Locus 5643

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 16,013,515 – 16,013,605
Length 90
Max. P 0.853594
window8950

overview

Window 0

Location 16,013,515 – 16,013,605
Length 90
Sequences 6
Columns 90
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.27
Mean single sequence MFE -28.68
Consensus MFE -11.23
Energy contribution -11.95
Covariance contribution 0.72
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -3.27
Structure conservation index 0.39
SVM decision value 0.80
SVM RNA-class probability 0.853594
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 16013515 90 - 22407834
GUGGCAUUUAUAAACGCAUACAUAUGCAUGAGAUCAUAAAGAUUGCGACAGUGCGCGCGCGUGUGUGUGUGAGCUUUGUGAGUGCAAUGC
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>DroVir_CAF1 179214 79 - 1
GUGGCUUUUACAAACGCAUACAUAUGCAUGAGAUCAUAAAGUUGCUGU------GUGUGUGUGCGUGUGUAA-----GGGUGUGUAGUGC
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>DroPse_CAF1 212939 88 - 1
GUGGCAUUUAUAAACGCAUACAUAUGCAUGAGAUCAUAAAGAUUGUGACUGUGUCCGUGGGUGUA--UGUGCAUUUUGUGAGUGCAAUGC
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>DroEre_CAF1 178243 86 - 1
GUGGCAUUUAUAAACGCAUACAUAUGCAUGAGAUCAUAAAGAUUGCGACAGUGCCCGUGUGUGUG----UGAGCUUUGUGAGUGCAAUGC
...(((((((((((.((.((((((((((((.((((.....))))(((....))).))))))))))----)).)))))))))))))..... ( -30.80)
>DroAna_CAF1 123513 86 - 1
CUGGCAUUUAUAAACGCAUACAUAUGCAUGAGAUCAUAAAGAUGGCGAAUGUGUCGGAGUGUG----UGAGGGGCUAGUGAGUGCAAUGC
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>DroPer_CAF1 242378 88 - 1
GUGGCAUUUAUAAACGCAUACAUAUGCAUGAGAUCAUAAAGAUUGUGACUGUGUCCGUGGGUGUA--UGUGCAUUUUGUGAGUGCAAUGC
...((((((((((((((((((((...((((.((.((((...........)))))))))).)))))--))))...)))))))))))..... ( -27.40)
>consensus
GUGGCAUUUAUAAACGCAUACAUAUGCAUGAGAUCAUAAAGAUUGCGACUGUGUCCGUGUGUGUG__UGUGAGCUUUGUGAGUGCAAUGC
...((((((((((..((((....))))(((....)))......................................))))))))))..... (-11.23 = -11.95 +   0.72)

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secondary structure

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