Locus 5624

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 15,941,004 – 15,941,109
Length 105
Max. P 0.715548
window8926

overview

Window 6

Location 15,941,004 – 15,941,109
Length 105
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 92.57
Mean single sequence MFE -30.31
Consensus MFE -28.09
Energy contribution -28.42
Covariance contribution 0.33
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.12
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 0.39
SVM RNA-class probability 0.715548
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 15941004 105 - 22407834
------------CCUGUGAAGUGGUGCACAAAUGCGCUUAGUUGCUUUAUUGGUCAAGCUGUUGUGCGUGGAUAAAACCCUUUUAGUGCACAAUUGCUAUAAAUUCGCUUGGCCCAU
------------...(((((((((((((....)))))).....))))))).((((((((.((((((((((((.........)))).))))))))............))))))))... ( -29.42)
>DroPse_CAF1 110995 117 - 1
CCCCUGCCGACGAUUGUGAAGUGGUGCACAAAUGCGCUUAGUUGCUUUAUUGGUCAAGCUGUUGUGCGUGGAUAAAACCCUUUUAGUGCACAAUUGCUAUAAAUUCGCCUGGCCCAU
.....((((((.(..(((((((((((((....)))))).....)))))))).))).(((.((((((((((((.........)))).)))))))).)))............))).... ( -32.10)
>DroEre_CAF1 102866 105 - 1
------------CCUGUGAAGUGGUGCACAAAUGCGCUUAGUUGCUUUAUUGGUCAAGCUGUUGUGCGUGGAUAAAACCCUUUUAGUGCACAAUUGCUAUAAAUUCGCUUGGCCCAU
------------...(((((((((((((....)))))).....))))))).((((((((.((((((((((((.........)))).))))))))............))))))))... ( -29.42)
>DroYak_CAF1 98859 105 - 1
------------UCUGUGAAGUGGUGCACAAAUGCGCUUAGUUGCUUUAUUGGUCAAGCUGUUGUGCGUGGAUAAAACCCUUUUAGUGCACAAUUGCUAUAAAUUCGCUUGGCCCAU
------------...(((((((((((((....)))))).....))))))).((((((((.((((((((((((.........)))).))))))))............))))))))... ( -29.42)
>DroAna_CAF1 45125 105 - 1
------------UUUGUGAAGUGGUGCACAAAUGCGCUUAGUUGCUUUAUUGGUCAAGCUGUUGUGCGUGGAUAAAACCCUUUUAGUGCACAAUUGCUAUAAAUUCGCUUGGCCCAU
------------...(((((((((((((....)))))).....))))))).((((((((.((((((((((((.........)))).))))))))............))))))))... ( -29.42)
>DroPer_CAF1 138570 117 - 1
CCCCUGCCGACGAUUGUGAAGUGGUGCACAAAUGCGCUUAGUUGCUUUAUUGGUCAAGCUGUUGUGCGUGGAUAAAACCCUUUUAGUGCACAAUUGCUAUAAAUUCGCCUGGCCCAU
.....((((((.(..(((((((((((((....)))))).....)))))))).))).(((.((((((((((((.........)))).)))))))).)))............))).... ( -32.10)
>consensus
____________ACUGUGAAGUGGUGCACAAAUGCGCUUAGUUGCUUUAUUGGUCAAGCUGUUGUGCGUGGAUAAAACCCUUUUAGUGCACAAUUGCUAUAAAUUCGCUUGGCCCAU
...............(((((((((((((....)))))).....))))))).((((((((.((((((((((((.........)))).))))))))............))))))))... (-28.09 = -28.42 +   0.33)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:48:51 2006