Locus 5619

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 15,927,189 – 15,927,290
Length 101
Max. P 0.581347
window8919

overview

Window 9

Location 15,927,189 – 15,927,290
Length 101
Sequences 6
Columns 107
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.33
Mean single sequence MFE -33.47
Consensus MFE -22.48
Energy contribution -22.10
Covariance contribution -0.38
Combinations/Pair 1.39
Mean z-score -1.67
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.10
SVM RNA-class probability 0.581347
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 15927189 101 + 22407834
ACGAGUCC--UGGCUGCUGUCGAGUCGUCAUUGUUGUCGCUGAUGUUUUCUAUUGCCGCUAAAAGAGUUCAUCGGCAAGUUUAUGGAUUUGGACUUGGCCAGU----
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>DroPse_CAF1 94264 107 + 1
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>DroSec_CAF1 102306 101 + 1
ACGAGUCC--UGGCUGCUGUCGAGUCGUCAUUGUUGUCGCUGAUGUUUUCUAUUGCCGCUAAAAGAGUUCAUCGGCAAGGACAUGGAUUUGGACUUGCCCAGG----
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>DroSim_CAF1 104320 101 + 1
ACGAGUCC--UGGCUGCUGUCGAGUCGUCAUUGUUGUCGCUGAUGUUUUCUAUUGCCGCUAAAAGAGUUCAUCGGCAAGGACAUGGAUUUGGACUUGCCCUGG----
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>DroEre_CAF1 89227 98 + 1
CCGAGUCC--UGGCUGCUGUCGAGUCGUCAUUGUUGUCGCUGAUGCUUUCAAUUGCCGCCAAAAGAGUUCAUCCGCAAGGACUUGGACUUGGACUUGGAC-------
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>DroYak_CAF1 83830 101 + 1
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>consensus
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alignment

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