Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 16,223,819 – 16,223,913 |
Length | 94 |
Max. P | 0.601283 |
Location | 16,223,819 – 16,223,913 |
---|---|
Length | 94 |
Sequences | 6 |
Columns | 96 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 90.07 |
Mean single sequence MFE | -28.47 |
Consensus MFE | -22.55 |
Energy contribution | -22.50 |
Covariance contribution | -0.05 |
Combinations/Pair | 1.21 |
Mean z-score | -2.37 |
Structure conservation index | 0.79 |
SVM decision value | 0.14 |
SVM RNA-class probability | 0.601283 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 16223819 94 - 22407834 GUGGCAUAAUUUAUGGACU--GGCGCCCAUUUCAUGGGCUCUUGCUUGCCGGUAAAUUAUGGCACACGUACGUGUCCUUUUGUGUCCUUGUAUAAU (((.((((((((((((...--(((((((((...))))))....)))..)).)))))))))).)))..(((((.(..(......)..).)))))... ( -31.00) >DroSec_CAF1 141088 94 - 1 GUGGCAUAAUUUAUGGACU--GGCGCCCAUUUCAUGGGCUUUUGUUUCCCGGUAAAUUAUGGCACCCGUACGUGUCCUUUUGUGUCCUUGUAUAAU (((.((((((((((.(...--(((((((((...))))))....)))...).)))))))))).)))..(((((.(..(......)..).)))))... ( -26.90) >DroSim_CAF1 142744 94 - 1 GUGGCAUAAUUUAUGGACU--GGCGCCCAUUUCAUGGGCUUUUGCUUCCCGGUAAAUUAUGGCACCCGUACGUGUCCUUUUGUGUCCUUGUAUAAU (((.((((((((((.(...--(((((((((...))))))....)))...).)))))))))).)))..(((((.(..(......)..).)))))... ( -29.40) >DroEre_CAF1 144367 94 - 1 GUGGCAUAAUUUAUGGACU--GGCGCCCAUUUCAUGGGCUUUUGCUUCCUGGUAAAUUAUGGCACCCGUACGUGUCCUUUUGUGUCCUUGUAUAAU (((.(((((((((((((..--(((((((((...))))))....))))))..)))))))))).)))..(((((.(..(......)..).)))))... ( -29.00) >DroYak_CAF1 152287 94 - 1 GUGGCAUAAUUUAUGGACU--GGUGCCCAUUUCAUGGGCUUUUGCUUCCCGGUAAAUUAUGGCACCCGUACGUGUCCUUUUGUGUCCUUGUAUAAU (((.((((((((((.(...--(((((((((...))))))....)))...).)))))))))).)))..(((((.(..(......)..).)))))... ( -28.00) >DroAna_CAF1 135579 96 - 1 GUGCCAUAAUUUAUGGACUAUAGCGCCCACUUCAUGGCCUCUUGUUUCCCGGUAAAUUACGGCCCCAGCACGUGCCCUCUGGCAUCCUCUGGUACA ..(((.(((((((((((....((.(((........)))..))....)))..)))))))).))).((((...(((((....)))))...)))).... ( -26.50) >consensus GUGGCAUAAUUUAUGGACU__GGCGCCCAUUUCAUGGGCUUUUGCUUCCCGGUAAAUUAUGGCACCCGUACGUGUCCUUUUGUGUCCUUGUAUAAU (((.((((((((((.(.....((((((((.....)))))....)))...).)))))))))).)))..(((((.(..(......)..).)))))... (-22.55 = -22.50 + -0.05)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:50:33 2006