Locus 5655

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 16,043,949 – 16,044,069
Length 120
Max. P 0.998448
window8963 window8964

overview

Window 3

Location 16,043,949 – 16,044,069
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 88.56
Mean single sequence MFE -54.55
Consensus MFE -44.85
Energy contribution -45.16
Covariance contribution 0.31
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -2.99
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 1.33
SVM RNA-class probability 0.942571
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 16043949 120 + 22407834
UGGAGCUGGGUAUCGCGGCGUUUGGAGCUCGCAAGAAGCUGCUGACGGCCAUUCACACGCUGCUGGCCAACGAGGCGGCCUGCAGCACAAUGCCCAGCAGCAGCUCCUCGCAGAACUCCU
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>DroPse_CAF1 252898 120 + 1
UGGAGUUGGGUAUCACGGCAUUUGGAGCCCGAAAGAAGCUGCUGGCGGCCAUACACACGCUGCUGGCCAACGAAGCGGCCUGCAGCAGCAUGCCCAGCAGCAGCUCCUCACAGAACUCCA
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>DroGri_CAF1 207339 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 228635 120 + 1
UGGAGCUGGGCAUAACGGCGUUCGGAGCUCGCAAGAAGCUGCUGGCGGCCAUUCAUACGCUUCUGGCUACCGAAGCCGCCUGUAGUAGUUUGCCCAGCAGCAGCUCCUCGCAGAGCUCCU
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>DroAna_CAF1 153261 120 + 1
UGGAGCUGGGUAUCGCAGCGUUUGGAGCUCGCAAGAAGCUGCUGGCGGCCAUCCAUACGCUGCUGGCGAGCGAGGCAGCCUGCAGCAGCAUGCCCAGCAGCAGCUCCUCGCAGAAUUCCU
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>DroPer_CAF1 282297 120 + 1
UGGAGUUGGGUAUCACGGCAUUUGGAGCCCGAAAGAAGCUGCUGGCGGCCAUACACACGCUGCUGGCCAACGAAGCGGCCUGCAGCAGCAUGCCCAGCAGCAGCUCCUCACAGAACUCCA
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>consensus
UGGAGCUGGGUAUCACGGCGUUUGGAGCUCGCAAGAAGCUGCUGGCGGCCAUUCACACGCUGCUGGCCAACGAAGCGGCCUGCAGCAGCAUGCCCAGCAGCAGCUCCUCGCAGAACUCCU
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 16,043,949 – 16,044,069
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 88.56
Mean single sequence MFE -61.50
Consensus MFE -53.89
Energy contribution -54.50
Covariance contribution 0.61
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -4.26
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 3.10
SVM RNA-class probability 0.998448
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 16043949 120 - 22407834
AGGAGUUCUGCGAGGAGCUGCUGCUGGGCAUUGUGCUGCAGGCCGCCUCGUUGGCCAGCAGCGUGUGAAUGGCCGUCAGCAGCUUCUUGCGAGCUCCAAACGCCGCGAUACCCAGCUCCA
.(((((((.((((((((((((((.(((.((((.((((((.(((((......))))).))))))....)))).))).))))))))))))))))))))).......((........)).... ( -66.20)
>DroPse_CAF1 252898 120 - 1
UGGAGUUCUGUGAGGAGCUGCUGCUGGGCAUGCUGCUGCAGGCCGCUUCGUUGGCCAGCAGCGUGUGUAUGGCCGCCAGCAGCUUCUUUCGGGCUCCAAAUGCCGUGAUACCCAACUCCA
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>DroGri_CAF1 207339 120 - 1
AGGAGCUCUGCGAGGAGCUGCUGCUGGGCAUACUACUGCAGGCAGCUUCAUUGGCCAGAAGCGUAUGAAUGGCCGCCAGCAGCUUCUUGCGAGCUCCAAACGCGGUGAUGCCCAGCUCCA
.(((((((.((((((((((((((.(((.(((.((((((....))(((((........)))))))).).))).))).)))))))))))))))))))))....((((......)).)).... ( -59.30)
>DroMoj_CAF1 228635 120 - 1
AGGAGCUCUGCGAGGAGCUGCUGCUGGGCAAACUACUACAGGCGGCUUCGGUAGCCAGAAGCGUAUGAAUGGCCGCCAGCAGCUUCUUGCGAGCUCCGAACGCCGUUAUGCCCAGCUCCA
.(((((((.(((((((((((((..(((.....))).....((((((((((...((.....))...)))..)))))))))))))))))))))))))))....................... ( -56.40)
>DroAna_CAF1 153261 120 - 1
AGGAAUUCUGCGAGGAGCUGCUGCUGGGCAUGCUGCUGCAGGCUGCCUCGCUCGCCAGCAGCGUAUGGAUGGCCGCCAGCAGCUUCUUGCGAGCUCCAAACGCUGCGAUACCCAGCUCCA
.(((.(((.((((((((((((((.(((.(((.(((((((.(((.((...))..))).))))))...).))).))).))))))))))))))))).)))....((((.(....))))).... ( -60.50)
>DroPer_CAF1 282297 120 - 1
UGGAGUUCUGUGAGGAGCUGCUGCUGGGCAUGCUGCUGCAGGCCGCUUCGUUGGCCAGCAGCGUGUGUAUGGCCGCCAGCAGCUUCUUUCGGGCUCCAAAUGCCGUGAUACCCAACUCCA
.((((((..((((((((((((((.(((.(((((((((((.(((((......))))).))))))...))))).))).))))))))))).((((((.......))).))))))..)))))). ( -63.30)
>consensus
AGGAGUUCUGCGAGGAGCUGCUGCUGGGCAUGCUGCUGCAGGCCGCUUCGUUGGCCAGCAGCGUAUGAAUGGCCGCCAGCAGCUUCUUGCGAGCUCCAAACGCCGUGAUACCCAGCUCCA
.(((((((.((((((((((((((.(((.(((.(((((((.(((..........))).))))))...).))).))).))))))))))))))))))))).......((........)).... (-53.89 = -54.50 +   0.61)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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