Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 15,872,225 – 15,872,337 |
Length | 112 |
Max. P | 0.885253 |
Location | 15,872,225 – 15,872,337 |
---|---|
Length | 112 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 83.18 |
Mean single sequence MFE | -29.92 |
Consensus MFE | -21.87 |
Energy contribution | -23.73 |
Covariance contribution | 1.86 |
Combinations/Pair | 1.19 |
Mean z-score | -3.04 |
Structure conservation index | 0.73 |
SVM decision value | 0.94 |
SVM RNA-class probability | 0.885253 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 15872225 112 - 22407834 AUGGCCACAAUACAGUUGCUGAAUGCAGUUGACAGUUUUAUAAUGACGUUCAUUAUGGAAGCGGGCAAUUAAUUUCUUUUAAUUGCCCAGGUGCA---UUAA--AAAAAAA-AU--AGCA ..(((.((......)).))).((((((.((....(((((((((((.....)))))).)))))((((((((((......)))))))))))).))))---))..--.......-..--.... ( -32.50) >DroSec_CAF1 45716 114 - 1 AUGGCCACAAUACAGUUGCUGAAUGCAGUUGACAGUUUUAUAAUGACGUUCAUUAUGGAAGCGGGCAAUUAAUUUCUUUUAAUUGCCCAGGUGCA---UCAAAAAAAAAAA-AU--AGCA ...(((......((..(((.....)))..))...(((((((((((.....)))))).)))))((((((((((......)))))))))).)))...---.............-..--.... ( -31.30) >DroSim_CAF1 45777 110 - 1 AUGGCCACAAUACAGUUGCUGAAUGCAGUUGACAGUUUUAUAAUGACGUUCAUUAUGGAAGCGGGCAAUUAAUUUCUUUUAAUUGCCCAGGUGCA---U----AAAAAAAA-AU--AGCA ((((((......((..(((.....)))..))...(((((((((((.....)))))).)))))((((((((((......)))))))))).))).))---)----........-..--.... ( -31.80) >DroEre_CAF1 35779 110 - 1 AUGGCCACAAUACAGUUGCUGAAUGCAGUUGACAGUUUUAUAAUGACGUUCAUUAUGGAAGCAGGCAAUUAAUUUCUUUUAAUUGCCCAGGUGUG---UCAA----AAAAA-GU--AACA .(((((((....((..(((.....)))..))...(((((((((((.....)))))).))))).(((((((((......)))))))))...))).)---))).----.....-..--.... ( -30.90) >DroYak_CAF1 20428 111 - 1 AUGGCCACAAUACAAUUGCUGAAUGCAGUUGACAGUUUUAUAAUGACGUUCAUUAUGGAAGCGGGCAAUUAAUUUCUCUUAAUUGCCCAGGUGCG---UCAA----AAUAAUAU--AGCA .(((((((....(((((((.....)))))))...(((((((((((.....)))))).)))))((((((((((......))))))))))..))).)---))).----........--.... ( -37.20) >DroPer_CAF1 63505 102 - 1 ACGUCCAUA-------------AUGCAGUUGACAACUCAAUAAUGACGUUCAAUGUGGCAGCAGGUAAUUAAUUUCUUUGAAUGUUUCAGGUUCAGAAUCAA----AGGAA-AUCAAGCC ..(((((((-------------((((((((((....)))))..)).))))..))).)))....(((......(((((((((....(((.......)))))))----)))))-.....))) ( -15.80) >consensus AUGGCCACAAUACAGUUGCUGAAUGCAGUUGACAGUUUUAUAAUGACGUUCAUUAUGGAAGCGGGCAAUUAAUUUCUUUUAAUUGCCCAGGUGCA___UCAA____AAAAA_AU__AGCA ...(((......(((((((.....)))))))...(((((((((((.....)))))))).)))((((((((((......)))))))))).)))............................ (-21.87 = -23.73 + 1.86)
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