Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 16,381,883 – 16,382,001 |
Length | 118 |
Max. P | 0.990639 |
Location | 16,381,883 – 16,382,001 |
---|---|
Length | 118 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 95.11 |
Mean single sequence MFE | -25.03 |
Consensus MFE | -22.96 |
Energy contribution | -23.35 |
Covariance contribution | 0.39 |
Combinations/Pair | 1.05 |
Mean z-score | -1.88 |
Structure conservation index | 0.92 |
SVM decision value | 2.22 |
SVM RNA-class probability | 0.990639 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 16381883 118 - 22407834 GCAACGCGAA-UAUAAGAUUGUACACCAAUUUUAUUAACUGCAAAUCUUAUUUGCAUGUUUAUUUUGCAUAAUGUGCCGAAAAACAAGCGUCAAGUAAGGACAUCGCA-CCCCUGCAAAA (((..((((.-.(((((((((.....)))))))))..........(((((((((.((((((.((((((((...))))...)))).)))))))))))))))...)))).-....))).... ( -26.30) >DroSec_CAF1 5553 118 - 1 GCAACGCGAA-UAUAAGAUUGUACACCAAUUUUAUUAACUGCAAAUCUUAUUUGCAUGUUUAUUUUGCAUAAUGUGCCGAAAAACAAGCGUCAAGUAAGGAGAUCGCA-CCCCUGCAAAA (((..((((.-.(((((((((.....)))))))))..........(((((((((.((((((.((((((((...))))...)))).)))))))))))))))...)))).-....))).... ( -26.30) >DroSim_CAF1 3592 118 - 1 GCAACGCGAA-UAUAAGAUUGUACACCAAUUUUAUUAACUGCAAAUCUUAUUUGCAUGUUUAUUUUGCAUAAUGUGCCGAAAAACAAGCGUCAAGUAAGGACAUCGCA-CCCCUGCAAAA (((..((((.-.(((((((((.....)))))))))..........(((((((((.((((((.((((((((...))))...)))).)))))))))))))))...)))).-....))).... ( -26.30) >DroEre_CAF1 3700 119 - 1 GCAACGCGAA-UAUAAGAUUGUACACCAAUUUUAUUAACUGCAAAUCUUAUUUGCAUGUUUAUUUUGCAUAAUGUGCCGAAAAACAAGCGUCAAGUAAGGACAUCGCAUCCCCUGCCAAA .....((((.-.(((((((((.....)))))))))..........(((((((((.((((((.((((((((...))))...)))).)))))))))))))))...))))............. ( -25.50) >DroYak_CAF1 5919 118 - 1 GCAACGCGAA-UAUAAAAUUGUACACCAAUUUUAUUAACUGCAAAUCUUAUUUGCAUGUUUAUUUUGCAUAAUGUGCCGAAAAACAAGCGUCAAGUAAGGACAUCGCA-CCCCUGCAAAA (((..((((.-.(((((((((.....)))))))))..........(((((((((.((((((.((((((((...))))...)))).)))))))))))))))...)))).-....))).... ( -26.20) >DroAna_CAF1 1700 119 - 1 CGAACACGAAGUAUAAGGUUGUACGCCAAUUUUAUUAACUGCAAAUCUUAUUUGCAUGUUUAUUUUGCAUAAUGUGCCGAAAAACAAGCGUCAAGUAAGCGACACACA-CCCCUGACAAA ..........((...((((((.((((.............(((((((...)))))))(((((.(((.((((...)))).)))))))).)))))))((.....)).....-..))).))... ( -19.60) >consensus GCAACGCGAA_UAUAAGAUUGUACACCAAUUUUAUUAACUGCAAAUCUUAUUUGCAUGUUUAUUUUGCAUAAUGUGCCGAAAAACAAGCGUCAAGUAAGGACAUCGCA_CCCCUGCAAAA (((..(((....(((((((((.....)))))))))....)))...(((((((((.((((((.((((((((...))))...)))).))))))))))))))).............))).... (-22.96 = -23.35 + 0.39)
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