGCCACAUACAC-ACACACACGCGCAAGCCGGCCACAAAAU--AUUUUGGUAUGAAAAAUGUCCAAAUUGCUAACCGAAAAAU
((((((((...........(((((......))))).(((((........-........((....)).)))))......--..((((((((.....))).)))))........)))))))) ( -20.13)
>DroSim_CAF1 11718 115 - 1
AUUUUUCGAUCAAAUUUCUUAGUUCACAAAAACUACUGGCCACAUACAC-A--CACACGUGCAAGCCGGCCACAAAAU--AUUUUGGUAUGAAAAAUGUCCAAAUUGCUAACCGAAAAAU
((((((((...........(((((......))))).(((((.....(((-.--.....)))......)))))......--..((((((((.....))).)))))........)))))))) ( -20.50)
>DroEre_CAF1 11506 115 - 1
AUUUUUCGAUCAAAUUUCUUAGUUCACAAAAGCUACUGGCCACAUACA-----CUCACGUGCCAGCCGGCCACAAAAUAUAUUUUGGUAUGAAAAAUGUCCAAAUUGCCAACCGAAAAAU
((((((((...........(((((......))))).((((..(((((.-----.....(.(((....)))).(((((....))))))))))...(((......)))))))..)))))))) ( -22.00)
>DroYak_CAF1 15029 116 - 1
AUUUUUCGAUCAAAUUUCUUAGUUCACAAAAACUACGGGCCACAUACACCA--CUCACGUGCACCCCGGCCACAAAAU--AUUUUGGUAUGAAAAAUGUCCAAAUUGCCAACCGAAAAAU
((((((((.........(.(((((......))))).)((((........((--(....)))......)))).......--..((((((((.....))).)))))........)))))))) ( -19.04)
>consensus
AUUUUUCGAUCAAAUUUCUUAGUUCACAAAAACUACUGGCCACAUACAC_A__CACACGUGCAAGCCGGCCACAAAAU__AUUUUGGUAUGAAAAAUGUCCAAAUUGCUAACCGAAAAAU
((((((((...........(((((......))))).((((..(((((...........(.((......))).(((((....))))))))))...(((......)))))))..)))))))) (-17.10 = -16.74 +  -0.36)

alignment

secondary structure

dotplot

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