Locus 5724

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 16,297,385 – 16,297,541
Length 156
Max. P 0.731346
window9066 window9067

overview

Window 6

Location 16,297,385 – 16,297,505
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.00
Mean single sequence MFE -55.28
Consensus MFE -29.27
Energy contribution -29.42
Covariance contribution 0.14
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -2.51
Structure conservation index 0.53
SVM decision value 0.15
SVM RNA-class probability 0.609219
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 16297385 120 - 22407834
GCAGCAUAGUGUAACGUCCUUCACUUGGCGUUGGCGGUGGAGGCGGCGGCGGUGCCAACAUGUGAGCCAUUGCAGCCAUUCCCAUUUGUGUGGCGGGAUUCGGUGGGCCGAGAUGAUGCA
(((.(((.......((((...(((.(((...((((.(..(.(((((((....))))..(....).))).)..).))))...)))...))).))))...(((((....)))))))).))). ( -40.90)
>DroVir_CAF1 12627 120 - 1
GCAACAUGGUGUAGCGACCGUCGCUGGGCGUGGGUGGUGGCGGCGGUGGUGGUGCCAGCAUAUGUGCCAUUGCCGCCAUGCCCAUUUGGGUGGCUGCAUUAGGCGGCGCCAAAUGGUGCA
((....(((((((((.((((((....)))(((((((.(((((((((((((.(((....)))....))))))))))))))))))))...))).))))))))).)).(((((....))))). ( -67.00)
>DroGri_CAF1 12125 120 - 1
GCAACAUGGUGUAGCGGCCGUCACUGGGUGUAGGGGGUGGCGGUGGUGGUGGAGCCAACAUAUGUGCCAUGGCUGCCAUUCCCAUUUGUGUGGCAGCAUUUGGUGGCGCCAAAUGAUGCA
(((.(((.(.....)(((.(((((..(((((.((((((((((((.((((((.(.........).)))))).))))))))))))...((.....)))))))..))))))))..))).))). ( -55.40)
>DroMoj_CAF1 12301 120 - 1
GCAACAUUGUGUAACGCCCAUCGCUGGGUGUGGGUGGAGGCGGUGGUGGUGGUGCCAACAUAUGCGCCAUGGCCGCCAUGCCCAUUUGGGUGGCUGCAUUCGGUGGCGCCAAAUGAUGCA
(((.((((((((.(((((((....)))))))(((((.((.(((((((.(((((((........))))))).))))))..((((....))))).)).)))))....))))..)))).))). ( -59.20)
>DroAna_CAF1 11482 120 - 1
GCAGCAUCGUAUAGCGUCCUUCGCUAGGGGUUGGCGGAGGAGGUGGCGGUGGCGCCAACAUAUGAGCCAUUGCCGCCAUGCCCAUUUGUGUGGCGGGAUUGGGAGGACCCAGGUGGUGCA
(((.((((.....((.(((((((((((...))))))))))).))(((((((((..((.....)).)))))))))(((((((......))))))).....((((....)))))))).))). ( -58.80)
>DroPer_CAF1 11828 120 - 1
GGAGCAUUGAGUAGCGUCCCUCACUGGGCGUGGGUGGUGGCGGCGGCGGUGGUGCUAACAUGUGAGCCAUGGCGGCCAUUCCCAUUUGUGUGGCUGCAUUUGGUGGACCCAGAUGAUGCA
...(((((..(((((...((.....))(((..(((((..(.(((.((.(((((((......))..))))).)).))).)..)))))..))).)))))((((((.....))))))))))). ( -50.40)
>consensus
GCAACAUGGUGUAGCGUCCGUCACUGGGCGUGGGUGGUGGCGGCGGCGGUGGUGCCAACAUAUGAGCCAUGGCCGCCAUGCCCAUUUGUGUGGCUGCAUUCGGUGGCCCCAAAUGAUGCA
(((.(((.(.....)....((((((..(.((((........((((((.(((((.(........).))))).))))))....((((....)))))))).)..)))))).....))).))). (-29.27 = -29.42 +   0.14)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 16,297,425 – 16,297,541
Length 116
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.39
Mean single sequence MFE -47.42
Consensus MFE -31.52
Energy contribution -32.33
Covariance contribution 0.81
Combinations/Pair 1.34
Mean z-score -1.53
Structure conservation index 0.66
SVM decision value 0.43
SVM RNA-class probability 0.731346
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 16297425 116 - 22407834
UA-CUCUAAUAAUGUAGUCUUUGUGCCGCCGUGUGGUGCAGCAUAGUGUAACGUCCUUCACUUGGCGUUGGCGGUGGAGGCGGCGGCGGUGCCAACAUGUGAGCCAUUGCAGCCAUU
..-.............((((((..((((((((((......)))).....((((((........))))))))))))))))))(((.(((((((((.....)).).)))))).)))... ( -38.00)
>DroVir_CAF1 12667 115 - 1
-U-UUCUAGUAGUGCAAACGUUGCGCCGCCGUGUGAUGCAACAUGGUGUAGCGACCGUCGCUGGGCGUGGGUGGUGGCGGCGGUGGUGGUGCCAGCAUAUGUGCCAUUGCCGCCAUG
-.-..........((..((.(..(((((((((((......))))))).(((((.....)))))))))..)))....))(((((..((((..(........)..))))..)))))... ( -54.70)
>DroGri_CAF1 12165 115 - 1
-U-UUCUAGUAGUGUAACCGUUGCGCCGCCGUGUGGUGCAACAUGGUGUAGCGGCCGUCACUGGGUGUAGGGGGUGGCGGUGGUGGUGGAGCCAACAUAUGUGCCAUGGCUGCCAUU
-(-..(((.(((((..((.(((((..((((((((......))))))))..))))).)))))))....)))..)((((((((.((((((.(.........).)))))).)))))))). ( -47.00)
>DroMoj_CAF1 12341 115 - 1
-U-UUUUAGUAGUGCAGUCGCUGUGCCGCCGUAUGGUGCAACAUUGUGUAACGCCCAUCGCUGGGUGUGGGUGGAGGCGGUGGUGGUGGUGCCAACAUAUGCGCCAUGGCCGCCAUG
-.-................(((...(((((.((..(((...)))..))..(((((((....))))))).))))).)))((((((.(((((((........))))))).))))))... ( -50.20)
>DroAna_CAF1 11522 116 - 1
UA-GUUUAGUAAUGUAAUCUCUGAGCCGCCGUGUGAUGCAGCAUCGUAUAGCGUCCUUCGCUAGGGGUUGGCGGAGGAGGUGGCGGUGGCGCCAACAUAUGAGCCAUUGCCGCCAUG
..-((((((...........))))))(((..(((((((...)))))))..)))(((((((((((...)))))))))))((((((((((((..((.....)).))))))))))))... ( -50.10)
>DroPer_CAF1 11868 117 - 1
UCCAUUUAGUAGUGCAACCUUUGGGCCGCCGUGUGAUGGAGCAUUGAGUAGCGUCCCUCACUGGGCGUGGGUGGUGGCGGCGGCGGUGGUGCUAACAUGUGAGCCAUGGCGGCCAUU
.......................(((((((((((((.(((((........)).))).))))..(((..(.(((.(((((.((....)).))))).))).)..))))))))))))... ( -44.50)
>consensus
_U_UUCUAGUAGUGCAAUCGUUGCGCCGCCGUGUGAUGCAACAUGGUGUAGCGUCCGUCACUGGGCGUGGGUGGUGGCGGCGGCGGUGGUGCCAACAUAUGAGCCAUGGCCGCCAUG
.......................(((((((((((......))))......((((((......)))))).)))))))..((((((.(((((.(........).))))).))))))... (-31.52 = -32.33 +   0.81)

alignment

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