| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 16,319,344 – 16,319,455 |
| Length | 111 |
| Max. P | 0.548992 |
| Location | 16,319,344 – 16,319,455 |
|---|---|
| Length | 111 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 79.65 |
| Mean single sequence MFE | -37.90 |
| Consensus MFE | -25.05 |
| Energy contribution | -26.88 |
| Covariance contribution | 1.83 |
| Combinations/Pair | 1.14 |
| Mean z-score | -1.28 |
| Structure conservation index | 0.66 |
| SVM decision value | 0.03 |
| SVM RNA-class probability | 0.548992 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 16319344 111 + 22407834 GCCACAUCGUUCUGGAUGUUGAGCAGGCACGGAUGAGGAGCCAUGCGAAUCAGGGCGGCCACCACGUCCACUGAUCCCGAAAUACAGGCCAGGUGCAAAGGUCUGAAA---UG------A ......(((((..((((.((......(((((((((.((.(((.(.(......).).)))..)).))))).(((...((........)).))))))).)).))))..))---))------) ( -31.80) >DroVir_CAF1 22680 120 + 1 GCCACAUCGUUCUGGAUGUUCAGCAGGCACGGAUGUGGUGCCAUGCGUAUCAGUGCGGCCACCACGUCCACGUAGCCCGAUAUGCAGGCCAAGUGCAGUGGUCUGUAUAAAGGAGGGAGA ((((((((......)))))......)))..((((((((((((..((......))..)).))))))))))......(((..(((((((((((.......))))))))))).....)))... ( -49.80) >DroGri_CAF1 22139 111 + 1 GCCACAUCGUUCUGGAUGUUCAGGAGGCAUGGAUGUGGUGCCAUGCGUAUCAGUGCGGCUACAACAUCCACAUAGCCCGAUAUGCAGGCCAAAUGCAGUGGACUACAG---AG------A .((((((((((((((....))))))(((.(((((((.(((((..((......))..))).)).)))))))....))))))).((((.......)))))))).......---..------. ( -37.50) >DroWil_CAF1 26212 111 + 1 GCCACAUCGUUUUGUAUAUUCAAAAGGCAUGGAUGUGGUGCCAUACGGAUUAGGGCAGCAACAACAUCCACAUAUCCCGAUAUGCAUGCCAAAUGCAAAGGCCUGCAG---UA------A (((......(((((......)))))((((((((((((.((((...........)))).)....)))))).(((((....))))).))))).........)))......---..------. ( -29.30) >DroMoj_CAF1 22507 111 + 1 GCCACAUCGUUCUGGAUGUUUAGGAGGCAUGGAUGUGGAGCCAUGCGUAUCAGAGCGGCAACCACAUCCACAUAGCCCGAUAUGCAGGCCAAAUGAAGUGGUCUGUAA---CG------A (((((.(((((.(((.(((.((...(((.(((((((((.(((..((........)))))..)))))))))....)))...)).)))..)))))))).)))))......---..------. ( -41.30) >DroAna_CAF1 17078 111 + 1 GCCACGUCGUUCUGGAUGUUAAGCAGGCACGGAUGCGGGGCCAUGCGAAUUAAUGCGGCCACCACGUCCACGGAGCCCGAAAUACAAGCCAGGUGCAGAGGCCUAAAG---UA------A ((((((((......)))))...((((((..(((((.((((((..(((......))))))).)).))))).(((...)))........)))...)))...)))......---..------. ( -37.70) >consensus GCCACAUCGUUCUGGAUGUUCAGCAGGCACGGAUGUGGUGCCAUGCGUAUCAGUGCGGCCACCACAUCCACAUAGCCCGAUAUGCAGGCCAAAUGCAGAGGUCUGAAG___UG______A ((((((((......)))))......)))..((((((((.(((..((........)))))..)))))))).............((((((((.........))))))))............. (-25.05 = -26.88 + 1.83)
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