Locus 5683

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 16,161,008 – 16,161,120
Length 112
Max. P 0.574676
window9005

overview

Window 5

Location 16,161,008 – 16,161,120
Length 112
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.25
Mean single sequence MFE -31.87
Consensus MFE -16.83
Energy contribution -19.93
Covariance contribution 3.10
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -2.54
Structure conservation index 0.53
SVM decision value 0.08
SVM RNA-class probability 0.574676
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 16161008 112 - 22407834
AUCCGUUCAGAUUGUCCUUAUGCUAUGGAUAUGGAUGGGAGGAUGUGAGAACACAUUCCUCUUGGCUACUGGCUGCAUAAACA--UUUACAUAUGUA-UG--UGUUUAAAUGCACAU
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>DroSec_CAF1 78008 112 - 1
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>DroSim_CAF1 79656 112 - 1
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>DroEre_CAF1 81138 114 - 1
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>DroYak_CAF1 86353 114 - 1
AUCCGUUCAGAUUGUCCUUGUUGUAUGGAUAUGGAUGGGAGGAUGUGAGAACACAUUCUUCUUGGAUACUGCUUGCAUAAACAAAAUUACAUAUGUA-UA--UGUUUAAAUGCAAAU
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>DroPer_CAF1 110850 96 - 1
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>consensus
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..(((((((...(((((.........))))))))))))(((((((((....)))).))))).............(((((((((....(((....))).....)))))..)))).... (-16.83 = -19.93 +   3.10)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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