Locus 5594

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	15,868,223 – 15,868,334
Length	111
Max. P	0.778825

overview

Window 8

Location	15,868,223 – 15,868,334
Length	111
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	87.75
Mean single sequence MFE	-29.71
Consensus MFE	-21.56
Energy contribution	-23.28
Covariance contribution	1.72
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-3.21
Structure conservation index	0.73
SVM decision value	0.17
SVM RNA-class probability	0.617584
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 15868223 111 + 22407834
CGUCUUGGCCAAAUGCCAACGCACAAAACUUGCCAUAAAUCUACAGGCAGCGUAUAAUUAAUAAGGAUUAAUUGUACACCAGAACUUGUGCAGCGACAAUGCCAGACAGAG
.((((.(((....(((....((((((...(((((...........))))).(((((((((((....)))))))))))........)))))).))).....))))))).... ( -31.60)
>DroGri_CAF1 13040 89 + 1
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.((((.((((....)))..............(((((((((((......................)))))))))))...).)))).....---------------------- ( -17.15)
>DroSec_CAF1 41847 111 + 1
UGUCUUGGCCAAAUGCCAACGCACAAAACUUGCCAUAAAUCUACAGGCAGCGUAUAAUUAAUAAGGAUUAAUUGUACACCAGAACUUGUGCAGCGACAAUGCCAGACAGAG
(((((.(((....(((....((((((...(((((...........))))).(((((((((((....)))))))))))........)))))).))).....))))))))... ( -32.00)
>DroSim_CAF1 41804 111 + 1
UGUCUUGGCCAAAUGCCAACGCACAAAACUUGCCAUAAAUCUACAGGCAGCGUAUAAUUAAUAAGGAUUAAUUGUACACCAGAACUUGUGCAGCGACAAUGCCAGACAGAG
(((((.(((....(((....((((((...(((((...........))))).(((((((((((....)))))))))))........)))))).))).....))))))))... ( -32.00)
>DroEre_CAF1 31770 111 + 1
UGUGUUGGCUAAAUGCCAACGCACAAAACUUGCCAUAAAUCUACAGGCAGCGUAUAAUUAAUAAGGAUUAAUUGUACACCAGAACUUGUGCAGCGACAAGGCCAGACAGAG
(((((((((.....))))))))).......((((...........))))(((((((((((((....))))))))))).......(((((......)))))))......... ( -33.50)
>DroYak_CAF1 16320 111 + 1
UGUCUUGGCCAAAUGCCAACGCACAAAACUUGCCAUAAAUCUACAGGCAGCGUAUAAUUAAUAAGGAUUAAUUGUACACCAGAACUUGUGCAGCGACAAUGCCAGACAGAG
(((((.(((....(((....((((((...(((((...........))))).(((((((((((....)))))))))))........)))))).))).....))))))))... ( -32.00)
>consensus
UGUCUUGGCCAAAUGCCAACGCACAAAACUUGCCAUAAAUCUACAGGCAGCGUAUAAUUAAUAAGGAUUAAUUGUACACCAGAACUUGUGCAGCGACAAUGCCAGACAGAG
.((((((((.....))))).((((((....((((...........))))..(((((((((((....)))))))))))........))))))...))).............. (-21.56 = -23.28 +   1.72)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	15,868,223 – 15,868,334
Length	111
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	87.75
Mean single sequence MFE	-35.09
Consensus MFE	-26.03
Energy contribution	-28.78
Covariance contribution	2.75
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-3.41
Structure conservation index	0.74
SVM decision value	0.55
SVM RNA-class probability	0.778825
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 15868223 111 - 22407834
CUCUGUCUGGCAUUGUCGCUGCACAAGUUCUGGUGUACAAUUAAUCCUUAUUAAUUAUACGCUGCCUGUAGAUUUAUGGCAAGUUUUGUGCGUUGGCAUUUGGCCAAGACG
....(((((((..(((((.((((((((..((((((((.(((((((....))))))).))))))(((...........))).)).)))))))).)))))....))).)))). ( -38.60)
>DroGri_CAF1 13040 89 - 1
----------------------GUAAGUUCUGGUGCACUAUUAAUCCUUAUUAAUUAUAUGCUGCCUGUGGAUUAAUAGCUUGUUUUGUGUGUUGGCAUGCGCCCAAGAAA
----------------------.....((((((.((.((((((((((......................))))))))))........(((((....))))))))).)))). ( -21.75)
>DroSec_CAF1 41847 111 - 1
CUCUGUCUGGCAUUGUCGCUGCACAAGUUCUGGUGUACAAUUAAUCCUUAUUAAUUAUACGCUGCCUGUAGAUUUAUGGCAAGUUUUGUGCGUUGGCAUUUGGCCAAGACA
....(((((((..(((((.((((((((..((((((((.(((((((....))))))).))))))(((...........))).)).)))))))).)))))....))).)))). ( -38.60)
>DroSim_CAF1 41804 111 - 1
CUCUGUCUGGCAUUGUCGCUGCACAAGUUCUGGUGUACAAUUAAUCCUUAUUAAUUAUACGCUGCCUGUAGAUUUAUGGCAAGUUUUGUGCGUUGGCAUUUGGCCAAGACA
....(((((((..(((((.((((((((..((((((((.(((((((....))))))).))))))(((...........))).)).)))))))).)))))....))).)))). ( -38.60)
>DroEre_CAF1 31770 111 - 1
CUCUGUCUGGCCUUGUCGCUGCACAAGUUCUGGUGUACAAUUAAUCCUUAUUAAUUAUACGCUGCCUGUAGAUUUAUGGCAAGUUUUGUGCGUUGGCAUUUAGCCAACACA
...(((.((((..(((((.((((((((..((((((((.(((((((....))))))).))))))(((...........))).)).)))))))).)))))....))))))).. ( -34.40)
>DroYak_CAF1 16320 111 - 1
CUCUGUCUGGCAUUGUCGCUGCACAAGUUCUGGUGUACAAUUAAUCCUUAUUAAUUAUACGCUGCCUGUAGAUUUAUGGCAAGUUUUGUGCGUUGGCAUUUGGCCAAGACA
....(((((((..(((((.((((((((..((((((((.(((((((....))))))).))))))(((...........))).)).)))))))).)))))....))).)))). ( -38.60)
>consensus
CUCUGUCUGGCAUUGUCGCUGCACAAGUUCUGGUGUACAAUUAAUCCUUAUUAAUUAUACGCUGCCUGUAGAUUUAUGGCAAGUUUUGUGCGUUGGCAUUUGGCCAAGACA
....(((((((..(((((.((((((((....((((((.(((((((....))))))).))))))(((...........)))....)))))))).)))))....))).)))). (-26.03 = -28.78 +   2.75)

alignment

secondary structure

dotplot

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