Locus 5695

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 16,206,476 – 16,206,577
Length 101
Max. P 0.677123
window9024

overview

Window 4

Location 16,206,476 – 16,206,577
Length 101
Sequences 6
Columns 109
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.69
Mean single sequence MFE -30.20
Consensus MFE -21.59
Energy contribution -22.03
Covariance contribution 0.45
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -2.65
Structure conservation index 0.71
SVM decision value 0.30
SVM RNA-class probability 0.677123
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 16206476 101 + 22407834
--AUCUGUAAAAUUUUGUCUGUGUCCUGCUAG------UAAUCGACAAGCAAACAUUAAUAGCAUUUUGGUGUUUGCUUGGUGGCUGUGUUUUCACGCAGAUAAGAAGC
--..........((((((((((((...(((((------(......((((((((((((((.......))))))))))))))...)))).))....))))))))))))... ( -34.80)
>DroSec_CAF1 123944 101 + 1
--AUCUGUAAAAUUUUGUCUGUGUCCUGCUAG------UAAUCGACAAGCAAACAUUAAUAGCAUUUUGGUGUUUGCUUGGUGGCUGUGUUUUCACGCAGAUAAGAAGC
--..........((((((((((((...(((((------(......((((((((((((((.......))))))))))))))...)))).))....))))))))))))... ( -34.80)
>DroSim_CAF1 125435 101 + 1
--AUCUGUAAAAUUUUGUCCGUGUCCUGCUAG------UAAUCGACAAGCAAACAUUAAUAGCAUUUUGGUGUUUGCUUGGUGGCUGUGUUUUCACGCAGAUAAGAAGC
--..........(((((((.((((...(((((------(......((((((((((((((.......))))))))))))))...)))).))....)))).)))))))... ( -30.20)
>DroEre_CAF1 127480 99 + 1
--AUCUGUAAAAUGUAGUG--UGUCCUGCAAG------UAAUCGACAAGCAAGCAUUAAUAGCAUUUUGGUGUUUGCUUGGUGGCCGUGUUUUCACGCAGAUAAGAAGC
--((((((....(((((..--....)))))..------...(((.((((((((((((((.......)))))))))))))).)))..(((....)))))))))....... ( -29.80)
>DroYak_CAF1 134306 101 + 1
--AUCUGUAAAAUGUAGUGUAUGUCCUGCAAG------UAAUCGACAAGCAAACAUUAAUAGCAUUUUGGUGUUUGCUUGGUGGCCGUGUUUUCACGCAGAUAAGAAGC
--((((((....(((((........)))))..------...(((.((((((((((((((.......)))))))))))))).)))..(((....)))))))))....... ( -29.60)
>DroAna_CAF1 121263 106 + 1
AAAUGUAUGAUACUUUUUCCGUU--AUG-GAGUAUCUACGAUGCACUUGCAAAAAUUAAUAGCUUUUCGGUGUUUGCUCGGUUGCUGUGUUUUGGCGCAGAUAAGAAAG
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>consensus
__AUCUGUAAAAUUUUGUCUGUGUCCUGCUAG______UAAUCGACAAGCAAACAUUAAUAGCAUUUUGGUGUUUGCUUGGUGGCUGUGUUUUCACGCAGAUAAGAAGC
..((((((.....................................((((((((((((((.......))))))))))))))((((........))))))))))....... (-21.59 = -22.03 +   0.45)

alignment

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Postscript

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